2022年1月12日
植物在地球上可能会死，但在互联网上，它们可以永远存在。
这就是背后的愿景植物花园这是一个收集植物基因组的在线数据库。其他的数据库已经存在，但是是为研究人员准备的，Sachiko Isobe说，他是一名植物遗传学家和农业科学院前沿研究与发展部门的实验室负责人Kazusa DNA研究所在日本。另一方面，Plant GARDEN希望吸引科学家和业内人士，以及对植物及其基因组成感到好奇的教育工作者和个人。
“我相信，未来基因组信息的使用将扩展到更多领域。因此，我们开发了一个具有用户界面的数据库，允许初学者轻松访问数据，同时存储专家想要使用的高级信息，”她说。
“植物花园”项目的研究人员正在研究利用植物基因组在植物科学中的各种应用。植物条目的多样性也将使数据库成为一个有价值的教育工具，有助于了解生物多样性以及植物群落中单个植物如何相互作用。
Isobe博士说:“尽管该数据库仍处于起步阶段，但我们希望使其成为可用于学校教育的工具。“例如，孩子们可以很容易地表演爆炸分析他们感兴趣的核苷酸序列。”
Kazusa DNA研究所成立于1994年，是世界上第一个专门从事DNA研究的研究中心。该研究所在应用于医疗保健、农业等领域的基因组研究方面处于领先地位。
由于全基因组测序的速度加快，Kazusa的研究人员希望让他们从植物中收集的丰富信息更容易获得。在Kazusa, Isobe和她的同事们对研究和测序开花植物或被子植物感兴趣，这些植物具有不同的基因组大小，从100兆到150千兆不等。植物通常含有两组以上的染色体，这也使得测序具有挑战性。
当伊泽贝和她的同事听说Illumina DRAGEN™Bio-IT平台在美国，他们急于在自己的设施中实施。DRAGEN不仅能够在传统方法的1/40时间内对基因组进行测序，而且同样准确。“有了这种更快的分析，我们现在可以在Plant GARDEN上发布更多的信息，”Isobe说。
对于Isobe和她的同事来说，Illumina提供了一种新的解决方案，克服了他们在编译植物基因组时遇到的许多挑战。通过DRAGEN, Isobe和她的同事们已经能够识别新的变异，并研究它们在各种植物物种中的表达和功能。
目前，Plant GARDEN拥有120多种植物的信息，包括杜鹃花、无花果树、大菊花和栗子。该数据库还收集了同一植物的多个完整基因组，以捕捉可能存在的突变的多样性。
Isobe说:“获取不同生物的基因组序列很重要，然而，数据管理平台也变得越来越重要。”“我们希望为植物基因组科学家和那些打算解决世界粮食生产问题和环境问题的人提供一个用户友好的平台，以调查和了解植物多样性。”
