Illumina的Covid测试服务

由Phil Febbo，首席医务官

如果我们希望在美国的Covid-19大流行，我们必须使SARS-COV-2测试广泛使用。没有测试，公司，学校和公共卫生官员都是飞盲和社区传播，直到开发有效疫苗和/或人口免疫限制病毒蔓延。

为了帮助规模测试，Illumina最近加入了国家卫生研究院的快速加速诊断（亚博下载app拉克斯^sm）计划并将推出自己的Covid测试服务。我们相信这些努力将有助于关闭测试差距并提供可操作的测序信息以通知病毒控制。

缩放Covid测试始终是一个巨大的挑战。今年早些时候，哈佛大学的Safra伦理中心建议我们会6月份需要500万个测试，每天逐渐增加2000万。洛克菲勒基金会建议增加秋季每周3000万。其他人建议更加谦虚每天500,000.虽然仍然预测更大的需求。

但是单独测试是不够的。这些预测的变化基于关于病毒基本生殖价值的假设以及社会疏散和联系方式的有效性。这些努力必须同样强壮。

截至8月25日，美国报告了7960万检验9％的总体测试积极性。在过去的两个月里，测试之间的测试479,000和927,000。虽然该目前的测试能力符合低范围，但我们仍然在更高的测试建议下仍然10到20倍。

这是一个持续的紧急情况。成功控制Covid-19早期和经验丰富的测试测试低测试阳性百分比（即，正面测试除以所有测试* 100）：新西兰0.4％，台湾0.6％，澳大利亚0.6％和韩国1.5％。

这世界卫生组织（世卫组织）建议阳性率应持续3％至12％，并且必须与攻击性接触追踪和隔离匹配。在9％的积极性上，美国符合世界卫生组织标准，但只提供10％的测试，它需要匹配成功包含Covid-19的其他国家。

Illumina一直专注于帮助我们的客户利用下一代测序（NGS）来满足日益增长的测试需求;但是，我们预见到持续的测试短缺和将要通过我们的Covid测试服务直接开始贡献。对于消费者来说，通过雇主和卫生机构可以获得与Illumina的Covid测试服务的测试，其价格与基于PCR的最多的测试大致相同。

使用Covidseq测试，our test authorized by the FDA under an emergency use authorization for the detection and diagnosis of COVID-19, we will develop the capacity for 48,000 test per day in the U.S. For most positive samples, a full-length SARS-CoV-2 sequence will also be developed for research purposes. In addition to helping increase U.S. diagnostic capacity, the service will generate thousands of viral sequences. This will be increasingly important as the virus continues to evolve and vaccines come into clinical use. In addition, because the FDA has authorized COVIDSeq on the NovaSeq 6000 Sequencing System as well as the NextSeq 500, NextSeq 550 and NextSeq 550Dx (in RUO mode) systems, many labs, certified under CLIA to perform high complexity tests, can also provide both diagnostic results and SARS-CoV-2 sequences. High-volume sequencing has the potential to revolutionize public health contact tracing and pandemic control for COVID-19 and future pathogens.

拥有的国家最成功在控制大流行引入的测试时，被隔离，被隔离，进行了联系跟踪和制定的国家社会疏远措施s。除非接触跟踪可以是在识别受感染者的两到三天内有效地进行，这些努力可以慢，但不会停止，病毒传播。实时NGS可以在历史上首次启用有效的联系跟踪和爆发管理，并突出可能影响诊断和疫苗效率的病毒变化。

在美国。，联系跟踪在很大程度上失败了由于公共卫生基础设施不足，有限或延迟访问诊断测试，以及感染SARS-COV-2感染的相对高比例的无症状。

随着我们的Covid测试服务升起，我们将每周开始产生数千个Covid-19序列。这项工作能够融入公共卫生努力的基准，在规模现实中融入公共卫生努力。

此数据可以安全地帮助重新开放学校和企业，并帮助防止未来的爆发。如果融入公共卫生努力，Covid测试服务可以帮助实现国家科学院，工程和医学院国家大流行反应策略现代化的愿景。

我为自己的成就感到自豪。我们的许多进展使得测序实惠，可扩展和准确，实现基于NGS的诊断测试，特别是Covidseq。随着我们推出的高通量Illumina Covid测试服务和CLIA认证的实验室采用Covidseq，美国将更好地展示这种能力如何控制当前和未来的流行病。

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