在肿瘤的最前沿：普罗维登斯如何改变游戏

在未来，如果您可以通过数千名序列癌症患者，请更快地提供答案，并提供更有效的治疗和更好地关注常规的癌症呢？为了普罗维登斯是国家第三大非营利性卫生系统，即未来是现在的。

在普罗维登斯分子基因组实验室(Providence Molecular Genomics Laboratory)，服务于整个普罗维登斯健康系统，卡洛·比富尔科(Carlo Bifulco)是医疗总监，同时也负责监督普罗维登斯基因组学。He joined the Portland-based team in 2008 by way of Milan, Yale, and Memorial Sloan-Kettering, drawn by the fact that Providence was at the forefront of immuno-oncology (IO), a field of medicine that uses the body’s immune system to fight cancer. Now with a rapidly growing team of pathologists and bioinformaticians on staff, the lab is emerging as one of America’s largest clinical genomics operations. Founded in 1859, Providence comprises 51 hospitals and 1,085 clinics in seven western states from Alaska to Texas.

普罗维登斯分子基因组学实验室为所有人提供基因组学。他们运行了两个illuminaNovaseq™6000仪器“不断”。他们表演综合基因组分析（CGP），它使用下一代测序在单一测试中评估来自许多肿瘤类型的数百种癌症生物标志物。普罗维登斯的CGP服务，称为基因组癌细胞分析计划，可以将患者指向可能通过单基因测试或面板鉴定的靶向或免疫疗法。

为了实现基因组CGP测试，普罗维登斯实施了Illumina的Trusight™肿瘤学500（TSO 500）两年前在内部设定。TSO 500是一项研究使用，只有综合泛癌癌症测定，旨在分析523个基因和基因组特征，涵盖与指南和临床试验相关的肿瘤生物标志物。TSO 500评估来自肿瘤样品的DNA和RNA，以鉴定关键的体躯体变体 - 或遗传码的变化 - 对癌症发育和进展至关重要，例如小型DNA变体，融合和剪接变体。

尽管存在这种技术的出现，但我们仍然在大多数肿瘤没有测序的时候生活。幸运的是，Bifulco毫无困难地将癌症分析计划销售给Providence的权力 - 那样。“它真的是由临床需要的推动，”Bifulco说。“如果您想到CGP与竞争竞争，那么非常小的基因面板或一次性测试的序列测试，那么两种选项都会过时，坦率地说，当您可以针对数百个基因测试和生物标志物立刻。他们并不是肿瘤科医生希望看到患者护理的东西。“

换句话说，验证测试内部的测试，证明其准确性和重现性在提供结果 - 并不困难，只要他们已经拥有了整个Exome和小面板数据集来实现验证。“这是一个相对容易的过程，因为我们用作骨干，”Bifulco说。“所以这是一个不寻常的途径。”

他认为这是他们最大的挑战，挑战在于要跟上不断增长的数据量以及随之而来的信息学和数据。

节省时间和组织
他们在越来越多的地方，他们在周转时间或塔特。为了最大限度地减少分子测试的成本，实验室将一次进行一项单一基因或小面板测试，等待第一个负面结果，然后去第二轮，如果这是否定的，则为第三轮。有时，病理学家必须返回幻灯片，或者返回到组织中（然后可以被损坏或用完），或者回患者服用更多样品。这种零碎的方法是耗时的，至少需要三个星期。使用综合方法，普罗维登斯瞄准了一个10个工作日的TAT，至少一周剃掉了一个，如果没有更多的时间 - 当癌症在演示时提出巨大程度可能是至关重要的。

除了消耗的时间外，传统方法消耗组织和BIFIFCO在该领域看到了很大的改善。当活检样本非常小或肿瘤处于无法访问的位置时，CGP特别有用。“如果您订购了顺序测试，您可能最终从未进入您想要的测试，因为组织在多次尝试一次进行单一基因测试的多次尝试中完全耗尽。最终结果是甚至得到结果是不可能的。对于非常小的样本来说，对于需要的情况，对于所需的测试没有组织来说，这是相当常见的。CGP可以完全防止这种情况。“

投掷标准窗口
起初，Bifulco的实验室优先考虑任何癌症的癌症，或者有那种肿瘤的肿瘤本质上会非常积极地表现。那么随着转移性疾病的每个人都接受了测试。然后患有肿瘤类型，如脑或胰腺 - 其中治疗方案的患者是最小接受的CGP，与阶段无关。“然后我们为临床医生提供了选择，使其适用于独立于任何标准的肿瘤。我们发现一些临床医生已经接受了一直运行它。“

普罗维登斯不仅向所有订购基因CGP的人提供检测，而且还在改变检测的方式和时间。“当传统疗法不再适用时，这些检测通常是由肿瘤学家订购的，”Bifulco解释道。“它们通常在人们转移或有晚期疾病时进行，化疗基本上不再是一种选择。在这个阶段，人们真正寻求的是靶向治疗和个性化治疗方法。我们的目的是提供CGP在肿瘤的第一个迹象，一旦它被病理学家承认。我认为这种方法将改变病人护理的游戏规则。”Bifulco的理想方案是，将基因组CGP检测尽早提供给所有人，无论哪种癌症，无论分期。一项正在进行的研究的中期结果显示，基因组CGP检测为超过一半的被检测患者提供了可行的结果。

普罗维登斯目前已经对大约1万名患者进行了基因组CGP测试。“与单基因或小型小组测试相比，CGP的最大价值之一与一种称为TMB的生物标志物有关，即肿瘤突变负担，”Bifulco说。TMB被定义为研究基因组序列中每百万碱基中非遗传基因突变的数量，是下一代测序所启用的癌症标记。“从小样本中获取TMB显然是不可能的，因为你需要对肿瘤基因组进行足够的排序，才能准确计算TMB。高TMB患者已被证明能从某些类型的IO治疗中受益，因此评估TMB使免疫治疗成为更多人的可行选择。”

以前，黑色素瘤和肺癌是两个主要肿瘤类型，可以符合IO的患者。但现在证据表明，如果他们有高TMB，许多肿瘤类型的患者可能会受益于IO治疗。“我们可以在多种肿瘤类型中看到高TMB，”他说，引用膀胱和神经内分泌肿瘤作为实例。

诊断的影响亚博下载app
“我们每天都在改变，我们在每个层面都看到它——在治疗层面，在有资格接受本不可能给病人的治疗的人身上。我们还看到了对诊断过程的影响，”他解释道，并引用了基因组发现纠正了之前的诊断并完全改变了情况的情景。最后，他们看到了对肿瘤分期的影响。当一个病人有多个肿瘤时，要看清它们之间的关系并不总是那么容易。它是许多独立的肿瘤在早期阶段，还是同一类型的肿瘤转移，这将分类为晚期癌症?“CGP提供了更准确的信息，并成为病理工作流程中的一个非常关键的部分。”他回忆说，当这种类型的全面检测扭转了暗淡的局面时，一些肿瘤学家表现出惊讶和宽慰，但他说，我们仍然需要扩大对检测效用的认识。

“我认为这是怜悯。我经常觉得测试就像是二等公民。人们专注于治疗链接，我们花费了数百万美元的疗法，但我们在测试方面非常便宜，我想我们在马之前把车推车。测试真的是司机。“

建立生态系统
“我们在正确的方向上采取了第一个好的步骤，但你还需要建立一个赋予CGP测试的生态系统，”Bifulco说。这意味着建立意识，教育医生，将患者与试验相匹配，以及改变偿还模型。

一旦发生这种情况，就会更容易地提供更好的测试和超越CGP测试。“现在的事情非常孤立 - 患者一次掌握在一个肿瘤科学家的手中，并且没有良好的方法可以以动态的方式聚集所有这些大数据集。”具有EGFR突变的肺癌患者可能对EGFR抑制剂进行响应几年。但如果存在复发或抵抗，则该人将从临床试验中受益的阶段。他说，这个想法是使用机器学习，自动识别进展的进展情况，并实时地在电子医疗记yobet亚洲录（EMR）系统上。这将在所有患者的非常大的队列中发生，然后系统会将其与普罗维登斯的基因组数据集动态匹配。每当患者的疾病进展时，他们都会知道可能适用于患者的试验。

展望未来，Bifulco希望超越当前的肿瘤唯一的方法，在CGP上添加了他所谓的“层”。他们希望改善他们对肿瘤微环境的评估，这需要在图像分析和数据集成上工作。他们会看看RNA层，甲基化层，并一直对所有这些东西进行全基因组测序。“不可避免地我们将对基因组学更深入，更系统的整合到患者的疗效，常规应用。然后，在进行疗法时，我们将通过液体活组织检查等基因组工具进行常规监测患者，并进行适当分析的相互作用。您将在规模和常规地看到这一点。我认为这将是具有成本效益，并且可能会产生显着影响结果。这只是何时的问题。“

“通过基因组学，我们真正有机会将肿瘤的尺度和我们如何整体接近主动，个性化的患者护理。我看到我们站在一个新时代的悬崖上，我们几年或20年前几乎不可想象。我们期待着前进的时期非常令人兴奋。“