BaseSpace Clarity LIMS：为什么购买比建筑更好

介绍

研究和临床基因组实验室数据的复杂性意味着实验室信息管理系统(LIMS)是必要的。LIMS提供了更好的样本结果重现性，将引入工作流的错误最小化，并提高用户的工作效率。问题不再是是否需要LIMS，而是建造还是购买。

一个功能齐全的LIMS管理从采集样本到报告结果的实验室数据。然而，与基因组学和下一代测序(NGS)相关的前所未有的吞吐量、实验复杂性和快速变化，给LIMS带来了独特的挑战。快速的时间表和扩展的工作流程需要一个LIMS，可以快速和容易地配置，以适应实验室选择的特定仪器。科学程序员和生物信息学家必须能够使系统适应，以支持不断变化的技术和协议。LIMS还必须能够支持由不同类型的科学家进行的迭代的、协作的工作。

虽然这些科学家中的大多数都同意LIMS的需要，但许多实验室仍在努力决定建造一个LIMS或从合格的LIS/LIMS供应商处购买一个LIMS。尽管许多行业正在经历国产系统数量的增加，1与生命科学相关的复杂性使得LIMS开发最好留给有信誉的供应商。

本申请说明重点介绍了几家实验室在考虑是否购买或构建LIMS方面的经验，并介绍了指导其决策的4个关键原因。

购买是更好地利用资源

很少有人能做生物信息学家能做的事情。他们利用许多学科的专门知识和专业知识来帮助其他人理解生物数据。同样，经常在实验室工作的科学程序员拥有一套专门的技能。虽然生物信息学家和程序员擅长身兼数职，可能会享受构建LIMS的挑战，但他们最好把时间花在别处，而不是跟踪样本。

在其运营的头两年中，由于试剂和软件的不断改进，一个主要的表观基因组学中心的Illumina测序系统增加了15倍。结合越来越多的NGS项目，生物信息学团队认为LIMS显然需要集中其基因组学和NGS研究。

他们最初考虑从头开始构建LIMS，以确保它与中心计划使用的定制下游分析工具兼容。实际上，构建内部LIMS的主要优势之一是，它提供了最终的定制，以满足每个实验室的特定需求。然而，开发一个LIMS需要大量的时间、金钱和人力资源投资。根据生物信息学团队的计算，一个diy的解决方案可能需要耗费数万年的时间和数十万美元。专门的内部LIMS支持和维护费用的持续支出也有助于总的拥有成本。他们认为，虽然定制系统现在可以适应他们的实验室，但当实验室需要变化时，它可能是不灵活的。

一家著名的合同研究实验室也经历了类似的困境。当他们看到对LIMS的需求时，他们估计构建自己的系统将消耗大量的资源来开发和维护。这两个实验室最终都购买了LIMS，并且很高兴他们这么做了。在这两种情况下，生物信息学家都表示，他们更喜欢从事与科学相关的分析方面的工作，而不是样本跟踪，特别是当他们找到了正确的LIMS。而且，当生物信息学工作人员能够专注于分析时，数据和结果可以更快地传递给患者和客户。

挪威镭医院(Radium Hospital)的做法略有不同，但出于类似的原因购买了LIMS。他们最初研究了许多可用的免费软件应用程序，认为他们可以在其上进行开发。但他们最终意识到，这项工作需要雇佣新的资源。

资源的有效使用是一个概念，它扩展到获取LIMS之后。当正确的LIMS被购买，它继续保护实验室资源的使用。在样品跟踪上花费的时间更少，误差也减少了，许多更好的LIMS包括了监控仪器性能和最大限度地利用昂贵试剂的功能。

在正确的LIMS中可以找到灵活性

一个主要的表观基因组学中心最初反对厂商制造LIMS的想法。毕竟，他们需要一个足够灵活的LIMS来满足他们的具体需求，无论是现在还是多年以后。他们需要Illumina测序系统和Illumina Infinium基因分型平台的集成能力和内置支持。他们需要能够连接到他们的定制分析工具，这些工具是用各种程序编写的，包括PERL、Java、R.等。所有这些，他们需要一个长期的解决方案，以适应未来NGS吞吐量的增加，以及实验室和分析工作流程的频繁变化。他们想知道现成的LIMS是否能做所有这些事情。

该中心选择购买专门为基因组学和NGS研究设计的商业LIMS。他们选择了一个LIMS，可以无缝集成到行业领袖，如Illumina的NGS平台。在几个月内，来自三个测序仪的数据通过应用程序编程接口(API)无缝地通过LIMS传递到现有的数据分析管道。与此形成鲜明对比的是，建立自己的LIMS可能需要两年时间。LIMS提供了一个基础，使该中心可以将其吞吐量扩大到目前的水平，其中包括每周运行5个Illumina测序系统和2000个Illumina Infinium基因分型样本。

定制的需求是许多实验室踏上建立自己的LIMS之旅的原因。然而，由于全面的应用程序编程接口(api)和开箱即用的工具集成，这个争论现在是没有意义的。一个健壮的API可以做任何事情，从与上游或下游工具集成到自动化例行任务，如液体处理机器人或启动管道协议步骤。应用程序继续增长，因为许多API用户定期发布和共享脚本，创建了增加API价值和效用的库。许多实验室声称一个好的API提供了两个世界的最佳:它可以定制和与内部系统的集成，但也可以满足开发人员或生物信息学人员从一个公共平台构建的需要——所有这些都可以轻松地利用资源。

类似地，与Illumina等仪器供应商的开箱即用集成否定了供应商LIMS无法与每个实验室已有的仪器和工具相匹配的概念。例如，BaseSpace Clarity LIMS标准配置了近40种不同的工作流。非程序员可以在用户界面中创建其他工作流。与仪器供应商密切合作的LIMS供应商开发出最佳集成，因此与没有这些关系的供应商相比具有优势。

可扩展性与技术和人有关

华盛顿大学西北基因组学中心最初开发了自己的LIMS，因为现有的商业软件不支持它的专门需求。然而，当Illumina测序系统从3个扩展到近20个时，该中心没有必要的时间来开发一个能够处理扩大吞吐量的系统。负责LIMS部署的Mark J. Rieder博士解释说:“尽管我们很快发现开发成本在不断增加，但在当时建造是有意义的。”“这包括支付开发者工资和人们坐下来思考整个问题的时间。与LIMS相关的开销不能过多地影响正在进行的科学研究。”无论实验室构建还是购买，LIMS最终都应该扩展到其不断增长的吞吐量，并以快速周转和效率支持实验室。

高度重视用户体验

根据《哈佛商业评论》(Harvard Business Review)， IT项目由于实施或采用不当而以惊人的速度失败。2Atrium Research and Consulting创始人、首席执行官兼首席分析师Michael Elliott表示:“LIMS肯定属于这一类，因为这些系统长期以来都是僵化的、不可用的、不灵活的。3.因此，关注LIMS的可用性和用户体验是有意义的，无论它是构建的还是购买的。

一位实验室经理说:“我们把自己开发的系统叫做FrankenLIMS。”他描述的是他工作的生物技术公司建造的LIMS。“我们不知道构建和维护这样一个系统有多难，结果是，随着科学家重新设计领域、重用组件和创建交叉引用，这个系统不断变形和改变。最终，我们围绕LIMS工作，解决LIMS产生的问题。”

“商业系统也有类似于FrankenLIMS的潜力，”Elliott说，“但随着更多的LIMS供应商从用户的角度重新思考LIMS设计，这种情况正在改变。”

根据Fred Davis提出的信息系统理论技术接受模型(TAM)，有两个因素阻碍新技术的采用:感知有用性和实际易用性。一般来说，越直观的东西越有可能被采用，因为用户学习它的时间就越少，而且不会对它产生消极的态度。yobet亚洲4所有这些都适用于既构建又购买的软件，但供应商软件可能比内部构建的软件具有优势。

用户体验已经成为一个重要的部分，特别是在技术领域。软件供应商现在雇佣用户体验(UX)工程师或设计师。填补这些职位的人对用户有深刻的理解，并评估使用数据，以设计吸引用户并简化用户任务的体验。像Illumina这样的供应商对提供良好的用户体验感兴趣，他们定期进行用户体验测试，以设计新的直观功能，反映科学家的工作流程。

考虑到用户体验而开发的软件更有可能被成功采用，因为它更直观，也更容易学习。yobet亚洲有开发人员或生物信息学家构建LIMS的实验室可能知道用户体验的概念，但没有时间或资源投入全面的用户体验研究。

另一件有利于供应商的事情是他们专注于软件开发。他们可以访问更多的过程、更多的测试资源、来自不同客户的反馈以及来自其他供应商的竞争。软件开发生命周期过程，比如敏捷，可以帮助供应商快速开发新特性，并对过程进行微调，以确保这些特性没有bug。来自其他供应商的竞争也带来了压力，要求他们在开发新功能时做到最好和最快。

结论

虽然最近有一个复苏的构建决策的LIMS在媒体上指出，规模仍然倾向于购买。著名的LIMS供应商，如Illumina，通过与仪器供应商建立密切的关系，有能力走在科学和技术进步的前面。与各种各样的客户一起工作使我们能够理解并预测他们的需求。正确的供应商LIMS可以帮助保护资源，适应现在和将来实验室特定的环境，并提供实验室工作人员想要重复的体验。

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