16S测序和ITS核糖体RNA (rRNA)测序是常用的扩增子测序方法,用于识别和比较给定样品中存在的细菌或真菌。ITS和16S rRNA基因测序都是比较复杂微生物或环境中难以或不可能研究的样品系统发育和分类的成熟方法。
与毛细管测序或基于pcr的方法不同,下一代测序(NGS)是一种无需培养的方法,能够分析样品中的整个微生物群落。基于ngs的16S和ITS rRNA测序方法的另一个优势是,它们提供了一种成本效益高的技术,可以识别传统方法可能无法发现的菌株。此外,NGS还提供了在测序过程中结合多个样本的能力。
Illumina提供支持16S和ITS rRNA测序的产品,从文库准备到数据分析和解释。我们演示的工作流可以帮助您从实验中摆脱猜测。
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多路复用样本以提高样本吞吐量。
改进化学,增加簇密度和读取长度。600循环试剂盒是理想的16S rRNA测序。
MiSeq v2试剂盒产生高达7.5 Gb的数据。500循环试剂盒允许16S rRNA测序多达1500万reads。
BaseSpace应用分类学分类
16 s宏基因组使用绿基因分类数据库的Illumina管理版本对16S rRNA靶向扩增子读取进行分类。
海怪宏基因组学利用k-mers精确比对和一种新的分类算法,以高灵敏度和高速度为短DNA序列分配分类标签。
它的宏基因组使用UNITE分类数据库对真菌rRNA靶向扩增子进行分类分类。