2021年9月30日
非洲大陆对流行病不陌生,并背负世界最大病原体重负140传染病突发逐年检测最近暴发的例子包括埃博拉、奇昆古亚、登革热、裂谷热、黄热病和拉萨热非洲在COVID-19大流行中也深受其害820万例新波由三角洲变异驱动SARS-COV-2病原体的一个关键差异是,由于它波及世界其余部分,现在正尖锐关注大流行病准备和下一代排序技术在该框架内对病原基因组监控的作用结果,非洲正在经历其最大基因组能力建设-它不仅会帮助它同COVID-19大流行作斗争,而且会帮助它步入不可磨灭的流行病数
基因组监测系统是新兴全球大流行监测系统的重要组成部分,它提供追踪病毒变异并充当新变异预警系统的能力,有可能避免疫苗或自然感染。CoVID-19前,非洲的基因组学处于演化阶段,限于几个研究实验室仅在少数非洲机构能测序SARS-COV-2阳性样本,而在其他大洲,正是快速和大量需求保健解决方案导致政府和非政府组织增加投资,将基因监视置于非洲COVID-19响应前列。
使用病原基因组监控工具
非洲正在准备今年9月启动流行病响应和创新中心CERI在南非,一个大型基因组学设施在支持下建立PatrickSun-Shiong博士和NantAfrica南工分局将加强并创新病原体监控和对策CERI的目标是使该大陆率先识别病原体并监测新出现威胁
Tulio de Olivera教授是CERI创始主管兼Stellenbosch大学和KwaZulu-Natal大学教授,他突出显示未来大胆雄心非洲大陆必须拥有大型基因组设施,我们希望以欧洲、美国和亚洲相同的价格、质量和速度生成数据。”
Illuma坚信顺序民主化,使所有国家都能平等获取基因组学并公平使用基因组学Illuma执行合伙人账管理人Willy Pena Buttner表示:分离在南非,Illuma很高兴能够支持CERI程序实时应用基因组学追踪和响应非洲的流行病
非洲大陆拥有大型基因组设施非常重要 拥有最新先进技术 引导基因组监控我们希望以欧洲、美国和亚洲相同的价格、质量和速度生成数据。”
CERI与KRISP(KwaZulu-Natal研究创新和定序平台)和Cetian Happi教授团队等设施联手,AcEGID(非洲传染病基因学英才中心)尼日利亚Ede使用从防治传染病暴发到执行SARS-COV-2排序的专门知识至今为止,非洲成功地辨识了世界各地传播的许多关注变异和兴趣变异基因组监视扩展还被用来决策停止使用牛津/阿斯特拉泽内卡疫苗
KRISP、ACEGID和CEI除商业实体公司54Gene外,在非洲少数能提供快速廉价基因组资料的高度专业化基因组设施中。非洲联盟公共卫生机构非洲疾病控制预防中心一直在拓展机构网络,使其具备NGS能力,增强各国能力快速测定SARS-COV-2突发样本特征,而无需跨界运输样本南非国家传染性疾病研究所、肯尼亚医学研究所和塞内加尔巴斯德研究所等区域中心在自己的邻国提供流行病响应随时间推移,非洲联盟54个成员国的国家公共卫生院和实验室将侧重于快速处理局部暴发和流行病
CERI专家的流行病学研究最近发布科学类描述SARS-COV-2在非洲大流行数据表明欧非关系密切,近2/3病毒进口原创于欧随着大流行病的进展,随着旅行限制松绑,许多非洲国家传播导致许多VOIs和VOC的出现和扩散
德奥利维拉兴奋地看到高通量Illuma排序技术不仅会减少辨别变异物和遗传多样性之间的回转时间,而且还能以整体方法为未来流行病做准备整体方法受到非洲CDC和WHO非洲区域办事处(AFRO)的欢迎。de Olivera表示:「我们热切希望通过确保培训成百上千科学家,
由支持洛克菲勒基金会CRI创建GroupicsAfrica研究金方案,为提升科学员工技能提供系统支持,来自12多个国家的约100名研究员今年受到CERI的欢迎。
基金会还帮助CERI协调全非采样已经接收十大非洲国家样本一个重要的事实世界大都不知道解释deOlivera, 即非洲拥有最先进样本运输系统亚博下载app原因很简单-许多国家使用大型病理实验室,如南非、尼日利亚、肯尼亚和乌干达实验室进行常见病原体测试诊断,并由于时间短促,为样本运动建立了一个良好的网络d唯一有帮助的是出口许可比较简单 如果样本留在大洲 和数十年前发生的情况比起来 数十年前基因组样本不得不离开大洲
面向未来
非洲基因组是最古老的人类基因组,非洲的遗传多样性比任何其他大陆都多尽管如此,分析基因组中不到3%来自非洲人,使其成为健康诊断研发新基因信息极富潜在源头偏爱病原体监控技术NGS增强能力至关重要,使非洲生态系统能够更好地应对当前和未来疾病威胁,并反过来造福世界-一个地方的病原体威胁可迅速成为任何地方的威胁
此外,非洲大陆面临癌症、心血管疾病和其他生活方式条件等非传染疾病的发病率日益增加,在整个大陆造成了“双重疾病负担”,这是卫生系统在努力实现可持续发展目标时面临的一个重大挑战。
作为NGS相对新手, 非洲有机会跳跃保健进度, 制定基因组护理标准并有可能解决多项医疗挑战, 特别是围绕患者失修问题, 管理传染性疾病如肺结核和HIV并有可能实施预警系统和早期癌症检测”,Bridget Mogale表示,
