对传染病的战斗和寻找疗法至关重要是理解疾病发病机制,病原体毒力,进一步,人类微生物组如何影响对病原体和疗法的反应。下一代测序(NGS)可以帮助研究人员研究宿主病原体相互作用,揭示病原体如何引起疾病,并探索病原体感染机制。了解这些因素可以通知公共卫生决定,并帮助确定潜在的未来治疗目标。
NGS还可用于临床研究,以确定宿主微生物组是否影响免疫、疫苗功效或治疗反应,以及研究病原体和宿主基因表达的影响,以及这如何影响宿主对疾病或治疗的反应。利用Illumina NGS研究宿主-病原体相互作用的遗传学的主要好处包括:
基于ngs的RNA测序可以揭示宿主和病原体基因和转录本的激活/失活和表达水平的有价值的信息。这些发现可以阐明宿主-病原体相互作用在致病过程中的作用和参与疾病传播的生物学途径。此外,亚转录组学分析可以揭示宿主、病原体和微生物群落成员之间的复杂相互作用。
对人体内外微生物群落的研究使研究人员能够了解微生物在健康和疾病中的作用。
分析一个给定的复杂样本中的所有基因组内容。预测微生物群落的功能潜力,检测抗微生物耐药性和毒力基因,评估微生物多样性,并分析无培养的微生物。
RNA测序为分析和定量细菌、病毒和其他微生物转录本提供了一种不偏不倚的方法。
NGS可以识别新的病原体,区分哪怕只有一个SNP差异的传染性疾病菌株,并取代了对多重检测的需要。
探索研究宿主遗传危险因素和免疫系统对SARS-CoV-2病毒应答的方法。