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视频:用于研究人员的瓶颈海豚基因组

促进比较基因组学研究,为生物多样性编目提供结构

研究人员获得宽吻海豚基因组
2018年9月12日

大西洋瓶装海豚的高级集会(截形土荆芥)已经完成,并由来自Illumina, Inc., Sea World, Plant with Purpose,yobet亚洲NRGene约翰霍普金斯大学和海洋发现研究所。像这样的高质量基因组对于解决育种、比较生物学、医学和保护规划方面的挑战至关重要。这基因组组装例如,夏威夷僧海豹和非洲野狗的研究成果,正在被发表,以促进比较基因组学的研究,为生物多样性编目提供结构,并最终支持围绕物种保护和管理的决策。

科学家们使用了一种方法来推动通过该项目的大西洋瓶颈海豚的装配结构的改进。现在可以使用两个基因组组件:

1)传统的“单倍体”装配(Tur_tru_Illumina_hap_v1)-两个亲本单倍型的典型嵌合体

单倍体装配可在这里得到:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/prjna476133.

2)单倍型分阶段“二倍体”组装(Tur_tru_Illumina_dip_v1)-每个支架代表一个同源染色体的序列

逐步的de novo集会是最高的最高质量,并为社区提供了新颖的,准确的方法来探索海豚基因组的杂合性质。二倍体大会可在此处提供:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/prjna478376.

瓶装海豚是被广泛研究的海洋哺乳动物之一。然而,其分类学tursiops.属仍未得到解决。为了将这个物种引入基因组学的时代,高质量的参考基因组是至关重要的,因为它提供了在整个基因组水平上对物种内部和物种之间的多样性进行分类的结构。此外,海豚和其他哺乳动物之间的平行分子轨迹使宽吻海豚成为一个有用的模型,以了解人类健康的各个方面,如代谢过程/糖尿病、蛋白质组学和衰老。有关如何收集数据以及高数据质量的详细信息,请阅读这篇论文

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