Illumina的Covid测试服务

由Phil Febbo，首席医务官

如果我们想在美国的Covid-19大流行，我们必须使SARS-COV-2测试广泛使用。没有测试，公司，学校和公共卫生官员都是飞盲，社区传播可以继续，未公开，直到开发有效的疫苗和/或人口免疫限制病毒蔓延。

为了帮助规模测试，Illumina最近加入了国家卫生研究院的快速加速诊断（亚博下载appRADx^SM)，并将推出我们自己的COVID测试服务。我们相信，这些努力将有助于缩小检测差距，并提供可操作的测序信息，为病毒控制提供信息。

扩展COVID测试一直是一个巨大的挑战。今年早些时候，哈佛大学萨弗拉伦理中心(Safra Center for Ethics at Harvard University)建议我们可以这么做6月份每天需要500万个测试到秋天，这一数字将上升到每天2000万。洛克菲勒基金会建议增加到到秋天每周3000万．其他人建议更加谦虚每天500,000.同时仍然预测有更大的需求。

但仅靠测试是不够的。这些预测的差异是基于对病毒的基本繁殖价值以及社交距离和接触者追踪计划的有效性的假设。这些努力必须同样有力。

截至8月25日，美国报告了7960万次使用9%的测试阳性．在过去的两个月里，测试的范围在479000年和927000年．虽然目前的检测能力满足低范围，但我们仍然比较高的检测建议低10至20倍。

这是一个持续的紧急情况。成功控制Covid-19早期和经验丰富的测试低检测阳性率（即，正面测试除以所有测试* 100）：新西兰0.4％，台湾0.6％，澳大利亚0.6％和韩国1.5％。

这世界卫生组织(世卫组织)建议，阳性率应保持在3%至12%之间，并必须配合积极的接触者追踪和隔离。美国的检测结果为9%，符合世卫组织的标准，但只有10%的检测结果是与其他成功遏制COVID-19的国家相匹配的。

Illumina一直专注于帮助我们的客户利用下一代测序（NGS）来满足日益增长的测试需求;但是，我们预见到了正在进行的测试短缺和将直接通过我们的COVID测试服务开始贡献。对于消费者来说，Illumina的COVID测试服务将通过雇主和卫生机构提供，价格与大多数基于pcr的测试基本相同。

使用Covidseq测试，我们的检测得到了FDA的紧急使用授权，用于检测和诊断COVID-19，我们将在美国开发每天48000次检测的能力。对于大多数阳性样本，我们也将开发一个完整的SARS-CoV-2序列用于研究。除了帮助提高美国的诊断能力，这项服务还将生成数千个病毒序列。随着病毒的不断进化和疫苗进入临床使用，这将变得越来越重要。此外，由于FDA已授权covid - seq用于NovaSeq 6000测序系统以及NextSeq 500、NextSeq 550和NextSeq 550Dx(在RUO模式下)系统，许多在CLIA认证下执行高复杂性测试的实验室也可以提供诊断结果和SARS-CoV-2序列。高通量测序有可能彻底改变对COVID-19和未来病原体的公共卫生接触者追踪和大流行控制。

拥有的国家最成功在控制大流行方面，尽早进行检测、隔离、追踪接触者，并采取国家社会距离措施s。除非接触跟踪可以是在识别受感染者的两到三天内有效地进行，这些努力可以慢，但不会停止，病毒蔓延。实时NGS可以在历史上第一次启用有效的联系跟踪和爆发管理，并突出可能影响诊断和疫苗效率的病毒性变化。

在美国,联系跟踪在很大程度上失败了由于公共卫生基础设施不足，有限或延迟访问诊断测试，以及无症状感染者比例较高。

随着我们的Covid测试服务升起，我们每周将开始产生数千个Covid-19序列。这项工作在Radx部分支持，这项工作可以融入公共卫生努力，以便在规模的现实中进行积极的基因组监测。

此数据可以安全地帮助重新打开学校和企业，并有助于防止未来的爆发。如果融入公共卫生努力，Covid测试服务可以帮助实现这一目标国家科学院，工程和医学学院实现国家流行病应对战略现代化的愿景。

我为我们取得的成就感到骄傲。我们的许多进展使测序变得负担得起、可扩展和准确，使基于ngs的诊断测试，特别是COVIDSeq成为可能。随着我们推出高通量Illumina COVID测试服务和clia认证的实验室采用COVIDSeq，美国将更好地展示这种能力如何控制当前和未来的大流行。

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