Martínez I, Stegen JC, Maldonado-Gómez MX, Eren AM, Siba PM, Greenhill AR, Walter J
细胞代表
2015
摘要
尽管最近的研究揭示了西化对人类肠道菌群多样性和组成的影响，但其对元群落特征的确切影响尚不清楚，其潜在的生态机制尚未阐明。在这里，我们比较了巴布亚新几内亚(PNG)两个非工业化地区成年人的粪便微生物群与美国(US)居民的粪便微生物群。巴布亚新几内亚拥有更丰富的细菌多样性、更低的个体间变异、差异巨大的丰度剖面，以及在美国居民中无法检测到的细菌谱系。通过对控制群落组成的生态过程进行量化，确定细菌扩散是巴布亚新几内亚形成微生物群的主要过程，但在美国不是。这些发现表明，在工业化社会中发现的微生物群变化可能是由于限制细菌扩散的现代生活方式因素引起的，这对人类健康和旨在纠正西方化影响的战略的发展有影响。
Illumina摘要
由于饮食、遗传和环境暴露，人类肠道微生物群的多样性和组成发生变化。为了描述西化对肠道微生物群的影响，本研究使用Illumina MiSeq进行16s rRNA测序，比较了巴布亚新几内亚（PNG）两个非工业化地区成年人和美国（美国）居民的粪便微生物群。作者发现巴布亚新几内亚人居住的社区细菌多样性更大，个体间差异更小，丰度分布差异很大，美国居民无法检测到细菌谱系。
冯Q,梁年代,贾庆林H, Stadlmayr,唐L,局域网Z,张D,夏H,徐X, Z杰,苏L,李X, X,李J,肖L, Huber-Schonauer U, Niederseer D,徐X, Al-Aama司法院,杨H,王J, Kristiansen K, Arumugam M, Tilg H,王Datz C J
纳特公社
6528年6
2015
摘要
大肠癌是一种老年人常见的癌症，通常由良性息肉腺瘤缓慢发展而来。肠道微生物群被认为直接参与结肠直肠癌的发生。然而，与腺瘤或癌相关的肠道微生物的身份和功能能力尚未得到全面的调查。在这里，我们对晚期腺瘤和癌患者以及健康受试者的粪便进行了一项宏基因组关联研究(MGWAS)，揭示了每一组中丰富的微生物基因、菌株和功能。一项对潜在风险因素的分析表明，相对于水果和蔬菜而言，大量摄入红肉似乎与细菌的生长有关，这可能有助于形成更恶劣的肠道环境。这些发现表明，基于粪便微生物群的策略可能有助于结直肠腺瘤或癌的早期诊断和治疗。
Illumina摘要
大肠癌是一种老年人常见的癌症，通常由良性息肉腺瘤缓慢发展而来。该研究通过对晚期腺瘤、癌症患者和健康受试者的粪便进行宏基因组测序，研究了肠道微生物群在结直肠癌发生中的作用。分析显示，在每个样本组中，微生物基因、菌株和功能都得到了丰富，这表明相对于水果和蔬菜而言，大量摄入红肉可能有助于形成更恶劣的肠道环境。
摘要
rna引导的核酸内切酶Cas9已经成为一个通用的基因组编辑平台。然而，常用的化脓性链球菌(SpCas9) Cas9的大小限制了其在基础研究和使用高度通用腺相关病毒(AAV)载体的治疗应用中的应用。在这里，我们描述了6个较小的Cas9同源物，并表明来自金黄色葡萄球菌(SaCas9)的Cas9可以以类似于SpCas9的效率编辑基因组，同时比SpCas9短1千碱基以上。我们将SaCas9及其单导RNA表达盒封装到单个AAV载体中，并靶向小鼠肝脏中的胆固醇调节基因Pcsk9。在注射一周内，我们观察到>40%的基因修饰，同时血清Pcsk9和总胆固醇水平显著降低。我们进一步利用BLESS评估了SaCas9和SpCas9的全基因组靶向特异性，并证明了SaCas9介导的体内基因组编辑具有高效和特异性的潜力。
Illumina摘要
rna引导的核酸内切酶Cas9已经成为一个通用的基因组编辑平台。然而，常用的Cas9 (SpCas9)的大小限制了其在基础研究和使用高度通用腺相关病毒(AAV)运载工具的应用上的用途。在这项研究中，作者使用Illumina TruSeq Nano LT试剂盒和Illumina MiSeq测序鉴定了6个较小的Cas9同源物。作者发现金黄色葡萄球菌(SaCas9)中的Cas9可以以与SpCas9相似的效率编辑基因组。在注射1周后，他们观察到胆固醇调节基因Pcsk9在小鼠肝脏中>40%的基因修饰，同时血清Pcsk9和总胆固醇水平显著降低，这表明SaCas9具有高效和特异的基因组编辑潜力。
摘要
猪链球菌在全世界引起猪的疾病，并越来越多地与东亚和东南亚的人畜共患疾病有关。为了了解猪链球菌疾病的遗传基础，我们研究了来自英国和越南的375个具有详细临床表型的猪和人分离物的基因组。在这里，我们表明与疾病相关的分离物包含的基因比非临床分离物少得多，但更有可能编码毒性因子。人类疾病分离物仅限于单一毒力群体，起源于20世纪20年代，当时猪的生产正在加剧，但猪和人类分离物之间没有观察到一致的基因组差异。不同的猪链球菌亚群很少在地理上聚集，而且这种细菌的重组率很高，这意味着世界上任何地方的毒力增加都可能在短时间内产生全球影响。
Illumina摘要
猪链球菌在全世界引起疾病，并越来越多地与人畜共患疾病有关。在这项研究中，作者使用Illumina HiSeq 2000对来自英国和越南的375个猪和人猪分离株的基因组进行了测序，这些分离株具有详细的临床表型。作者发现，与疾病相关的分离物比非临床分离物包含的基因少得多，但更有可能编码毒性因子。此外，他们还发现，不同的猪链球菌亚群在地理上很少聚类，而且这种细菌的重组率很高，这意味着世界上任何地方的毒性增加都可能在短时间内产生全球影响。
Kay GL，MJ中士，Zhou Z，Chan JZ，Millard A，Quick J，Szikossy I，Pap I，Spigelman M，Loman NJ，Achtman M，Donoghue HD，Pallen MJ
纳特公社
6717年6
2015
摘要
结核病（TB）曾经是欧洲的主要杀手，但目前尚不清楚“结核病高峰期”的感染菌株和模式与我们今天看到的情况有何关系。这里我们描述了14个M。结核，代表12种不同的基因型，使用宏基因组学从18世纪匈牙利的人类遗骸中获得。我们所有的历史基因型都属于M。结核病谱系4.贝叶斯系统发育年代测定法，基于有详细记录日期的样本，将该谱系的最新共同祖先放在罗马晚期。我们发现大多数物体的屈服强度都超过一米。肺结核基因型，我们记录了两个长期死亡个体感染之间的密切流行病学联系。我们的结果表明，宏基因组方法可以有效地检测和描述历史和当代感染。
Illumina摘要
结核病（TB）曾经是欧洲的主要杀手，但目前尚不清楚“结核病高峰期”的感染菌株和模式与我们今天看到的情况有何关系。利用从18世纪匈牙利墓穴的人类遗骸中获得的宏基因组样本，本研究着手对M。结核，并与M。肺结核今天很流行。作者使用Illumina MiSeq和HiSeq进行宏基因组测序，并使用系统发育年代测定法，他们发现了这个谱系在罗马晚期的最新共同祖先。通过证明历史菌株可以精确地映射到当代谱系，作者强调，控制这种古老传染病的斗争还远远没有结束。
Merker M，Blin C，Mona S，Duforet-Frebourg N，Lechher S，Wallery E，Blum Mg，Rüsch-Gerdes S，Mokrousov I，Aleksic E，Allix-BéguecC，Antierens A，Augustynowicz-Kopec E，Ballif M，Barletta F，Beck HP，Barry Ce，Bonnet M，Borroni E，Campos-Herroero I，Cirillo D，Cox H，Crowe S，Crudu V，Diel R，Drobniewski F，Fauville-Dufaux M，Gagneux S，Ghebremichael S，HanekomM，Hoffner S，Jiao WW，Kalon S，Kohl Ta，Kontsevaya I，Lillebækt，maeda s，nikolayevskyy v，Rasmussen m，rastogi n，samper s，sanchez-padilla e，savic b，洗衣员ic，shen a，sngLH，Stakenas P，Toit K，Varaine F，Vukovic D，Wahl C，Warren R，供应P，Niemann S，Wirth T.
Nat麝猫
47 242 - 9
2015
摘要
北京系结核分枝杆菌菌株在全球分布，并与欧亚大陆耐多药结核病的大规模传播有关。通过对99个国家的4987个分离株的遗传分析和110个具有代表性的分离株的全基因组测序，重建了该谱系的生物地理结构和进化史。我们发现，这一谱系最初起源于远东，并在那里以几波辐射到世界各地。我们发现，在过去200年里，这种病原体的人口规模连续增长，几乎与工业革命、第一次世界大战和艾滋病毒流行相一致。随着前苏联公共卫生系统的崩溃，这一谱系的两个耐多药克隆体开始在中亚和俄罗斯蔓延。在积极选择和毒性相关的基因中发现的突变可能有利于谱系中最成功的分支的扩展。
Illumina摘要
北京系结核分枝杆菌菌株在全球分布，并与欧亚大陆耐多药结核病的大规模传播有关。本研究利用迄今为止所调查的最大单个结核分枝杆菌谱系的数据集，利用Illumina MiSeq软件，在全球范围内确定了北京分枝杆菌谱系的种群结构，并重建了菌株单倍型和等位基因多样性的空间分布。系统发育显示，在过去200年里，这种病原体的种群规模连续增长，几乎与工业革命、第一次世界大战和艾滋病毒流行相一致。
郭军，韩宁，张勇，王辉，张旭，苏林，刘超，李俊，陈超，刘超
微生物学
Res 170 61 - 8
2015
摘要
太空的极端环境可能会影响微生物的行为，并可能增加太空飞行期间感染性疾病的风险。然而，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)对航天环境的分子遗传变化尚未完全阐明。在本研究中，我们测定了从临床样本分离的一株古金黄色葡萄球菌(LCT-SAO)和在神舟十号航天飞行、模拟微重力和地面平行培养的三株衍生菌株LCT-SAS、LCT-SAM和LCT-SAG的基因组序列。为了评估短期太空飞行对MRSA菌株的影响，进行了比较基因组分析。毒素基因和抗生素耐药基因的基因组定位证实这些菌株具有传统的致病性和耐药性，在三种不同环境中培养后这些区域均无明显变化;这一结果表明，太空飞行可能不会改变细菌的毒性或耐药性。在整个基因组中鉴定出39种菌株特异性序列变异(SVs)，这三种衍生物表现出几乎相同的突变率。59%的SVs位于基因组的基因间区域，这表明金黄色葡萄球菌可能具有一种极其强大的修复机制，负责识别和修复DNA复制不匹配。值得注意的是，空间培养的菌株LCT-SAS具有最独特的SVs (n=9)，与LCT-SAM (n=5)和LCT-SAG (n=4)共享最少的SVs。此外，我们还鉴定出10个潜在缺失区和2个潜在插入区，其中LCT-SAS比其他菌株更脆弱。 These results suggest that the environment of space is inherently complicated, with multiple variables, and cannot be simulated in a simple manner. Our results represent the first analysis of nucleotide structure variation of S. aureus strains in a spaceflight environment and also provide a valuable insight for understanding the mutation strategies of MRSA on earth.
Illumina摘要
金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种兼性厌氧微生物，在太空飞行的无空气环境中比需氧菌有更高的繁殖和传播机会，这可能会增加宇航员感染疾病的潜在风险。在这项研究中，作者对一位祖先的S。在模拟微重力和地面条件下，分别在神舟X号航天飞行期间平行培养金黄色葡萄球菌菌株和三种衍生菌株。作者发现，这些菌株具有常规致病性和耐药性，因为在三种不同环境中培养后，这些区域没有任何菌株表现出显著变化；这一结果表明，太空飞行可能不会改变细菌的毒力或耐药性。
唐诗、霍尔顿山、尼克森埃克、库珀BS、科瑟库、科里A、乔巴特T、高切麦斯S、弗雷泽C、乌蒂埃卡农五世、塔伊帕顿帕尼特J、洪素万M、日NP、利马图罗茨库D、帕克希尔J、孔雀SJ
基因组
Res 25 111 - 8
2015
摘要
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是医院感染的主要原因。MRSA全基因组测序已被用于确定资源充足的医疗保健环境中的系统发育和传播，但医院感染的最大负担发生在资源有限的环境中，传播障碍较低。在这里，我们研究了MRSA的通量和遗传多样性的病房和个别患者水平的医院传播是常见的。我们在3个月的时间里反复筛查了两个重症监护病房的所有患者是否携带MRSA。所有MRSA均属于多位点序列239型(ST 239)。我们通过对46名患者和5名工作人员的79个分离株进行测序，确定了人群结构并绘制了MRSA的传播图，其中包括首个MRSA阳性筛查株和可获得的至多2个重复分离株。系统发育分析确定了每个重症监护病房ST 239分支随时间的变化。共鉴定出5个主要分支，它们在携带编码抗菌药物和抗菌素耐药性决定因素的质粒方面存在差异。序列数据证实了内部和内部的传播事件，并确定了被一个以上进化支寄生的个体患者。每个单位都有一名患者是众多传播事件的来源，对其中一名病例进行深入采样，显示有相关MRSA变异的“云”定植。 The application of whole-genome sequencing and analysis provides novel insights into the transmission of MRSA in under-resourced healthcare settings and has relevance to wider global health.
Illumina摘要
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是医院感染的主要原因。本研究的目的是使用WGS来定义MRSA在MRSA传播常见的医院环境中的系统发育和传播动力学。利用Illumina测序，作者确定所有MRSA属于多位点序列239型(ST 239)，系统发育分析确定了每个重症监护病房中不同ST 239分支随时间的变化。共鉴定出5个主要分支，它们在携带编码抗菌药物和抗菌素耐药性决定因素的质粒方面存在差异。
Noike M, Matsui T, Ooya K, Sasaki I, Ohtaki S, Hamano Y, Maruyama C, Ishikawa J, saoh Y, Ito H, Morita H, Dairi T
Nat Chem.
杂志11 71 - 6
2015
摘要
肽抗生素通常由两种不同机制之一以核糖体依赖或核糖体非依赖的方式生物合成。脱镁霉素（PGM（1））和相关类似物由非蛋白源性氨基酸（S）-2-（3,5-二羟基-4-羟甲基）苯基-2-胍乙酸（2）和蛋白源性核心肽组成，因此其来源不确定。我们报告了卷曲链霉菌中负责PGM生产的生物合成基因簇的鉴定。出乎意料的是，该簇包含一个编码多个前体肽的基因，以及几个似乎编码氨基酸2合成酶的基因。我们发现，具有ATP抓取结构域的PGM1可能能够将前体肽与2，并利用缺失突变体和体外重组来验证这一假设。我们记录了PGM1的基质介电常数，通过结构和诱变实验证实，可以通过一个大的结合袋来合理化。据我们所知，这是核糖体和肽连接酶利用肽亲核试剂实现协同肽合成的第一个例子。
Illumina摘要
肽抗生素通常是由核糖体依赖或核糖体不依赖的两种不同的机制之一生物合成的。本研究报道了从链霉菌cirratus中鉴定的生物合成基因簇，该基因簇负责产生异霉素(PGM)。作者使用Illumina测序技术构建了cirratus链霉菌的基因组草图，并使用缺失突变体和体外重组验证了鉴定结果。
Ng SH, Azizi A, Edamura K, Malott RJ, Charlebois RL, Logvinoff C, Schreiber M, Mallet L, gisonny - lex L
PDA J Pharm Sci
抛光工艺68 563 - 71
2014
摘要
为比较常规体外指示细胞培养、定量聚合酶链反应(qPCR)和新一代测序(NGS)检测方法对外源物质的检测效果，以人巨细胞病毒(HCMV)为模型病毒进行初步评价。HCMV以不同浓度插入粗制的病毒捕获物中，并接种到MRC-5单层细胞上。按照药典方法的要求，观察培养物的细胞病变效应(CPEs)，并在不同时间点取样，通过qPCR或NGS进行分析。当使用NGS检测HCMV时，比使用传统CPE终点法观察的灵敏10倍。qPCR有可能达到NGS所证明的检测水平，但还需要进一步优化技术。此外，当以10 CCID50/mL添加NGS时，可以在初始接种物中检测HCMV，这表明基于NGS的检测有可能消除细胞培养扩增。本研究强调了NGS作为一种替代广谱技术检测生物制剂中不定剂的优势。
Illumina摘要
本研究旨在以人巨细胞病毒（HCMV）为模型病毒，比较常规体外指示细胞培养、定量聚合酶链反应（qPCR）和下一代测序（NGS）作为传染源检测方法的性能。在illumina技术上使用NGS时，HCMV的检测灵敏度是传统CPE终点法的10倍。作者建议，qPCR可能达到NGS证明的检测水平，但需要进一步优化该技术。