使用高通量NGS鉴定乳腺癌靶标
乳腺癌Atlas项目用Novaseq 6000系统测序超过一百万百万乳腺癌细胞。
利用高通量NGS识别乳腺癌靶点
总结
概述
加文研究所的研究人员正在创建一个全面的乳腺癌细胞图谱。
挑战
对超过100万个单个乳腺癌肿瘤细胞进行细胞基因组学研究。
解决方案
Swarbrick博士和他的团队选择NovaSeq 6000系统进行测序研究，包括单细胞RNA测序(scRNA-Seq)。
利益
Novaseq 6000系统上的高容量测序使Garvan研究人员能够快速执行测序以产生高质量数据。
介绍
Garvan医学研究所的Alex Swarbrick博士和他的同事发起了乳腺癌图谱项目，对100多万个乳腺癌细胞的基因组和蛋白质数据进行分类。结合组织病理学数据，这个最先进的参考数据库将帮助研究人员和临床医生确定乳腺癌治疗和诊断发展的目标，并在未来做出更精确的治疗决策。
“我们经常从病理学的角度来看待癌症生物学，”Swarbrick博士说。“十多年来，乳腺癌领域的许多重大和转折性发现都来自该领域，包括有助于疾病分层的诊断生物标志物的发现。通过结合我们对病理学的兴趣和基于新一代测序(NGS)的方法的出现，我们意识到有机会以高分辨率了解乳腺癌的细胞组成。”
乳腺癌的细胞基因组学
Swarbrick博士利用细胞基因组学技术来理解和识别肿瘤微环境中的基质-上皮信号。许多上皮性癌症（如乳腺癌）的驱动因素是通过细胞外空间中感应配体激活的受体。肿瘤微环境是肿瘤细胞的丰富来源f这些配体。
斯法尔布里克博士博士与医学肿瘤学，病理，手术和放射学中的临床合作组合起来，开始了一个计划，收集来自澳大利亚悉尼的几家医院的新鲜组织样本。凭借来自国家乳腺癌基础的近远资金支持，乳腺癌地图集项目成立，成立了乳腺癌的综合性蜂窝成像癌。
专门的组织收集方法
“我们已经以与细胞基因组学相容的方式收集和储存组织4-5岁，”斯沃克博士说。“这是一个新的生物资源，支持我们的计划。”
该团队已经完成了250多个样本的组织病理学研究。斯沃布里克博士说：“我们现在可以开始使用NovaSeq 6000系统快速生成细胞基因组数据。”。“我们已经开始了该项目，目前约有15%的项目已经完成。
“我们已经将NovaSeq 6000系统用于我们自己的细胞基因组学研究，因为它的效率和经济实惠。”
“部分价值在于，我们一直在收集临床和组织病理学变量以及细胞基因组数据，”Swarbrick博士补充说。“拥有一个大型队列的力量在于，我们可以开始将我们发现的细胞和分子特征与这些患者的临床特征和结果联系起来。”
NGS推动细胞基因组学研究
在他们的细胞基因组学研究的早期，斯法拉克博士和他的团队使用了NextSeq™500系统。“NextSeq 500系统是敏捷，快速，相对容易运行，”斯沃克博士说。“它允许我们快速生成数据。当一个新的样本进入时，我们可以捕获它，序列，并在几天内拥有数据。“
该团队选择采用NovaSeq 6000系统来处理高容量测序项目，如乳腺癌图谱。Swarbrick博士表示:“我们已经将NovaSeq 6000系统用于我们自己的细胞基因组学研究，因为它可以提供效率和经济效益。”“我们所有的单细胞RNA测序(scRNA-Seq)都是在NovaSeq 6000系统上进行的。我们仍然使用NextSeq 500系统进行转录组和表位测序(CITE-Seq)研究，以测量单个细胞表面的蛋白质水平。”
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NextSeq 500系统：此系统已停止使用。我们建议nextseq 1000和2000系统作为替代方案。