王y，lu y，zhang y，ning z，li y，zhao q，lu h，huang r，x x，feng q，梁x，刘k，张l，lu t，huang t，风扇d，weng q，朱c，lu y，li w，wen z，周c，田q，kang x，shi m，张w，jang s，du f，他，廖l，李y，gui b，他h，ningz，杨c，他l，罗l，杨r，罗q，刘x，李s，黄w，小l，林h，汉b，zhu z
纳特遗传学47
625 - 31
2015年
抽象的
草鱼是一种重要的养殖鱼类，约占全球淡水养殖总量的16%，且以素食为主。本文报道了一个雌性成虫0.9 gb基因组草图和一个野生成虫1.07 gb基因组草图。基因组注释在女性基因组中发现了27,263个蛋白编码基因模型。114个支架573 Mb固定在24个连接基团上。草鱼和斑马鱼的分化估计发生在4900万到5400万年前。我们鉴定了草鱼相对于斑马鱼的染色体融合，并报道了草鱼X染色体和Y染色体之间的频繁交叉。我们发现，草鱼肝脏中甲戊酸途径的转录激活和类固醇生物合成与草食性饮食的适应有关。我们相信草鱼基因组可以作为一个初始平台，以育种更好的质量鱼使用基因组方法。
Illumina摘要
草鲤鱼是一条重要的养殖鱼类，占全球淡水水产养殖的约16％。本文介绍了雌性女性成人的0.9gB基因组和野生男性成年草鲤鱼的1.07GB基因组。作者使用了Hiseq 2000上的Illumina高通量测序来序列从野草鲤鱼收集的鲤鱼DNA，并分析了两个组装的基因组以注释蛋白质编码基因，并与鲤鱼进化历史中的其他物种进行比较。系统发育分析强调了甲状腺产物途径和类固醇生物合成的转录激活与草鲤鱼从食草的适应与食草饮食有关。
Lamichhaney S，Berglund J，AlménMs，Maqbool K，Grabherr M，Martinez-Barrio A，Promerovám，鲁宾CJ，Wang C，Zamani N，Grant Br，Grant Pr，Webster Mt，Andersson L
自然518.
371-5
2015年
抽象的
栖息在Galápagos群岛和科科斯岛的达尔文雀，构成了物种形成和适应性进化研究的标志性模型。在这里，我们报告表示所有的达尔文雀类和两个近亲属120人的全基因组重测序的结果。系统发育分析表明，与基于表型的分类很重要的差异。我们发现在整个辐射种间的基因流大量的证据。杂交已经引起混血种。240碱基的单倍型包含编码影响颅面发育的转录因子ALX1基因强烈喙形状多样性有关跨达尔文雀种类以及介质地雀之内（Geospiza富通），有喙的形状发生了迅速的进化物种在应对环境的变化。该ALX1单倍型的达尔文雀喙之中形状的多样化作出了贡献，并由此对粮食资源的扩大利用。
Illumina摘要
栖息在Galápagos群岛和科科斯岛的达尔文雀，构成了物种形成和适应性进化研究的标志性模型。这项研究开始评估加拉帕戈斯雀类的系统发育，不是通过达尔文提出的表型特征，而是通过Illumina HiSeq上的全基因组测序。基于常染色体基因组序列的系统发育结果在几个物种上与达尔文表型系统发育不同。作者利用两个喙形不同的密切相关物种15kb的基因组窗口比较，以确定与喙形相关的基因座。该方法揭示了包含ALX1基因的240kb单倍型，该基因编码一个影响颅面发育的转录因子。
萨法维-Hemami H，GajewiakĴ，Karanth S，鲁宾逊SD，Ueberheide B，道格拉斯AD，施莱格尔A，帝国JS，金丝男，Bandyopadhyay PK，Yandell男，李Q，赛尔AW，诺顿RS，Ellgaard L，Olivera的BM
PROC NATL.
acad sci你
112 1743-8
2015年
抽象的
100多种毒螺(圆锥螺属)是鱼类的高效捕食者。到目前为止，绝大多数鉴定和功能鉴定的毒液成分都是针对猎物、捕食者或竞争对手神经系统中的受体、离子通道和转运体的神经毒素。在这里，我们描述了一种针对能量代谢的毒液成分，一种完全不同的机制。两种以鱼类为食的锥体蜗牛，圆锥地理螺和圆锥郁金香螺，已经进化出了一种特殊的胰岛素，这种胰岛素是它们毒液的主要成分。这些胰岛素的独特之处在于，它们与鱼类胰岛素的相似程度远高于软体动物的激素，它们的独特之处在于，它们具有cono毒素(羟脯氨酸、?-羧谷氨酸)的翻译后修饰特征。当注射到鱼体内时，毒液胰岛素会引起低血糖休克，这是一种危险的低血糖状态。我们的证据表明，胰岛素是一种特殊的武器，用于捕食鱼类的锥体蜗牛，它们使用网状策略捕获猎物。胰岛素似乎是涅槃阴谋集团的一个组成部分，这些毒液中的毒素组合被释放到水中，使小鱼群迷失方向，使它们更容易被蜗牛膨胀的假嘴(相当于一张网)吞噬。如果整个鱼群同时经历低血糖休克，这将直接促进捕食蜗牛的捕获。
Illumina摘要
毒螺(圆锥螺属)是鱼类的高效捕食者。众所周知，蜗牛的毒液中含有螺毒素，针对鱼类的神经系统。在这项研究中，作者描述了两种捕食鱼类的锥体蜗牛，它们通过一种特殊的胰岛素作为毒液的主要成分来靶向鱼的能量代谢。毒液胰岛素会引起低血糖休克，这是一种危险的低血糖状态。作者通过质谱鉴定了毒液成分，并通过Illumina RNA测序对其表达进行了表征。
蔡Ĵ，刘X，Vanneste K，普罗斯特S，蔡WC，刘KW，陈LJ，他Y，徐Q，卞C，郑Z，孙男，刘W，萧YY，潘ZJ，许CC，杨YP许YC，庄YC，Dievart A，Dufayard JF，徐X，王JY，王静，肖XJ，赵XM，杜R，张广钦，王男，苏YY，谢GC，刘GH，李LQ，黄LQ，罗YB，陈HH，范·德同行Y，刘ZJ
NAT Genet.
2014年
抽象的
由于其壮观的鲜花和其他生殖和生态适应而闻名，是植物家庭最多样化的植物家庭之一。在这里，我们介绍了热带上华兰氏植物鳞片的基因组序列，常用的植物种类兰育育种。P. Equetris是第一种具有奇森酸代谢（凸轮）的植物，该植物已经测序了基因组。我们组装的基因组含有29,431个预测的蛋白质编码基因。我们发现，由于杂合子，富含杂合性的葡萄节富集了可能参与自我不相容途径的基因。我们发现兰花特定的古聚普罗尼迪事件的证据表明，在大多数兰花片的辐射之前，我们的结果表明基因重复可能导致P. Empestris中凸轮光合作用的演变。最后，我们发现扩展和多样化的疯子盒C / D-Class，B级AP3和AGL6类基因，这可能有助于兰花花的高度专业化形态。
Illumina摘要
兰花家族，兰科菊属，以其壮观的鲜花和其他生殖和生态适应而闻名，是最多样化的植物家庭之一。本研究介绍了热带上华兰氏兰花鳞片的基因组序列，常用的母体物种用于兰花育种。作者使用Illumina Hiseq 2000用于高吞吐量测序的插入尺寸从160bp到20kb的插入尺寸不同。基因组被注释用于基因含量，并在系统发育分析中进行评估，以表征奇素酸代谢（CAM）基因的进化史。
李Q，王Z，连杰，Schiøttm，金l，张p，张y，nygaard s，peng z，zhou y，deng y，zhang w，boomsma jj，张g
Nat Commun
4943年5
2014年
抽象的
群居昆虫已经进化出了从同一基因组中产生具有不同形态、生殖和行为表型的成虫的能力。最近的研究表明，RNA编辑可能在转录后水平上增强基因产物的多样性，特别是诱导神经系统的功能改变。利用切叶蚁的头部样本，我们比较了不同社会阶层的RNA编辑组，确定了大约1.1万个RNA编辑位点，包括大工蚁和小工蚁。这些编辑位点映射到800个功能丰富的基因，涉及神经传递、昼夜节律、温度反应、RNA剪接和羧酸生物合成。大多数棘突A.针鼹编辑站点是物种特异性的，但8-23%的编辑站点在蚂蚁亚科中是保守的，可能对蚂蚁的群居性进化起到了重要作用。不同等级的蚂蚁对同一位点的编辑水平不同，这表明RNA编辑可能是塑造蚂蚁等级行为的一般机制。
Illumina摘要
群居昆虫已经进化出了从同一基因组中产生具有不同形态、生殖和行为表型的成虫的能力。在这项研究中，作者使用链特异性RNA-Seq的Illumina的上上HiSeq2000 A的女性种姓echinatior和数据从其他基因组测序的蚂蚁头的组织样本，以评估RNA在调节之间的功能基因分化编辑中的作用种姓。他们发现，编辑位点映射到800组的基因功能性地富集了神经传递，昼夜节律，温度响应，RNA剪接和羧酸生物合成。大多数编辑位点被认为是种属特异性，表明RNA编辑可能是一个普遍的机制，形状种姓在蚂蚁的行为。并表明，RNA编辑可能是一个重要但被低估的机制，它的形状在蚂蚁种姓的行为。
林T，朱G，张健，徐X，俞Q，郑Z，张Z，纶Y，李S，王X，黄Z，李江，张成，王T，张艳，王A，张艳林钾，锂C，熊G，薛Y，Mazzucato A，Causse的男，费Z，焦万诺尼JJ，Chetelat RT，扎米尔d，STADLER T，李江，叶Z，都Y，黄小号
纳特遗传学46
1220 - 6
2014年
抽象的
作物驯化和育种的历史记录在基因组中。尽管番茄是植物生物学和育种的一个模式物种，但人类选择改变其基因组的本质仍然很大程度上不为人知。本文根据360份番茄种质资源的基因组序列，对番茄的进化过程进行了综合分析。研究表明，驯化和改良主要集中在两个独立的数量性状位点(qtl)上，导致现代番茄果实比其祖先大100倍左右。此外，我们发现了现代加工番茄的一个主要基因组特征，识别了赋予果实粉红色的致病变异，并精确地可视化了与野生基因渗入相关的连锁阻力。这项研究概述了历史选择的成就和成本，并为进一步改进提供了分子见解。
Illumina摘要
作物驯化和育种的历史记录在基因组中。本研究报告了基于番茄遗传资源中心360种载体基因组序列的番茄进化综合分析。作者使用Illumina Hiseq 2000进行DNA测序，并用重点分析了单个核苷酸多态性，侧重于两个独立的定量性状基因座（QTL）。作者发现了现代加工西红柿的主要基因组特征，确定了赋予粉红果子颜色的致病变体，并精确地可视化与野生血栓产生相关的联系阻力。
抽象的
云南松木和思茅松木毛虫飞蛾，Dendrolimus houilajonquière和dendrolimus kikuchii matsumura（Lepidoctera：lasiocampidae），是中国西南部的两种紧密相关和对立的针叶植物，而这两种昆虫的嗅觉通信系统因他们的经济意义。然而，关于这些昆虫的气味检测的分子方面几乎没有信息。此外，虽然鳞翅目种类已被广泛用于昆虫嗅觉的研究，但很少有工作在嗅觉识别机制上的妹妹飞蛾之间进行比较。在该研究中，进行这两种飞蛾的抗脑转录组的下一代测序以鉴定主要嗅觉基因。在比较这两种飞蛾的抗脑转录组后，我们发现它们表现出高度相似的转录物相关的GO条款。两种物种进一步分析了化学血容学基因系列。我们鉴定了23个推定的气味结合蛋白（OBP），17个化学感染蛋白（CSP），两个感官神经元膜蛋白（SNMP），33个气味受体（或），以及D.Houi的10个离子致致动脉（IR）;和27个推定的obps，17个csps，两个snmps，33 ors和d. Kikuchii的九国税局。所有这些转录物都是全长或几乎全长。 The predicted protein sequences were compared with orthologs in other species of Lepidoptera and model insects, including Bombyx mori, Manduca sexta, Heliothis virescens, Danaus plexippus, Sesamia inferens, Cydia pomonella, and Drosophila melanogaster. The sequence homologies of the orthologous genes in D. houi and D. kikuchii are very high. Furthermore, the olfactory genes were classed according to their expression level, and the highly expressed genes are our target for further function investigation. Interestingly, many highly expressed genes are ortholog gene of D. houi and D. kikuchii. We also found that the Classic OBPs were further separated into three groups according to their motifs, which will help future functional researches. Surprisingly, no pheromone receptor was identified in the two Dendrolimus species, which may indicate a special pheromone identification mechanism in Dendrolimus. Our work allows for further functional studies of pheromones and host volatile recognition genes, and give novel candidate targets for pest management.
Illumina摘要
云南松木和思茅松木毛虫飞蛾，Dendrolimus houilajonquière和dendrolimus kikuchii matsumura（Lepidoctera：lasiocampidae），是中国西南部的两种紧密相关和对立的针叶植物，而这两种昆虫的嗅觉通信系统因他们的经济意义。本文作者利用Illumina测序软件HiSeq2000对这两种同域林蛾的触角转录组进行综合分析。对昆虫嗅觉受体分子通路和功能的深入了解将为害虫防治提供新的靶点。
Núñez-Acuña G, Valenzuela-Muñoz V, Marambio JP, Wadsworth S, Gallardo-Escárate C
ExpArasitol.
2014年
抽象的
虽然嗅觉系统的各种元素在昆虫中被阐明，但它在分子水平的甲壳类动物中实际不含糊。在甲壳类动物中，一些物种被归类为影响翅目水产养殖业的异位遗传物质。因此，迫切需要识别和理解这些主机识别中使用的信令途径。本研究通过RNA-SEQ和QPCR分析，除了在鲑鱼虱子发育的不同阶段表达的转录组模式之外，还发现参与Caligus rogercresseyi的嗅觉系统的新转录物。从由Illumina测序产生的转录组文本，鉴定并提取了用于离子耐受性的离子耐受受体和其他基因的Contigs和其他基因。为具有3923bp的离子型谷氨酸受体25获得全长mRNA，以及谷氨酸受体离子素Kinate 2，其具有2737bp。此外，发现了另外两份鉴定为谷氨酸受体，离子辐射Kinate 2样的转录物。在基石分析中，对来自C.Rogercresseyi的不同显影阶段的转录表达进行，构建了根据RPKM值的簇。通过离子激素受体中的QPCR测定验证基因转录数据，并显示与糖醛阶段相关的谷氨酸受体25的表达，而成人，尤其是雄性成人，与Kinate 2和Kinate 2样转录物相关。另外，相应受体的基因转录分析响应于含有鲑鱼饮食中的掩蔽化合物和免疫刺激剂而过表达。 This response correlated to a reduction in sea lice infection following in vivo challenge. Diets with masking compounds showed a decrease of lice infestation of up to 25%. This work contributes to the available knowledge on chemosensory systems in this ectoparasite, providing novel elements towards understanding the host-finding process of the salmon louse C. rogercresseyi.
Illumina摘要
在甲壳类动物中，一些物种被归类为影响翅目水产养殖业的异位遗传物质。已知一些物种用于使用各种机制定位其宿主，包括识别半化化学物质。在本研究中，作者研究了使用Illumina MiSeq平台的转录组织分析的Caligus Rogercresseyi的嗅觉系统。离子耐受者响应于含有鲑鱼饮食中的掩蔽化合物和免疫刺激的存在而过表达。这种响应与体内挑战症患者患者的减少与海洋虱子感染的响应相关：含有掩蔽化合物的饮食表现出虱子侵染的降低至25％。
Martin Ja，Johnson NV，SM毛，Schnable J，Meng X，Wang M，Coleman-DERR D，Lindquist E，Wei Cl，Kaeppler S，Chen F，Wang Z.
SCI rep 4.
4519
2014年
抽象的
RNA测序（RNA-SEQ）能够深入探索转录om，但典型的测序深度通常限制其全面性。在这项研究中，我们产生了近3亿的RNA-SEQ读数，总共341 GB序列，来自Zea Mays幼苗样品。在这种深度上，观察到转录组的近完整快照，其中包含超过90％的注释转录物，包括差价的转录因子。组合De Novo和基于参考组件的新型杂化策略产生了由126,708转录物组成的转录组，其中88％的表达已知的基因组装成全长。我们通过添加4,842个未宣传的转录物变量和许多新功能来改善电流注释，包括212级玉米转录物，201个基因，10个基因，在幼苗中具有无证潜在的作用以及玉米谱系特异性基因融合事件。我们通过产生高质量的转录组来证明了大型转录组研究的深度测序的力量，这为研究界提供了丰富的资源。
Illumina摘要
Zea Maiys（玉米）基因组是一种良好的植物转录组研究模型，因为与基因鉴定和注释有许多挑战。本研究的目标是通过测序玉米幼苗mRNA样品的转录组来探讨读取深度对组装和注释的全面性的影响。使用Illumina基因组分析仪和Illumina Hiseq的组合测序样品。从近3亿RNA-SEQ读数中检测到总共126,708个转录物。通过向玉米基因组添加4,842个以前的未定位的转录物变体来提高电流注释，作者证明了检测稀有转录物的深度测序的力量。
抽象的
豆类家族（豆科植物）由大约组成。17 000种。这些物种中的一些，包括但不限于调用vulgaris，cicer arietinum和cajanus cajan，是重要的膳食成分，提供蛋白质。全世界3亿人。包括大豆（甘氨酸）和苜蓿（Medicago Sativa）的其他物种是主要用于动物饲料的重要作物。此外，豆类是生物学氮的重要贡献者，形成与根瘤菌的共生关系，以固定大气N2，并为下一个季节提供高达30％的可用氮。豆科研究界包括基因组测序项目，基因组重新测序（DNA-SEQ）和转录组测序（RNA-SEQ）的高通量基因组技术的应用为基因组进化，基因组建筑和驯化提供了重大见解。
Illumina摘要
单细胞基因组学和单细胞转录组学已经成为在全基因组范围内研究单细胞生物学的有力工具。在这篇突破性的论文中，作者展示了他们如何从同一细胞中提取DNA和mRNA来进行完整的转录组和基因组分析。他们使用准线性扩增策略和Illumina HiSeq进行测序，结果表明，他们的方法的效率与现有的基因组DNA或mRNA单细胞测序方法相似。此外，他们发现在转录数上具有高细胞间可变性的基因通常具有较低的基因组拷贝数，反之亦然。
抽象的
MicroRNAs（miRNA）通过影响靶基因的3'-UTR在转录后调节中起着关键作用。使用两条近交白leghorn鸡排，第6.3行和第7.2行，分别显示了Marek的抗病和-ceplypess型，我们使用小的RNA高通量测序（HTS）来研究MiRNA是否在诱导后在这两种鸡系中表达了不同的表达坏死肠炎（NE）。从NE诱导后，从最大调节或上调的miRNA中选择的12 mIRNA通过其表达在实时PCR中得到证实。在这些miRNA，miR-215，miR-217，miR-194，miR-200a，miR-200b，miR-216a，miR-216b和miR-429在衍生自7.2线的肠道中高度表达，而mir-1782和miR-499被下调。在脾脏中，miR-34b和miR-1684是6.3线中最上调的miRNA。值得注意的是，六个靶基因中的五种靶基因，CXCR5，BCL2，GJA1，TCF12和TAB3在线6.3和第7.2行之间差异表达，并在MD易感鸡系中显示抑制。它们的表达水平与来自HTS和定量实时PCR获得的miRNA的表达水平相反。这些结果表明，响应于NE差异地改变了一些miRNA，并且它们在两个自交系中调节其靶基因的表达。统称，来自Ne-Affliced近亲鸡的肠miRNA分析显示不同疾病表型的肠道miRNA导致MiRNA调节宿主免疫基因的鉴定。 Future studies of the function of these miRNAs and their target genes in the host will lead to enhanced understanding of molecular mechanisms controlling host-pathogen interaction in NE.
Illumina摘要
Necrotis肠炎（NE）是由C.流产的感染引起的家禽的主要肠溶病。本研究在Illumina Hiseq2000平台上使用小RNA测序检测了两条近交鸡排的NE疾病进展。作者比较了两种鸡排的miRNA表达，发现一些miRNA响应于NE而差异地改变，并且它们调节其靶基因的表达。统称，来自Ne-Affliced近亲鸡的肠miRNA分析显示不同疾病表型的肠道miRNA导致MiRNA调节宿主免疫基因的鉴定。
抽象的
禽致病性大肠杆菌（APEC）是负责家禽业重大经济损失。这里，我们调查脾DNA甲基化和识别功能的DNA甲基化改变有关非质疑鸡（NC），轻度（MD）和重度病变（SV）挑战的群体中宿主反应APEC。DNA甲基化在基因机构和重复富集。启动子和CGI的甲基化不足。整合分析显示22，87，和9个基因显示出成反比改变DNA甲基化和基因表达的NC与MD，NC与SV，和MD与SV，分别。IL8，IL2RB和IL1RAPL1都包括在内。基因网络分析表明，除了炎症反应，其它网络和途径，如有机体损伤和异常，细胞信号传导和分子运输，很可能涉及到宿主反应APEC感染。此外，在细胞周期进程甲基化改变可能有助于MD和SV之间的病变表型差异。
Illumina摘要
禽大肠杆菌病是家禽养殖业最常见的传染病之一，给养殖业造成了严重的经济损失。在这项研究中，作者调查了脾对APEC感染反应的DNA甲基化组。作者使用MeDip-seq协议进行文库制备，使用Illumina HiSeq2000进行测序。作者发现，除炎症反应外，机体损伤和异常、细胞信号传导和分子转运等其他网络和途径可能与宿主对APEC感染的反应有关。
Wei l，gu l，song x，cui x，lu z，周m，wang l，胡f，zhai j，meyers bc，cao x
PROC NATL.
acad sci你
111年3877 - 82
2014年
抽象的
转座子(TEs)和重复序列占水稻基因组的35%以上。宿主通过不同的表观遗传机制调节不同TES的活性，包括DNA甲基化，组蛋白H3K9甲基化和组蛋白H3K4去甲基化。TES也可以影响宿主基因的表达。例如，微型反转重复TES（螨虫），分散的高拷贝数DNA TES可以影响附近基因的表达。在植物中，24-NT小干扰RNA（siRNA）主要来自重复和TES。然而，TES，特别是与24-NT siRNA相关的特点的程度，影响基因表达仍然难以捉摸。在这里，我们表明水稻Dicer样3同源物OSDCL3A主要负责24-NT siRNA加工。通过RNA干扰损害OSDCL3A表达造成影响重要农业特征的表型;这些表型包括侏儒症，较大的旗叶角度，更少的次要分支。我们使用小的RNA深度测序来鉴定535,054 24-nt siRNA簇。 Of these clusters, ~82% were OsDCL3a-dependent and showed significant enrichment of MITEs. Reduction of OsDCL3a function reduced the 24-nt siRNAs predominantly from MITEs and elevated expression of nearby genes. OsDCL3a directly targets genes involved in gibberellin and brassinosteroid homeostasis; OsDCL3a deficiency may affect these genes, thus causing the phenotypes of dwarfism and enlarged flag leaf angle. Our work identifies OsDCL3a-dependent 24-nt siRNAs derived from MITEs as broadly functioning regulators for fine-tuning gene expression, which may reflect a conserved epigenetic mechanism in higher plants with genomes rich in dispersed repeats or TEs.
Illumina摘要
转座子(TEs)和重复序列占水稻基因组的35%以上。TEs，尤其是与24nt sirna相关的螨虫，影响基因表达的程度仍不清楚。在这项研究中，作者表明水稻Dicer-like 3同源物OsDCL3a主要负责24-nt siRNA的加工。作者使用Illumina深度测序鉴定了535,054个24-nt siRNA簇，其中约82%依赖于osdcl3a，并显示了微小倒置重复te的显著富集。
抽象的
果实成熟是一种复杂的遗传编程过程，其与叶绿体分化成染色体的分化，并且涉及果实的感官特性。在这项研究中，进行了转录组和蛋白质组的一致性分析，以鉴定患有自发晚熟突变体中果实成熟的重要调节因子和途径（'Fengwan'橙，柑橘Sinensis L. Osbeck）及其野生型（'奉杰72-1'）。在转录物水平上，628个基因在通过RNA测序方法检测到的突变体和野生型之间显示出2倍或更多的表达差异。在蛋白质水平，130个蛋白质在其相对丰度中的相对丰度差异为1.5倍或更多，如ITRAQ（相对和绝对定量的同位数）分析所示。转录组和蛋白质组数据的比较揭示了在橙色果实成熟过程中新陈代谢调节的一些方面。首先，发现大量差异基因属于植物激素途径和与细胞壁相关的代谢。其次，我们注意到成熟的转录物和糖代谢物之间的相关性，这表明在果实成熟过程中这些代谢途径的重要性。第三，许多基因在转录物和蛋白质水平之间表现出转录后事件的不一致。这些结果揭示了柑橘成熟期间的多个成熟相关事件，并对柑橘成熟调节网络的分子机制提供新的见解。
Illumina摘要
单细胞基因组学和单细胞转录组学已经成为在全基因组范围内研究单细胞生物学的有力工具。在这篇突破性的论文中，作者展示了他们如何从同一细胞中提取DNA和mRNA来进行完整的转录组和基因组分析。他们使用准线性扩增策略和Illumina HiSeq进行测序，结果表明，他们的方法的效率与现有的基因组DNA或mRNA单细胞测序方法相似。此外，他们发现在转录数上具有高细胞间可变性的基因通常具有较低的基因组拷贝数，反之亦然。
Sakai H，Kanamori H，Arai-Kichise Y，Shibata-Hatta M，Ebana K，Oono Y，Kurita K，Fujisawa H，Katagiri S，Mukai Y，Hamada M，Itoh T，Matsumoto T，Katayose Y，Wakasa K，Yanom，wu j
DNA res.
2014年
抽象的
具有其驯化和适应，亚洲栽培水稻（Oryza sativa）期间放出深遗传结构显示相当大的生理和形态的变化。在这里，我们通过使用先进的新一代测序（NGS）技术，以获得更好的高度分化的品种间的序列和结构变化的理解很深描述AUS水稻品种Kasalath的全基因组测序。从头组装Kasalath的序列表示的基因组的91.1％（330.55 MB）和含有35 139表达的基因座通过RNA-SEQ分析注释。我们检测2 787 250单核苷酸多态性（SNP）和Kasalath的和日本晴之间7393大的插入/缺失（INDEL）位点（> 100 bp）的，和2个216 251 SNP和Kasalath的和93-11之间3780个大插入缺失。这些品种间的基因内容广泛的比较，发现基因的得与失率相似。我们检测插入序列，并在基因组Kasalath的未映射的序列的40.75 MB的至少7.39 MB与日本晴参照基因组的比较。可公开获得的NGS的映射短读取来自50个稻种质证明的必要性和使用Kasalath的全基因组序列作为附加参考来捕获无法通过单独使用日本晴序列被发现的序列多态性的值。
Illumina摘要
亚洲栽培的稻米（Oryza sativa）显示出相当大的生理和形态变异。在这项研究中，作者使用了Illumina Gaiix和Hiseq全基因组测序κBasalath，以更好地了解高度分化的品种中的序列和结构变化。可公开获得的NGS的映射短读取来自50个稻种质证明的必要性和使用Kasalath的全基因组序列作为附加参考来捕获无法通过单独使用日本晴序列被发现的序列多态性的值。