随着农业财团,议员私下或公开合作,促进对农药的集体理解。Illumina的促进了育种者和研究人员之间的无数合作启用农业相关物种的定制产品的开发。我们的芯片技术是许多农业财团的产品,包括下面列出的品种开发的基础。
苹果基因分型小组是由RosBREED开发的。RosBREED是一个多机构、多国家的项目,致力于利用有针对性的基因组学应用和工具改进蔷花科作物,以提高育种计划的效率。SNPs的开发用于世界范围的育种种质,包括sanger基础的SNPs和从27个重要的创始者的配对末端测序中鉴定的SNPs。社区为Apple基因分型阵列提供了一个群集文件,适用于所有项目规模的快速自动化分析。这个面板适合作为基础内容超过80000个附加标记为定制的苹果基因分型阵列。
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SNP已经从B. Napus的80线中提取或验证,来自B. Oleracea的四条线和来自B. RAPA的四条线,因此设计成在任何芸苔属A或C基因组种类中使用。人们可以期望最高数量的SNP在B. Napus种质中具有多态性。国际芸苔SNP联盟提供多达16个独立的SNP来源,并考虑在SNP选择中。这些数据集源自大于80芸薹线线,并且包括转录组和基因组的下一代序列数据。多个实验室验证了超过13,000个SNP,以确保独立SNP发现管道的功效。该社区已为此产品开发了一个集群文件,为来自TritiaGenetics,GmbH和农业和农业加拿大的群集文件开发的主要贡献。对于真正定制的芸苔属基因分型阵列,可以在此阵列上补充附加内容,最多30,000个额外的标记。
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樱桃基因分型小组是由RosBREED开发的,这是一个多机构、多国家的项目,致力于利用有针对性的基因组学应用和工具来改进玫瑰科作物,以提高育种计划的效率。通过对16份甜樱桃重要起始种质和8份酸樱桃起始种质的配对末端测序,确定了基于sanger的SNPs和SNPs,用于全球育种。社区为RosBREED樱桃基因分型阵列提供了一个群集文件,适用于所有项目规模的快速自动化分析。这个面板适合作为一个定制的樱桃基因分型阵列的80000多个附加标记的基础内容。
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国际棉SNP联盟基因分型面板是一个70,000个标记阵列,SNPS来自Gossypium Hirsutum,G. Barbadense,G. Tomentosum和G. Mustelinum。少量尝试的珠粒类型将致力于G. longicalyx和G. Armourianum。该面板具有各种不同的用途,包括遗传分析分析,遗传映射,QTL分析,候选基因发现,标记辅助选择,基因组选择和基因组序列组件。在包括澳大利亚,美国,印度和中国人的Gossypium Hirsutum品种的种质线上发现并验证了内部的SNP。该面板适用于用于定制棉基因分型阵列的超过20,000个附加标记的基础含量。
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国际豇豆SNP联盟基因分型小组是一种工具,旨在通过促进具有高产优质、抗病、抗虫害和耐旱等理想性状的豇豆新品种的开发,满足日益增长的世界人口的需求。主要重点是强调与撒哈拉以南非洲和美国生产地区相关的育种种质的多样性。对我国育种种质资源的覆盖也相当广泛。社区计划为豇豆基因分型阵列提供群集文件,适用于所有项目规模的快速自动化分析。这个面板适合作为一个定制豇豆基因分型阵列的30,000多个Add-On标记的基础内容。
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从其在Mesoamerica的10,000年前的谦卑开始,玉米现已在全球50多个国家生长,2009年生产超过8亿公吨。麦格纳普50财团包括来自法国国家农业研究所(INRA)和Syngenta的追踪学科的研究人员等等。内容贡献者和决策者与Illumina合作,开发InfiniumHD珠芯片,以在这一重要作物中进行全基因组协会研究。
此前,该财团是由美国农业部农业研究所、加拿大农业和农业食品局、通用磨坊、NAMA、美国农业部非洲研究所(NIFA)和POGA开发的一个私人阵列,该财团慷慨地向其他感兴趣的研究人员开放该财团。该阵列适用于定制燕麦基因分型阵列的80000多个SNP的附加内容。
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樱桃基因分型小组由罗斯布雷德,多国,多机构,多国项目开发,致力于使用有针对性的基因组学应用和工具改善蔷薇科作物,以提高育种计划的效率。SNPS开发用于全球育种种质,包括从23个重要的创始人载体的配对结束测序中确定的Sanger为基于ESNP和SNP。该社区为rosbred桃子基因分型阵列提供了一种适用于所有项目尺寸的快速自动分析的群集文件。该芯片适用于用于定制桃子基因分型阵列的超过80,000个附加SNP含量的基础含量。
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胡椒联盟阵列的目的是使多种胡椒品种的基因分型具有成本效益。该基因阵列由tritgenetics GmbH、加州大学戴维斯分校(UC Davis)和Illumina组成的联盟开发,该阵列包含从22个辣椒品系(包括甜块辣椒和辣椒)的高质量测序数据中专业选择的内容。该序列包含16405个snp。UCD/TraitGenetics打算很快向社区提供一个集群文件。
该面板适用于用于定制辣椒基因分型阵列的超过50,000个添加标记的基础含量。
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马铃薯基因分型面板由茄科协调的农业项目(Solcap)开发。SNP Discovery使用来自Kennebec,Bintje和Shepody Ests的基于Sanger的SNP完成,以及从Illumina转录组测序鉴定的SNP。社区为马铃薯种质进行了快速自动分析的集群文件。Solcap Potato Consortium Beadchip适用于用于定制马铃薯基因分型阵列的70,000多种添加含量的基础含量。
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Barcsoy6k面板由大豆基因组学和改善实验室开发,Beltsville农业研究中心(Barc)开发,为大豆群落的良好良好。它可用于定量性状基因座(QTL)分析,用于筛选大豆种质和用于提供基因组的基因组的基因组的基因组的基因组分析是有益的,对于有兴趣开发内容的添加,以创建更高密度自定义大豆面板。该社区为大豆基因分型阵列提供了一种适用于所有项目尺寸的快速自动分析的集群文件。该面板适用于用于定制大豆基因分型阵列的超过84,000个附加探针的基础含量。
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SolCAP番茄基因分型小组由茄科协调农业项目(SolCAP)设计,专注于将最新的基因组进展转化为茄科育种计划。这些SNPs包括来自TA496 est和Heinz 1706(加工番茄)基因组测序的ssanger为基础的SNPs,以及来自Illumina转录组测序的NC84173(新鲜番茄)、FL7600(新鲜番茄)、OH08-6405(新鲜番茄)、OH9242(加工番茄)、PI114490(樱桃)和PI128216 (S. piimpinellifolium)的SNPs。SolCAP生成了4个栽培品种(S. lycopersicum var. cerasiformae accession)和S. pimpinellifolium accession)的序列数据。该社区为SolCAP番茄SNP阵列提供了一个集群文件,适用于所有项目规模的快速自动化分析。它适合作为基础内容超过80000附加内容为定制的番茄基因分型阵列。
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该葡萄基因分型小组由GrapeReSeq联盟设计,该联盟是由法国、西班牙、意大利和德国成员组成的跨国植物新技术联盟的一个研究项目。SNPs包括来自使用Infinium技术验证的Vitis9kSNP集合的公开可用SNP数据,以及合作产生的新内容。该SNP基因分型工具可用于定位和评估Vitaceae基因库的遗传多样性,以支持遗传资源的开发和育种计划,从而减少在葡萄栽培中使用化学处理。社区已经为GrapeReSeq联盟基因分型阵列提供了一个集群文件,适用于所有项目规模的快速自动化分析。这个面板适合作为一个定制的葡萄基因分型阵列的70000多个附加内容的基础内容。
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由于其经济的重要性,牛是第一个家畜动物有它的基因组映射。Illumina公司已经与各种财团开发的Infinium BeadChip芯片,其包括表示牛肉的三个群体和奶牛,包括普通牛金牛座(的Btt),普通牛蜓(BTI)的遗传多样性新的SNP位点的工作,和几个苏云X的Btt品种,以及温带和这些分组内热带适应品种。这些BeadChip芯片使研究人员询问整个基因组的遗传变异牛的任何品种。
山羊基因分型小组由国际山羊基因组联盟开发。在SNP发现中考虑了多个由联盟生成的数据集,包括山羊基因组脚手架的De Novo测序,来自下一代测序的SNP发现测序数据,以及从表达(EST)序列的测序数据。用于山羊基因分型面板的SNP使用表达的序列与来自绵羊基因组的数据一起注释。候选人山羊SNP被验证为高山,安哥拉,布尔,克里奥尔,金兰,甲板,萨纳,粮草和Skopelos品种。该社区为山羊基因分型阵列提供了一个集群文件,适用于所有项目尺寸的快速自动分析。该面板适用于用于定制山羊基因分型阵列的超过30,000个附加标记的基础内容。
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在养羊业中,最重要的动物是“繁殖公羊的公羊”——生产整个行业使用的公羊的动物。通过对数以千计的父系进行基因分型,研究人员可以评估大量重要经济性状的变异。为了开发绵羊BeadChip,Illumina与国际绵羊基因组学协会(ISGC)合作,该协会由AgResearch、贝勒大学、UCSC和澳大利亚联邦科学和工业研究组织(CSIRO)的主要研究人员组成。为了开发低密度绵羊阵列,Illumina与新西兰AgResearch合作。
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随着8至14的平均猪蹄,猪是最多产的牲畜动物之一。在开发与国际猪SNP芯片联盟合作的猪珠芯片,包括来自Wageningen University,丹麦农业科学研究所,USDA-ARS,Usmarc,伊利诺伊大学,爱荷华大学,密苏里大学Inlina大学,伊利诺伊大学罗斯林研究所的研究人员和剑桥大学。
狗可以说是人类最伟大的发明,10万多年前由灰狼驯化而来。在过去的几个世纪里,选择性繁殖导致了现代家养狗品种中数量惊人的生物多样性。在开发犬用珠子芯片的过程中,Illumina与LUPA财团合作,该财团包括乌普萨拉大学等22所欧洲大学,以及布罗德研究所等其他合作伙伴。