2018年11月7日
不管我们怎么看，癌症都是混乱的。显微图显示破坏的细胞结构。基因组测序揭示了破碎的染色体和主要的突变负荷。这些生理上的异常现象渗透到病人的生活中，造成社会、精神和经济上的混乱。对我来说，作为一名肿瘤学家，最终的目标是找到恢复秩序的方法，改善癌症患者的健康和生活。现在，作为Illumina的首席医疗官，我专注于确保基因组知识继续改变诊断和个性化治疗，以显著改善结果的目标。今天，癌症免疫治疗协会在华盛顿特区召开年会，我很高兴地看到，通过推进癌症基因组学和免疫疗法的科学和应用，在改善患者预后方面取得了如此多的进展。
我们测量肿瘤遗传学的能力已经给了我们一个令人难以置信的窗口进入癌症和驱动它们的机制。这些发现导致更精确的治疗方法，靶向特异性突变并加速免疫系统。结果不完整但诱人化。基因组测定可以提供关键信息指导护理。
这些新的基因组洞察力也在推动我们如何对癌症进行分类的转变。从历史上看，癌症进展已经通过组织学定义，但这慢慢改变。世界卫生组织最近的骨髓肿瘤和急性白血病分类结合已知的遗传变异，以改善诊断和治疗选择。此外，一种可能的遗传分类模式，最近发表在新英格兰医学杂志，建议进一步向基于基因组的分类发展。而且，液体和固体肿瘤正在缓慢地走向基因组分类。这些仍然可能是基于它们的起源组织和基于分子特征的次分类，例如HER2/ ER / PR /OncotypeDx乳腺癌中的状态，BRAF.在黑素瘤， 和表皮生长因子受体/ ALK / ROS非小细胞肺癌（NSCLC）。
除了炼油分类外，基因组分类还在帮助指导治疗和改善结果。美国癌症协会报告的整体癌症死亡率降低。在某些疾病中，患者结果发生了重大变化。患有基因组导向疗法治疗的患者的预期寿命改善了实例，例如BCR-ABL阳性CML当使用一线和二线ABL激酶抑制剂时。其他阳性的例子是成人急性淋巴细胞白血病和alk.融合积极的非小细胞肺癌。
虽然最初的精准医学突破针对的是单一变异，更多全球基因组特征正因其对预后和治疗的影响而得到认可。FDA最近批准Pembrolizumab.对于晚期实体瘤和微卫星不稳定（msi）。这种批准是重要的，因为它不限于结肠癌或任何特定的组织学。它还利用MSI，基因组特征而不是特定的变体。虽然MSI是第一种组织不可知论，基因组预测生物标志物，最近关于Larotrectanib的研究（LOXO）在患者中ntrk fusions，无论癌症类型如何，都提供了另一个潜在的组织不可知性预测生物标志物的例子。最近的研究显示肿瘤突变负担(TMB)预测联合免疫治疗对肺癌的疗效将迎来另一个基因组生物标志物。事实上，欧洲肿瘤医学协会刚刚更新了他们的指南，将TMB纳入4期非小细胞肺癌评估。
TMB具有预测性，因为它能识别肿瘤neoantigens唤起免疫反应然而，目前还没有公认的最佳实践来了解免疫系统必须如何启动才能对新抗原产生反应，哪些新抗原驱动免疫原性，以及如何启动和招募免疫系统来对抗个体的癌症。这就是操纵免疫疗法，如嵌合抗原受体t细胞(CAR-T)，将发挥越来越大的作用的地方。已经,FDA已批准CD-19靶向CAR-T细胞，以治疗两种或更多种治疗后的复发或难治性大B细胞淋巴瘤。将越来越多的定制和个性化免疫刺激疗法列表，可以依赖于特定的基因组变体 - 需要越来越全面的基因组测试。
为了提供这些关于肿瘤分类、预后和治疗选择的洞见，基因组检测必须既方便又实惠。创新的临床实验室开发了高质量的测序。然而，要避免基因组富人和忘不了，分散测试在体外设备是必须的。
作为测序成本下降，读取质量增加，将测序更多的癌症基因组，以帮助分类和治疗患者。将基因组数据与临床信息结合在一起，包括收到的治疗和患者反应，还有很大的价值。这些聚合的基因型/表型数据库将提供令人难以置信的洞察靶向特定变体并利用基因组宽表型，例如TMB。确保有足够的协作努力来产生和维持高质量的高质量的注释基因组数据库，这对利用基因组洞察力至关重要。我们将依赖这些数据库，以便为卫生保健从业者可取地和可行的综合基因组结果。
癌症永远是混乱的，但更容易获得的基因组测序和癌症治疗的多样化方法开始提供见解和改善的结果。仍有许多人失去了生命，但我们正在这些进展的基础上取得稳步进展。最终，我希望每个癌症患者都能接受高质量的、基于肿瘤基因组学的具体治疗，我们将能够更好地恢复秩序，改善我们的患者和每一个与癌症有关的人的生活。
