2021年3月17日
这一流行病既新颖又独特、紧迫和普遍。了解为什么病原体基因组监测如此重要，以及Illumina技术的目标是如何支持这一努力，现在和未来。
2020年以缓慢而稳定的警告开始。从武汉传来的隆隆声很快变成了一种明确无误的紧迫感的吼声——这是来年的信号。到2020年1月，世卫组织意识到武汉爆发了类似肺炎的病例。一种新型冠状病毒——也会导致普通感冒的病毒——正在出现。几天过去了，几周过去了，这种疾病迅速出现在世界各地，跨越国界，席卷全球。
Illumina于2019年底被召集到武汉，帮助上海公共卫生临床中心(SPHCC) P3生物安全实验室研究团队部署Illumina平台，对患者样本进行深度转录组测序。SPHCC于2020年1月10日发布了首个Sars-CoV-2病毒基因组。当最早的患者到达华盛顿州时，通过连夜聚合酶链式反应检测来确定诊断。
人们意识到，即使在美国，病毒已经传播了几周，几个月，它正在影响人们的生活，但我们仍然不知道它在这里1．
时间快进到今天，病毒的故事经历了它的引入，进入了它曲折的冲突。它让我们处在一个突变占主导地位的位置，我们正在快速追踪监测。
我们对COVID - 19监测的利益进行了大量投资，并相信测序可以成为阻止大流行的关键。即便如此，仍有很多工作要做。努力正在迅速加快，但截至2021年2月初，美国只对0.36%的冠状病毒病例进行了测序和公布2．使用Illumina技术的英国和澳大利亚更早出现在现场，欧盟、新加坡和南美国家也纷纷效仿。
Illumina公司的首席医疗官Phil Febbo博士解释说:“你必须对一定比例的阳性基因进行测序，这样你就不会盲目，当它们出现时你就能看到变异。”坦率地说，美国远远落后了。”3.2021年2月，美国排在第36位th对病毒样本进行基因测序的数量幸运的是，从那时起，事态发展迅速。
SARS-CoV-2病毒的每条RNA链包含约3万个核苷酸。这些核苷酸是决定病毒如何操作、复制和传播的密码。当病毒序列发生变化时，变异会影响病毒的检测方式、传染性以及对疫苗的反应。
B.1.1.7变种和相关的B.1.526变种的发现据说在纽约市呈指数级扩散5要求美国将注意力转移到监视上。
首席医疗官菲尔·菲博(Phil Febbo)一直在直言不讳地表示需要监视支持，随着这些新变种的出现，人们听到了这一呼吁。截至2021年2月1日，美国疾病控制与预防中心延长了与Illumina、Helix以及Quest Diagnostics和LabCorp等测试主流公司的合同，承诺每周分析6000个病毒基因组亚博下载app2．这一进展将使目前完成的病毒测序量增加近两倍。仅在过去一个月里，测序就使我们对美国境内变异的目录和比例有了更好的了解。
与Quest和LabCorp这样的大型诊断实验室合作，以及每个州的公共卫生实验室，将有助于避免“基因组沙漠”。2
Charles Chiu，医学博士/博士，最近与Helix的一项研究。加州大学旧金山分校传染病学系实验室医学和医学系教授和斯克里普斯大学免疫学和微生物学系博士克里斯蒂安·g·安德森发现，B1.1.7变种于11月底抵达美国，截至2021年1月已蔓延到30个州。根据这项研究，B1.1.7变异的传播能力要高出35-45%，传播频率每一个半星期翻一番。接触者追踪显示，尽管大多数人没有旅行史，但变种仍在社区中传播。4
为了应对病毒变异带来的日益增长的威胁，美国政府正在采取行动推进测序和监测。拜登总统于2021年3月11日签署了《美国救援计划法案》。其中包括为CDC提供17.5亿美元的资金，用于提高测序能力，识别病毒突变和传播。要做到这一点，必须:
- 高质量的测序，以确保准确的病毒基因组和菌株分型
- 使信息对公共卫生应对有用的周转时间短于5天
- 科学界的透明度和数据共享
- 对进行测序的实验室的报销
这些最近的发展证实了排序的力量，并强调了提高认识和采用的机会。最初的模型显示，对5%的阳性基因进行测序可能有助于在它们变得普遍并在社区中传播之前捕捉到新的变异6．然而，由于即将出现的疫苗“逃逸”变体的潜力，很可能需要更高的比例。
根据我们迄今获得的知识，2021年对病原体测序有着不可估量的势头。像Illumina COVIDSeq™检测在检测和表征SARS-CoV-2突变方面发挥着关键作用。当检测到SARS-CoV-2时，该检测可以提供其全长序列，随着对病毒测序的需求变得越来越普遍，总体采用率有所增加。Illumina COVIDSeq™检测可在美国食品和药物管理局的紧急使用授权下使用，在新加坡可在卫生科学管理局的临时授权下使用。一个本产品仅供研究使用(RUO)版本在美国以外的地方有卖吗
抗击新冠病毒的斗争仍在继续。在这场斗争中，全球承诺团结公共和私营伙伴关系，与卫生系统沟通，对于我们如何应对未来的威胁至关重要。时间紧迫，但病原体基因组监测提供了希望。
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