2021年3月17日
这场大流行病既独特、紧迫和普遍，又具有新意。了解病原体基因组监测为何如此重要，Illumina技术目前和未来将如何支持这一努力。
2020年以缓慢而稳定的警告开始。从武汉传来的轰隆声很快变成了一种明确无误的紧迫感——预示着新的一年即将到来。到2020年1月，世卫组织了解到武汉爆发了肺炎样病例。一种新型冠状病毒——也会导致普通感冒的病毒——正在出现。随着时间一天天过去，这种疾病迅速出现，冲破国界，席卷全球。
2019年底，Illumina受邀前往武汉，帮助上海公共卫生临床中心(SPHCC)的P3生物安全实验室研究团队部署Illumina平台，对患者样本进行深度转录组测序。反过来，SPHCC于2020年1月10日公布了首个Sars-CoV-2病毒基因组。当最早的病人抵达华盛顿州时，通宵聚合酶链反应检测被用来确定诊断。
人们意识到，即使在美国，病毒已经传播了数周，数月，影响了人类的生命，而我们仍然不知道它在这里1．
快进到今天，关于病毒的故事已经曲折地从它的开始进入它的冲突。它让我们陷入了一个突变占主导地位的境地，而监控也在紧追不舍。
我们在COVID - 19监测方面投入了大量资金，并相信测序可以成为阻止大流行的关键。即便如此，仍有许多工作要做。努力正在迅速加快，但截至2021年2月初，美国只对其冠状病毒病例进行了测序并公布了0.36%2．利用Illumina的技术，英国和澳大利亚更早地进入了这个领域，欧盟、新加坡和南美国家也紧随其后。
Illumina首席医疗官菲尔·费博博士解释说:“你必须对一定比例的阳性结果进行测序，这样你就不会失明，这样你就能在变异出现时看到它们。”“坦率地说，美国在这方面远远落后。”3.2021年2月，美国排在第36位th对病毒样本进行基因测序的数量幸运的是，自那以后，情况一直在迅速加速。
SARS-CoV-2病毒的每条RNA链包含约3万个核苷酸。这些核苷酸是决定病毒如何运作、复制和传播的密码。当病毒的序列发生变化时，变异会影响病毒的检测方式、传染性以及对疫苗的反应。
B.1.1.7变种和有关的B.1.526变种的发现据说正在纽约市以指数方式传播5要求美国将注意力转向监控。
首席医疗官菲尔·费博(Phil Febbo)一直直言不讳地表示需要监控支持，随着这些新变种的出现，人们听到了这一呼声。截至2021年2月1日，CDC已经延长了与Illumina、Helix以及Quest Diagnostics和LabCorp等测试支柱公司的合同，承诺每周分析6000个病毒基因组亚博下载app2．这一进展将使目前已完成的病毒测序数量增加近三倍。在过去的一个月里，测序让我们更好地了解了美国境内变异的目录和比例。
与Quest和LabCorp这样的大型诊断实验室以及各州的公共卫生实验室合作，将有助于避免“基因组沙漠”。2
Charles Chiu, M.D./Ph.D。实验医学和医学教授,加州大学旧金山分校传染病分工和克里斯蒂安·g·安德森,免疫学和微生物学系博士教授斯克里普斯,发现B1.1.7变体抵达美国在11月底已经扩散到30个州的2021年1月。根据这项研究，B1.1.7变异的传染性高出35-45%，每周半增加一倍。接触者追踪显示，即使大多数人没有旅行史，变异仍然在社区中传播。4
为了应对病毒变异的日益增长的威胁，美国政府正在采取行动推进测序和监测。拜登总统于2021年3月11日签署了《美国救援计划法案》。其中包括为CDC提供17.5亿美元资金，用于提高测序能力和识别病毒突变和传播。要做到这一点，必须有:
- 高质量的测序，确保准确的病毒基因组和菌株分型
- 短于5天的快速周转时间，使信息对公共卫生应对有用
- 科学界之间的透明度和数据共享
- 对实验室进行测序的报销
最近的这些进展证实了排序的力量，并强调了提高认识和采用的机会。最初的模型显示，对5%的阳性基因进行测序可能有助于在新变异变得普遍并在社区中传播之前捕捉到它们6．然而，由于即将出现的疫苗“逃逸”变异，可能需要更高的比例。
根据我们目前获得的知识，2021年将为病原体测序带来不可估量的动力。产品如Illumina公司COVIDSeq™试验在SARS-CoV-2突变的检测和鉴定中发挥着关键作用。当检测到SARS-CoV-2时，该检测可以提供完整的SARS-CoV-2序列，随着对病毒测序的需求日益普遍，总体采用的情况也有所增加。Illumina COVIDSeq™检测在美国根据食品和药物管理局的紧急使用授权使用，在新加坡根据健康科学管理局的临时授权使用。一个本产品仅供研究使用(RUO)版本在美国以外有吗
抗击SARS-CoV-2的斗争仍在继续。在这场斗争中，全球承诺将公共和私营伙伴关系团结起来，与卫生系统进行交流，这对塑造我们如何应对未来威胁至关重要。时间紧迫，但病原体基因组监测提供了希望。
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