2021年10月29日
在1960年代,意图保护稀有物种的灵长类动物,圣地亚哥动物园启动一个成功的繁殖计划有红有环状羽毛的狐猴(varecia rubra从马达加斯加)。成立后的内部研究努力,动物园还当选为冷冻细胞,建立人口和他们的后代并将它们存储在一个称为冰冻的动物园。早在人类基因组计划之前,下一代测序,甚至个人电脑的普及,研究小组在动物园认为银行活细胞和其他遗传物质。“这是圣地亚哥动物园,”蒂姆•埃普利表示的博士后研究员圣地亚哥动物园野生动物联盟(SDZWA)。“这真是令人难以置信,他们已经开始收集样本的远见与他们当他们真的不能做太多。”
SDZWA今天,Illumina公司iConserve项目和大学在西班牙和马达加斯加合作组装第一个完整的,高质量的红色有环状羽毛的狐猴基因组和遗传多样性评估和人口连通性都随时间发生了变化。这种独特的项目将帮助我们理解我们可以做些什么来保护地球上威胁最大的哺乳动物群体。
根据国际自然保护联盟(IUCN)113年,98%的已知的狐猴物种正面临灭绝的威胁。人口数量并不完全清楚,但一些物种狐猴家族有一个精确的计数。例如,只有19个北部嬉戏的狐猴,和他们住在一个很小的区域。
狐猴是马达加斯加特有,在印度洋上的一个岛屿,东非海岸800英里。“马达加斯加通常被称为第八大陆因为一切都有独特而存在在地球的任何其他地方都找不到,”埃普利说。“但马达加斯加已经剩下不到10%的原始森林。这是一个非常,非常小的过去。”
红色有环状羽毛的马达加斯加狐猴和树有一个互相依存的关系。因为它的饮食主要是水果,狐猴取决于树木在森林里。反过来,狐猴不仅传播种子,但种子在其拟声唱法更可行。“狐猴作为森林的园丁。他们扮演着非常关键的作用,很多植物物种在马达加斯加,“埃普利说。
但狐猴面临很多挑战在他们自己的环境。狐猴是一个以女性为主的社会。当他们旅行时,雌性带头。所以当猎人设置陷阱,女性第一次被捕。“这导致性在这些人群中倾斜。当你得到更多的雄性,它不会帮助人口增长,“埃普利说。添加,绝大多数的狐猴只能怀孕期间一个48 - 72小时内一整年。如果飓风或其他天气事件废墟他们的成熟水果,他们可能不会重现。“即使一个天气事件可以把整个事情了。”
保护利用基因组学的影响
SDZWA领导什么是最全面的研究做一个狐猴物种。他们收集了样本73野生或人工狐猴(主要是red-ruffed)出生在1959年和现在。样品来自冷冻动物园,合作大学,马达加斯加国家公园,他们的血液,组织,冷冻细胞,或走开。
今年早些时候,动物园把样品送到Illumina公司实验室进行测序。研究所获得的数据被发送到de Biologia Evolutiva在巴塞罗那,西班牙Marc Palmada弗洛雷斯,博士生在正在建设的庞裴法布拉大学基因组组装。“我真的很期待看到这个基因组组装用于帮助保护这个特殊物种的狐猴和开始有更多的真正的实地研究,重测序数据将作为工具来更好地理解一个物种的地位,”弗洛勒斯说。
弗洛雷斯正在组装一个新的、高质量的参考基因组的红色有环状羽毛的狐猴和参考基因组的黑白草案有环状羽毛的狐猴和六个额外的狐猴物种。
当参考基因组完成后,他们将被送到Aryn怀尔德博士SDZWA研究员,世卫组织还将使用高覆盖率为比较基因组分析基因组重测序数据。“一些样本,收集了超过50年前,“怀尔德说,“他们可能反映多样性存在于健康人群之前广泛的森林砍伐。“怀尔德希望的信息将提供一个晴雨表多少基因组可能发生侵蚀。这将有助于直接有限的资源来最大化的保留剩余的多样性。“数据也是一个跳板设计为非侵入性的样品(如粪便样本)捕获阵列,可用于解决行为和生态问题关于这些物种。”
参考基因组将在动物园还通知育种实践。“数据管理将有助于完善谱系圈养大熊猫,“怀尔德说。“谱系是用于帮助选择育种对减少近亲繁殖,保持遗传多样性。”
庆祝狐猴
世界狐猴日(2021年10月29日)始于2014年节日在塔那那利佛,马达加斯加。今天,它是世界著名的行动来让人们意识到,狐猴的困境和吸引旅游者。
蒂姆埃普利将在三个星期回到马达加斯加。那里,除了与当地大学,他将管理团队的人狐猴,领他们,收集粪便,评估生境条件。他们研究树在各领域的多样性,试着去理解任何可能存在的狩猎压力,有时注意陷阱,甚至枪壳。
埃普利的很大一部分工作涉及与当地机构合作像Groupe d '练习曲et de矫揉造作的灵长类动物中找到(GERP)在马达加斯加。马达加斯加的学生带领团队很偏远地区调查从来没有进行过。对于这些球队,他们雇佣人离最近的村庄和训练他们在数据收集技术,提供就业和短期经济救助。埃普利说,这比他们会赚更多的钱,90%的人口生活在每天不到1.90美元。
由于贫困和政治不稳定,森林正在迅速消失。“当地人民明白,纯水的森林很重要,对灌溉领域,保护动物。他们宁愿有森林,但许多人被迫情况下他们不得不减少这些森林,因为他们需要土地来种植水稻或清算土地寻找生存。他们需要木材建造的小屋或船钓鱼。这就是为什么我们需要想出这些地区的经济替代品。”
有一个强劲的经济激励马达加斯加保护土地带来的游客。埃普利认为马达加斯加可以集会和激励,野生动物将会受益。狐猴“我的希望是,我们继续看到人口的增长,我们创建这些森林走廊和缓冲区和成长,狐猴有更多的地区生活。通过这样做,当地居民将努力保护这些地区,因为这将增加旅游。马达加斯加的我的希望是有一个转变,就像我们已经看到哥斯达黎加。”
这种转变需要超过15年,花了一个村庄。
行动像Illumina公司iConserve项目的目的是要把国际社会共同促进环境和野生动物保护。
“基因组学已经成为本世纪的工具来帮助保护生物多样性,确保我们这个星球的健康,“说Karine a . Viaud-Martinez Illumina公司实验室副主任的服务。“我们相信Illumina公司唯一能够推进一些重点项目,保证工具和数据可用于任何人。”
一些iConserve工作包括促进各种物种的比较基因组学研究提供结构在野生和圈养大熊猫编目生物多样性。这将最终决定在物种保护和管理的支持。
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