Martínez I, Stegen JC, Maldonado-Gómez MX, Eren AM, Siba PM, Greenhill AR, Walter J
细胞代表
2015
抽象的
尽管最近的研究揭示了西化对人类肠道菌群多样性和组成的影响，但其对元群落特征的确切影响尚不清楚，其潜在的生态机制尚未阐明。在这里，我们比较了巴布亚新几内亚(PNG)两个非工业化地区成年人的粪便微生物群与美国(US)居民的粪便微生物群。巴布亚新几内亚拥有更丰富的细菌多样性、更低的个体间变异、差异巨大的丰度剖面，以及在美国居民中无法检测到的细菌谱系。通过对控制群落组成的生态过程进行量化，确定细菌扩散是巴布亚新几内亚形成微生物群的主要过程，但在美国不是。这些发现表明，在工业化社会中发现的微生物群变化可能是由于限制细菌扩散的现代生活方式因素引起的，这对人类健康和旨在纠正西方化影响的战略的发展有影响。
Illumina公司总结
由于饮食、遗传和环境暴露，人类肠道微生物群的多样性和组成发生了变化。为了描述西化对肠道微生物群的影响，本研究使用Illumina MiSeq进行16s rRNA测序，比较了巴布亚新几内亚(PNG)两个非工业化地区的成年人和美国(US)居民的粪便微生物群。作者发现巴布亚新几内亚拥有更大的细菌多样性，更低的个体间变异，差异巨大的丰度剖面，以及在美国居民中无法检测到的细菌谱系。
冯Q，梁S，贾H，Stadlmayr A，唐L，兰Z，张d，夏H，徐某某，杰Z，苏L，李X，李X，李江，小L，胡贝尔-SchönauerU，Niederseer d，徐某某，铝AAMA JY，杨H，王建，克里斯蒂安森K，的Arumugam男，Tilg H，道茨C，王建
Nat Commun
6528年6
2015
抽象的
大肠癌，中老年人常用诊断出的癌症，往往是从良性息肉称为腺瘤发展缓慢。肠道菌群被认为是直接参与结直肠癌的发生。身份和adenoma-或癌相关的肠微生物（多个）功能的能力，但是，还没有被调查以全面的方式。在这里，我们对从晚期腺瘤和癌的患者的粪便和从健康受试者，揭示微生物基因，菌株和功能各组中富含宏基因组范围关联研究（MGWAS）。潜在风险因素的分析表明，高摄取量相对于水果和蔬菜，红肉似乎关联与可能有助于建立一个更加恶劣的环境肠道细菌的生长。这些结果表明，基于粪便微生物的策略可以是用于早期诊断和治疗结肠直肠腺瘤或癌是有用的。
Illumina公司总结
大肠癌，中老年人常用诊断出的癌症，往往是从良性息肉称为腺瘤发展缓慢。本研究通过对来自先进腺瘤和癌患者大便Illumina测序，并从健康受试者宏基因组范围关联研究考察肠道菌群在大肠癌发生的参与。分析表明每个样品组，以及一个指示，高摄取量相对于水果和蔬菜红肉可以有助于更恶劣的环境肠富集微生物基因，菌株和功能。
冉发，Cong L, Yan WX, Scott DA, Gootenberg JS, Kriz AJ, Zetsche B, Shalem O, Wu X, Makarova KS, Koonin EV, Sharp PA, Zhang F
自然
2015
抽象的
RNA引导的内切核酸酶Cas9已成为通用基因组编辑平台。然而，来自链球菌的常用CAS9的大小限制其用于使用高通用腺相关病毒（AAV）输送车辆的基本研究和治疗应用的实用性。在这里，我们表征了六个较小的Cas9正原文学，并显示来自金黄色葡萄球菌（SacAs9）的Cas9可以用与SPCAS9的效率相似的基因组，同时比1千碱基较短。将SACAS9及其单一引导RNA表达盒包装成单个AAV载体，并靶向小鼠肝脏中的胆固醇调节基因PCSK9。在一周内注射，我们观察到> 40％的基因改性，伴随着血清PCSK9和总胆固醇水平的显着降低。我们进一步评估SacaS9和SPCAS9的基因组靶向特异性使用祝福，并证明Saca9-在体内基因组编辑中介导的潜力是有效和特异性的。
Illumina公司总结
RNA引导的内切核酸酶Cas9已成为通用基因组编辑平台。然而，常用的CAS9（SPCAS9）的大小限制了其用于使用高通用腺相关病毒（AAV）输送车辆的基本研究和应用的实用性。在这项研究中，作者用Illumina Truseq Nano Lt套件表征了六个较小的Cas9原理，并在Illumina miseq上测序。作者发现，来自金黄色葡萄球菌（SACAS9）的Cas9可以用与SPCAS9类似的效率编辑基因组。在注射的一周内，他们观察到在小鼠肝脏中的胆固醇调节基因PCSK9的40％基因改性，伴随着血清PCSK9的显着减少和总胆固醇水平，证明了SACAS9的有效和特异性基因组编辑潜力。
Dey SS, Kester L, Spanjaard B, Bienko M, van Oudenaarden A
Nat Commun
6740年6
2015
抽象的
Screptococcus Suis在全世界猪引起疾病，越来越涉及东南和东南亚的动物园疾病。为了了解S. suis疾病的遗传基础，我们研究375分离株的基因组与来自英国和越南的猪和人类的详细临床表型。在此，我们表明与疾病相关的分离物含有比非临床分离物相关的基本较少，但更有可能编制毒力因子。人类疾病分离株仅限于单一毒性人群，源于1920年，猪产量加剧时，猪与人分离株之间没有一致的基因组差异。不同的S. suis亚群的地理聚类很少，细菌经历高的重组率，这意味着世界上任何地方的毒力增加可能会在短时间内产生全球影响。
Illumina公司总结
猪链球菌病引起世界范围内的猪和人畜共患病的日益牵连。在这项研究中，作者利用Illumina的HiSeq 2000与来自英国和越南猪和人类详细的临床表型序列的375个猪链球菌分离株的基因组。作者发现，与疾病相关菌株含有比非临床分离株的基因基本上较少，但更可能的编码毒力因子。此外，他们还发现有不同的猪链球菌亚群的小地域集群和细菌进行重组的高利率，这意味着增加了在世界上任何地方的毒力有可能在很短的时间尺度全球性的影响。
Kay GL, Sergeant MJ, Zhou Z, Chan JZ, Millard A, Quick J, Szikossy I, Pap I, Spigelman M, Loman NJ, Achtman M, Donoghue HD, Pallen MJ
Nat Commun
6 6717.
2015
抽象的
结核病(TB)曾是欧洲的主要杀手，但目前尚不清楚“结核病高峰”时的菌株和感染模式与我们今天看到的情况有何关联。在这里，我们描述了14个结核分枝杆菌基因组序列，代表12个不同的基因型，使用宏基因组学从18世纪匈牙利的人类遗骸中获得。我们所有的历史基因型都属于结核分枝杆菌4系。贝叶斯系统发育年代测定法，基于样本有充分的记录日期，最近的共同祖先，该世系在罗马时期晚期。我们发现大多数尸体产生超过一种结核分枝杆菌基因型，我们记录了两个长期死亡个体感染之间的密切流行病学联系。我们的结果表明，宏基因组学方法有助于检测和表征历史和当代感染。
Illumina公司总结
结核病(TB)曾是欧洲的主要杀手，但目前尚不清楚“结核病高峰”时的菌株和感染模式与我们今天看到的情况有何关联。利用从18世纪匈牙利隐窝的人类遗骸中获得的宏基因组样本，这项研究开始描述结核分枝杆菌的基因组特征，并与当今流行的结核分枝杆菌的基因组进行比较。作者使用Illumina MiSeq和HiSeq进行宏基因组测序，并使用系统发育年代测定法，他们发现了该世系最近的共同祖先，在罗马时期晚期。通过展示历史菌株可以精确地映射到当代血统，作者强调，控制这种古老感染的斗争远未结束。
默克M,俄式薄煎饼C,莫娜,Duforet-Frebourg N,好色之徒,Willery E,布卢姆MG, Rusch-Gerdes年代,Mokrousov我Aleksic E, Allix-Beguec C, Antierens, Augustynowicz-Kopec E, Ballif M,巴勒塔F,贝克惠普,巴里CE、阀盖,Borroni E, Campos-Herrero我Cirillo D,考克斯H, Crowe年代,Crudu V,一昼夜的R, Drobniewski F, Fauville-Dufaux M, Gagneux年代,焦Ghebremichael年代,Hanekom M, Hoffner年代,WW,认为年代,科尔助教,Kontsevaya我Lillebæk T, Maeda年代,Nikolayevskyy V,拉斯穆森M, Rastogi N, Samper年代,Sanchez-Padilla E,萨维奇B, Shamputa IC,沈,合成天然气LH, Stakenas P、k,原先Varaine F, Vukovic D, Wahl C,沃伦·R P供应,Niemann年代,Wirth T
NAT Genet.
47 242-9
2015
抽象的
北京系结核分枝杆菌菌株在全球分布，并与欧亚大陆耐多药结核病的大规模传播有关。通过对99个国家的4987个分离株的遗传分析和110个具有代表性的分离株的全基因组测序，重建了该谱系的生物地理结构和进化史。我们发现，这一谱系最初起源于远东，并在那里以几波辐射到世界各地。我们发现，在过去200年里，这种病原体的人口规模连续增长，几乎与工业革命、第一次世界大战和艾滋病毒流行相一致。随着前苏联公共卫生系统的崩溃，这一谱系的两个耐多药克隆体开始在中亚和俄罗斯蔓延。在积极选择和毒性相关的基因中发现的突变可能有利于谱系中最成功的分支的扩展。
Illumina公司总结
北京系结核分枝杆菌菌株在全球分布，并与欧亚大陆耐多药结核病的大规模传播有关。本研究利用迄今为止所调查的最大单个结核分枝杆菌谱系的数据集，利用Illumina MiSeq软件，在全球范围内确定了北京分枝杆菌谱系的种群结构，并重建了菌株单倍型和等位基因多样性的空间分布。系统发育显示，在过去200年里，这种病原体的种群规模连续增长，几乎与工业革命、第一次世界大战和艾滋病毒流行相一致。
郭j，韩n，张y，王h，张x，su l，liu c，李j，陈c，liu c
Microbiol
Res 170 61 - 8
2015
抽象的
太空的极端环境可能会影响微生物的行为，并可能增加太空飞行期间感染性疾病的风险。然而，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)对航天环境的分子遗传变化尚未完全阐明。在本研究中，我们测定了从临床样本分离的一株古金黄色葡萄球菌(LCT-SAO)和在神舟十号航天飞行、模拟微重力和地面平行培养的三株衍生菌株LCT-SAS、LCT-SAM和LCT-SAG的基因组序列。为了评估短期太空飞行对MRSA菌株的影响，进行了比较基因组分析。毒素基因和抗生素耐药基因的基因组定位证实这些菌株具有传统的致病性和耐药性，在三种不同环境中培养后这些区域均无明显变化;这一结果表明，太空飞行可能不会改变细菌的毒性或耐药性。在整个基因组中鉴定出39种菌株特异性序列变异(SVs)，这三种衍生物表现出几乎相同的突变率。59%的SVs位于基因组的基因间区域，这表明金黄色葡萄球菌可能具有一种极其强大的修复机制，负责识别和修复DNA复制不匹配。值得注意的是，空间培养的菌株LCT-SAS具有最独特的SVs (n=9)，与LCT-SAM (n=5)和LCT-SAG (n=4)共享最少的SVs。此外，我们还鉴定出10个潜在缺失区和2个潜在插入区，其中LCT-SAS比其他菌株更脆弱。 These results suggest that the environment of space is inherently complicated, with multiple variables, and cannot be simulated in a simple manner. Our results represent the first analysis of nucleotide structure variation of S. aureus strains in a spaceflight environment and also provide a valuable insight for understanding the mutation strategies of MRSA on earth.
Illumina公司总结
作为一种伴随的厌氧微生物，金黄色葡萄球菌（MRSA）具有比空气环境的空气环境中无氧细菌的繁殖和蔓延的机会更高，这可能会提高宇航员传染病的潜在风险。在这项研究中，作者分别在模拟的微匍匐和地面上分别在空间的微巨头和地面上平行培养的祖先S. aureus straind和三种衍生菌株的基因组。作者发现，这些菌株具有常规的致病性和对药物的耐药性，因为在三种不同环境中培养后，这些区域都没有出现显着变化;该结果表明，太空飞行可能不会改变细菌毒力或耐药性。
Tong SY, Holden MT, Nickerson EK, Cooper BS, Köser CU, Cori A, Jombart T, Cauchemez S, Fraser C, Wuthiekanun V, Thaipadungpanit J, Hongsuwan M, Day NP, Limmathurotsakul D, Parkhill J, Peacock SJ
基因组
研究25 111-8
2015
抽象的
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是医院感染的主要原因。MRSA的全基因组测序已用于定义良好的资源健康环境中的系统发育和传播，但在资源限制的环境中发生了最大的医院感染负担，其中传输障碍较低。在这里，我们研究MRSA对沃特常见的医院的MRSA和个体患者水平的疾病和遗传多样性。我们在3莫时期反复筛选所有患者，为MRSA Carriage进行了两种重症监护单位。所有MRSA都属于多层序列类型239（ST 239）。我们定义了人口结构，并通过46名患者和五名工作人员的分离株测序MRSA的扩散，包括第一个MRSA正面屏幕分离株，最多两次重复隔离。系统发育分析在每个密集护理单元中确定了不同ST 239片状的通量。总共鉴定了五种主要曲线，其在编码抗菌和抗微生物抗性决定簇的质粒的托架中变化。序列数据证实了内部和互联传输事件，并确定了由一个以上落后的殖民的单独患者。每个单元上的一名患者是许多传输事件的来源，其中一个案例中的一个患者展示了相关MRSA变体的“云”的定植。 The application of whole-genome sequencing and analysis provides novel insights into the transmission of MRSA in under-resourced healthcare settings and has relevance to wider global health.
Illumina公司总结
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是医院感染的主要原因。本研究的目的是使用WGS来定义MRSA在MRSA传播常见的医院环境中的系统发育和传播动力学。利用Illumina测序，作者确定所有MRSA属于多位点序列239型(ST 239)，系统发育分析确定了每个重症监护病房中不同ST 239分支随时间的变化。总共鉴定了五种主要曲线，其在编码抗菌和抗微生物抗性决定簇的质粒的托架中变化。
Noike M, Matsui T, Ooya K, Sasaki I, Ohtaki S, Hamano Y, Maruyama C, Ishikawa J, saoh Y, Ito H, Morita H, Dairi T
Nat化学
BIOL 11 71-6
2015
抽象的
肽抗生素通常是由核糖体依赖或核糖体不依赖的两种不同的机制之一生物合成的。Pheganomycin (PGM(1))及其类似物由非蛋白原性氨基酸(S)-2-(3,5-二羟基-4-羟甲基)苯基-2-胍乙酸(2)和蛋白原性核心肽组成，来源不明。我们报道了来自链霉菌cirratus中负责PGM生产的生物合成基因簇的鉴定。出乎意料的是，该簇包含一个编码多个前体肽的基因，以及几个貌似编码氨基酸合成酶的基因2。我们鉴定了PGM1，它有一个atp抓取结构域，有可能将前体肽与2连接起来，并使用缺失突变体和体外重组验证了这一假设。我们记录了PGM1的底物允许率，通过结构和诱变实验证实，PGM1的底物允许率可以被一个大的捆绑袋合理化。据我们所知，这是第一个使用亲核肽的核糖体和肽连接酶合作合成肽的例子。
Illumina公司总结
肽抗生素通常是由核糖体依赖或核糖体不依赖的两种不同的机制之一生物合成的。该研究报告了对负责氟氯霉素（PGM）生产的链霉菌肝硬化的生物合成基因簇的鉴定。作者使用了illumina测序来组装链霉菌循环的基因组草案，并使用缺失突变体和体外重建验证鉴定。
伍SH，孜A，Edamura K，Malott RJ，RL沙勒布瓦，Logvinoff C，施雷伯男，槌L，Gisonni-莱克斯大号
美国药理学杂志
Technol 68 563-71.
2014
抽象的
为了比较常规体外指示剂细胞培养，定量聚合酶链反应（QPCR）和下一代测序（NGS）作为偶态剂的检测方法的性能，使用人巨细胞病毒（HCMV）作为模型病毒进行初步评估．以各种浓度掺入HCMV的原油中，并接种到MRC-5细胞单层上。根据项方法要求，观察培养物用于细胞病变效应（CPES），并在各种时间点进行样品进行QPCR或NGS分析。当使用NGS时，HCMV的检测比使用传统的CPE端点方法观察到10倍。QPCR可以实现NGS证明的检测水平，但需要进一步优化该技术。此外，当在10个CCID50 / mL时掺入时，NGS能够检测初始接种物中的HCMV，表明潜力消除了基于NGS的测定的细胞培养扩增。本研究突出了NGS作为用于检测生物制剂中不定位的替代广谱技术的优势。
Illumina公司总结
本研究以人巨细胞病毒(human cytomegalovirus, HCMV)为模型病毒，比较传统体外指示细胞培养、定量聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)和下一代测序(next-generation sequencing, NGS)三种检测方法对感染性病原体的检测效果。当在illumina技术上使用NGS时，HCMV的检测灵敏度比使用传统CPE终点法的检测灵敏度高10倍。作者认为，qPCR可能达到NGS所证明的检测水平，但还需要进一步优化技术。