对传染病的战斗和寻找疗法至关重要是了解疾病发病机制,病原体毒力,以及人类微生物组如何影响对病原体和治疗的反应。下一代测序(NGS)可以帮助研究人员研究宿主病原体相互作用,揭示病原体如何引起疾病,并探索病原体感染机制。了解这些因素可以告知公共卫生决定,并帮助确定潜在的未来治疗目标。
NGS也可用于临床研究,以解决宿主微生物组的影响是否影响免疫,疫苗疗效或治疗反应,以及研究病原体和宿主基因表达的影响以及这对疾病或治疗的影响方式如何影响宿主反应。使用Illumina NG研究宿主病原体相互作用遗传的主要益处包括:
基于NGS的RNA测序可以揭示有关激活/去激活和宿主和病原体基因和转录物的表达水平的有价值的信息。这些发现可以阐明致病过程中宿主病原体相互作用的作用和疾病传播中涉及的生物途径。此外,MetaTranscriptomic分析可以揭示宿主,病原体和微生物群落成员之间的复杂相互作用。
通过对人体内外微生物群落的研究,研究人员可以了解微生物在健康和疾病中的作用。
分析给定复杂样品中的所有基因组含量。预测微生物群落的功能潜力,检测抗微生物抗性和毒力基因,评价微生物多样性,并分析无种培养物。
RNA测序提供了不偏不倚的方法,用于分析和定量细菌,病毒和其他微生物转录物。
NGS可以识别新的病原体,区分传染病菌株,这些疾病菌株与一个SNP少不同,并更换需要多种测定的需求。
探索研究宿主遗传危险因素和免疫系统对SARS-CoV-2病毒反应的方法。