2019年6月21日
在一个克健康土壤有成千上万的生物包括蚯蚓、线虫和螨,昆虫、真菌、细菌和放线菌。*土壤微生物代表一个高度多样化的,复杂的微生物群落,导致人类的许多方面,动物和环境卫生。
这周在2019年的美国微生物学会在旧金山举行会议,CA Illumina公司,公司和PerkinElmer公司扩大联合宏基因组的努力。yobet亚洲公司的自动宏基因组测序工作流程,也用于执行研究人类微生物群在粪便样本,现在使研究人员能够更准确地描述土壤宏基因组的数量。
调查土壤样品提高我们的理解能力的土壤的动态功能,比如它应对气候变化事件或对农业发展的影响。然而,土壤微生物群落的生物多样性,以及各种PCR(聚合酶链反应)的存在和图书馆准备抑制剂,使下一代无偏提取高质量的DNA测序(上天)土壤宏基因组研究的挑战。
宏基因组的研究metagenome,集体环境样本中微生物的基因组。这提供了信息的微生物多样性与生态环境。宏基因组的测序提供了一个无偏替代amplicon-based评估培养自由微生物群落的组成和方法预测功能概要。
“外部因素如土地管理、轮作、使用杀虫剂和肥料、温度、pH值,都能影响土壤中微生物群落。理解和描述土壤宏基因组的数量可以调节植物的性能,”副总裁Masoud Toloue说PerkinElmer应用基因组学。“Illumina公司一起,我们开发的第一个完全自动化的土壤样品制备、测序和分析工作流专门设计用于驱动见解微生物环境的变化。”
联合开发工作流分离纯土壤样本的DNA检测不同光谱的生物体,包括细菌、真菌和病毒。土壤与PerkinElmer提取基因组DNAchemagic™360仪器,紧随其后的是图书馆使用Illumina公司准备Nextera™DNA Flex图书馆准备装备。然后在Illumina公司测序NextSeq™550平台使用软件应用程序和数据分析Illumina公司BaseSpace序列中心。这种全面的端到端流程有助于生成高质量的数据进行物种鉴定和功能分析。
“因为局限与传统工作流和大约10%的可耕种的微生物,微生物组成的土壤仍有些神秘,”凯文说Meldrum,负责产品管理的副总裁Illumina公司。“由于没有参考基因组物种的丰富性,很难发现这些物种与当前可用的数据库和工具,使它具有挑战性的理解每个微生物种群的全部功能潜在的重大影响人类和环境健康。因此,我们兴奋与PerkinElmer合作发表这一全面的工作流,在一起我们会继续评估工具,帮助研究人员研究微生物群落更加紧密。”
