2019年6月21日
在一克健康的土壤中有数百万种生物，包括蚯蚓、线虫、螨虫、昆虫、真菌、细菌和放线菌。*土壤微生物群代表了一个高度多样、复杂的微生物群落，对人类、动物和环境健康的许多方面都有贡献。
本周在旧金山举行的2019年美国微生物学会会议上，CA Illumina公司和PerkinElmer公司扩大了他们的宏基因组学合作。yobet亚洲这两家公司的自动化宏基因组测序工作流程，也被用于对粪便样本中的人体微生物群进行研究现在，现在使研究人员能够更准确地表征土壤偏见群体。
调查土壤样本的能力增强了我们对土壤动态功能的理解，例如它对气候变化事件的响应或对农业发展的影响。然而，土壤微生物群落的多样性，以及各种PCR(聚合酶链反应)和文库制备抑制剂的存在，使得高质量DNA的下一代测序(NGS)的无差别提取成为土壤宏基因组研究的挑战。
Metagenomics是梅塔群组的研究，这是来自环境样品的微生物的集体基因组。这提供了有关给定环境的微生物多样性和生态学的信息。Metagenomics霰弹枪测序提供了基于扩增子的方法，以评估无偏析的替代方案，以评估无培养的微生物群落的组成和预测功能性谱。
“诸如土地管理，作物旋转，杀虫剂和肥料的外部因素，温度和pH值，都可以影响土壤中的微生物社区。理解和表征土壤偏见群体可以实现植物绩效的规定，“Perkinelmer应用基因组学副总裁Masoud Toloue说。“与Illumina一起，我们开发了第一个全自动土壤样品制备，测序和分析工作流程，专门设计用于推动微生物环境变化的洞察。”
共同开发的工作流程从土壤样本中分离出纯DNA，以检测多种生物谱，包括细菌、真菌和病毒。用PerkinElmer’s提取土壤基因组DNAchemagic™360仪器，随后使用Illumina的图书馆准备Nextera™DNA Flex Library Prep Kit．然后用Illumina的基因测序NextSeq™550平台使用Illumina公司的BaseSpace Sequence Hub软件应用对数据进行分析。这种全面的端到端工作流有助于生成物种识别和功能分析的高质量数据。
Illumina公司产品管理副总裁Kevin Meldrum说:“由于传统工作流程的限制，以及大约10%的微生物是可培养的，土壤中的微生物组成仍然有些神秘。”“由于大量的物种没有参考基因组，用现有的数据库和工具很难检测这些物种，这使得理解每种微生物种群的全部功能潜力以及它们对人类和环境健康的重大影响具有挑战性。”因此，我们很高兴能与PerkinElmer合作，提供这个全面的工作流程，我们一起继续评估工具，帮助研究人员更密切地研究微生物群落。”
