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社区,企业,微生物基因组学

视频:Illumina站在大流行前线

回顾我们如何部署下一代测序来支持全球监测

Illumina站在疫情前线
2021年8月26日

这个月,Illumina捐赠了100万美元用于分子诊断参考实验室的测序能力在大孟买市政公司经营的卡斯图尔巴医院Kasturba位于印度马哈拉施特拉邦,那里有超过600万例COVID感染病例,他知道基因组监测是一个关键工具。作为一家全球生命科学公司,Illumina的使命是支持改善健康和生活质量。在这场大流行病期间,这一使命被放大了一百倍。目前,Illumina支持70多个国家的COVID - 19监测。

从一开始就排序
2020年1月24日凌晨,当他们的家人准备庆祝中国新年时,Illumina在中国的员工正在打包NextSeq™550测序仪交付中国疾病预防控制中心。随后,该团队校准了仪器,并培训了CCDC人员。这些机器对于帮助中国科学家和公共卫生官员更好地了解新型冠状病毒至关重要。

Illumina从第一天开始就采取了亲力亲为的方法:为我们的客户提供产品、工作流程和支持;数据和样本共享;为客户实验室配备人员,帮助他们扩大规模;捐赠和折扣物资。

我们的员工与CCDC、盖茨基金会、美国疾控中心、非洲疾控中心、巴斯德研究所、制药和生物技术公司以及许多其他机构密切合作,帮助监测和控制病毒。由于Illumina测序技术是全球NGS标准,我们为所有这些集团提供了一个共享信息的通用语言。

NGS在流行病学研究、分析感染群集、识别共病、验证诊断、评估不同菌株及其演变等方面发挥了至关重要的作用。亚博下载app这些内容对于了解这种疾病、测试治疗方法和开发疫苗至关重要。

最早的努力
甚至在Illumina将NextSeq系统交付CCDC之前,我们的仪器就已经在帮助公共卫生官员抗击疫情。2019年12月,上海公共卫生临床中心使用MiniSeq系统对患者样本进行测序。SPHCC是最早公布病毒基因组序列的组织之一。

后来,我们打开了SPHCC-Illumina微生物测序研究与应用示范中心在上海加快微生物研究和临床检验。

2020年4月,我们推出了Illumina SARS-CoV-2数据工具包,这是一套新的数据分析和工作流程工具,可以更容易地识别患者样本中的SARS-CoV-2序列,并与公共数据库共享这些发现。

为了加速采用,Illumina最初将工具包免费分发给全球研究社区。这些工具集成了Illumina全球15000个测序系统,提供了令人难以置信的资源来共享信息,了解传播途径,跟踪病毒进化,并确定病毒突变是否影响治疗效果。

这个月晚些时候,Illumina捐赠了140万美元向非洲联盟委员会提供测序系统和消耗品,以扩大在刚果民主共和国、埃及、埃塞俄比亚、加纳、肯尼亚、马里、尼日利亚、塞内加尔、南非和乌干达的SARS-CoV-2测序。

5月,Illumina和Illumina公司基金会承诺提供1000万美元支持抗covid - 19工作500万美元用于支持SARS-CoV-2监测、测序和监测的仪器和消耗品;200万美元用于covid -19相关研究;向CDC基金会COVID - 19应急基金提供100万美元;200万美元用于社区倡议。

在英国,Illumina与英格兰基因组学合作对约3.5万名COVID-19患者进行测序。该倡议的目的是发现COVID-19易感性的遗传因素。

新冠病毒检测和监控
6月9日,我们的高吞吐量COVIDSeq™试验获得了FDA的紧急使用授权,为实验室提供了一种新的NGS工具来扩大诊断测试。后来,我们发布了COVIDSeq™试验,我们的研究只使用了运行在MiSeq, MiniSeq和iSeq100系统上的面板。这种新的化验方法虽然不是一种诊断方法,但使小型、分散的实验室能够检测和跟踪病毒——这在没有研究或监测网络的发展中国家是一种特殊需要。

在实验室之外,Illumina已经在四大洲做出了实地贡献。与比尔和梅琳达·盖茨基金会合作,Illumina承诺投资6000万美元用于全球病原体基因组计划的测序能力该计划扩展了非洲病原体基因组计划,帮助在世界各地建立一个全面的病原体基因组网络。

COVIDSeq尚未获得FDA批准或批准。该测试是FDA在EUA下授权的,在声明存在的情况下授权紧急使用体外诊断用于COVID-19的检测和/或诊断。亚博下载appCOVIDSeq仅被授权在美国实验室使用,根据1988年临床实验室改进修正案(CLIA), 42 U.S.C.§263a认证,用于执行高复杂性检测。

有关MiSeq、MiniSeq和iSeq 100系统的新96-sample COVIDSeq Assay的信息,请单击在这里

要了解yobet亚洲亚博官网人口关于NovaSeq 6000和NextSeq 500/550/550Dx/2000的COVIDSeq的更多信息,请单击在这里

要阅读有关支持COVID-19监测的信息,请单击在这里

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