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细胞和分子生物学,药物发现和发展,企业,微生物基因组学

澳大利亚创建首个国家COVID-19跟踪系统

倡议使用Illumina测序技术来了解病毒的传输和传播

澳大利亚创建首个国家COVID-19跟踪系统
2020年9月14日

根据一项开创性的倡议,澳大利亚公共卫生实验室将旨在将澳大利亚所有阳性Covid-19测试的病毒基因组进行序列,并在全国各地的基因组学中追踪Covid-19。

自Covid-19大流行的开始以来,Illumina的下一代基因组测序技术(NGS)已被利用以支持研究,包括治疗和疫苗开发,诊断,筛查和监测应用。现在,Illumina正在与传染性疾病基因组学网络(CDGN)合作,在澳大利亚使用NGS跟踪Covid-19,这使得实时数据共享和集成以更好地了解病毒的传输和传播。

由于下一代测序技术的精度,本研究将更好地了解Covid-19的行为,传播和演化。

新南威尔士大学的联合教授、高级医学病毒学家Bill Rawlinson说,该研究项目将解决澳大利亚国家实施COVID-19基因组学的迫切需求。

“由于下一代测序技术的精度,这项研究将更好地了解Covid-19的行为,传播和演化。Rawlinson教授说,该项目将使我们能够衡量使用这项技术的影响,而且还可以为Covid-19大流行使用这项技术的影响。

除了330万美元的医学研究未来基金(MRFF)通过新南威尔士大学(UNSW)悉尼,Illumina正在为该项目提供超过2M的基因组测序系统和相关的消耗品。这些系统预计将于下周向威尔士王子医院维持威尔士医院的长滩医院,以及昆士兰健康法医学和科学服务,扩大了四大公共卫生实验室在新南威尔士州,维多利亚州的卫生实验室的能力昆士兰州序列病原体,包括Covid-19样品。

Illumina首席医疗官Phil Febbo博士说:“这是一个领先的全球例子,将证明基因组监测在理解和帮助控制COVID-19大流行方面的独特价值,Illumina很高兴能成为这一努力的重要合作伙伴。”“该计划将允许跨州和地区使用生物信息学共享重要的病原体数据,以确保病毒和其他病原体的测序不仅限于本次大流行,而且将继续在学术研究和公共卫生系统中扩展。”

该项目的其他福利包括识别澳大利亚人口中Covid-19突变的能力,以告知治疗和疫苗的设计,以及精确识别持续感染与急性或无活性感染的能力。这对医疗保健工人特别重要,可以帮助保护前线劳动力和脆弱患者的能力。

“CDGN一直致力于建立国家综合的病原体基因组学倡议,这将促进该项目的快速实施,确保基因组学分析的国家获得和一致性,”CDGN和导演联合主席的墨尔本教授Ben Howden深管微生物诊断单位公共卫生实验室。亚博下载app“有关导致Covid-19的国民传播的国家传播的信息对于向未来的公共卫生反应通知澳大利亚的重要作用。”

在全球范围内,Illumina NGS技术一直在大流行的前线,用于高批量序表,拥有彻底改变公共卫生联系跟踪和对Covid-19和未来病原体的大流行控制的潜力。英国剑桥的Illumina实验室是使用基因组学英格兰新德里基因组学与综合生物学研究所(Institute of Genomics & Integrative Biology)已经对多达3.5万名COVID-19患者的基因组进行了测序验证了Illumina的Covidseq测定而上海公共卫生临床中心和Illumina最近开业了SPHCC-Illumina微生物测序研究与应用示范中心在上海,中国。为了帮助规模测试,Illumina最近还加入了美国国家卫生研究院的快速加速诊断(RADxSM)计划,并将推出自己的项目亚博下载appCovid测试服务

“Covid-19爆发是一个重要提醒,全球社会必须加强国家和国际早期检测和对未来疾病爆发的反应方案,”二伯博博士说。

病原体基因组学可以透露将错过的信息,包括对Covid-19的行为,传播和演化的快速见解。澳大利亚的国家Covid-19跟踪系统将立即在调查爆发时申请,包括确定新兴爆发和传输事件,作为减少社区传播的努力的一部分。

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