09年9月20日
在发表的突破性研究中自然一项国际研究团队表明，在扩展时，叫做串联重复的短重复DNA序列可以在自闭症谱系（ASD）中发挥重要作用。由研究人员领导生病儿童的医院（Sickkids）在多伦多，该研究主要来自Illumina仪器的数据，以研究成千上万人的基因组，并首次出现许多不同的串联重复扩展可以为ASD提供贡献。
“这项研究表明，我们可以寻找大型关联研究中的这些重复扩展，并找到先前被忽视的变体，”伊利姆纳的研究和技术开发高级首席科学家博士说，在纸上的共同讲述。“我们在Illumina的角色之一就是开发这样的研究软件。在今年早些时候发布的单独文件中描述，我们创建了一个名为的工具ExpangeAdhunter denovo.，搜索全基因组测序数据中的扩展重复。“
串联重复，这是序列重复的两种或更多种DNA碱基对，长期以来在亨廷顿的疾病，ALS和大约40条条件下涉及其扩展形式。然而，这些是所谓的孟德尔疾病，由单个基因中的突变引起。在本研究之前，众所周知，这些类型的突变可能在复杂疾病中的作用，例如ASD。
为了填写这些信息，研究人员研究了超过17,000个基因组，包括自闭症和人口控制的家庭。使用扩展Hunter Denovo和新型分析管道的全基因组序列数据进行比较，该团队在近2,600个基因组区域中鉴定了近2,600个基因组区域的重复扩展，其在ASD人群中比对照组更常见。其中许多是在与神经系统开发相关的基因中发现的，正如自闭症这样的脑障碍所期望的那样。
“这些调查结果表明，多达2.6％的ASD风险可以通过重复扩展赋予亚伯尔，”埃伯尔说“，这大约是等于先前已知的遗传贡献德诺维突变。“
因为这些扩展与参考基因组几乎没有相似之处，它们经常被标准生物信息学算法所遗漏。研究人员设计的新方法，包括ExpansionHunter Denovo，使他们能够突出这些突变，并更好地了解它们如何可能导致ASD。
虽然最初设计用于检测稀有和未确诊的遗传疾病中的串联重复扩展，但扩张的顺机Denovo在复杂性状的研究中发现了一种新的应用。Eberle Notes软件可以检测为150个基对或更大的重复扩展。进一步的技术改进可能会产生更多信息。
“在这项研究中，我们正在寻找极端的突变事件并发现一个强大的信号，”Eberle说。“它确实打开了缩短扩展的想法，例如60个基础或更少，也可以与ASD或其他条件相关联。”
该研究还依赖于最终怀疑，短读取测序可以准确地识别重复扩展。事实上，出于成本的原因，短读技术可能会出现前进的道路，以找到大人群中的这些改变。
“这个工具允许我们为这些信号发出数万个基因组，”Eberle说。“我们不能与其他技术做到这一点，因为它们无法产生这种吞吐量。”
