Illumina SARS-Cov-2 NGS数据工具包
| 小说病原体检测 |  |
DRAGEN宏基因组的应用 | ||
|---|---|---|---|---|
| 检测和监控 |  |
DRAGEN RNA病原体检测App |  |
龙冠病毒沿袭应用程序 |
| 共享和协作 |  |
SRA进口程序 |  |
GISAID提交应用程序 |
| BaseSpace序列集线器上提供Illumina SARS-COV-2 NGS数据工具包。 | ||||
关于Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
检测和监测SARS-CoV-2的冠状病毒软件分析解决方案套件是免费的* onBaseSpace序列中心，由亚马逊网络服务(AWS)支持。控件上构建的多个工具组成Illumina Dragen Bio-IT平台以及BaseSpace Sequence Hub上的数据提交应用程序，这些应用程序可以让研究人员无缝地向公共数据库提交他们的研究结果。
龙冠状病毒软件工具
Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包利用DRAGEN的速度和准确性，加快传染病监测和疫情应对。该工具包包括用于识别新型传染性疾病病原体的DRAGEN宏基因组学管道，用于检测病毒病原体的DRAGEN RNA病原体管道，以及用于检测SARS-CoV-2突变的DRAGEN谱系应用程序。可以在BaseSpace序列Hub上访问DRAGEN冠状病毒工具。有关使用DRAGEN平台检测和监测冠状病毒的其他信息，请参见这篇软件博客文章。
用于检测和监测病毒病原体的DRAGEN RNA病原体检测管道
一种更新版本的DRAGEN RNA管道现在可用来加速病毒病原体的检测。该管道有助于检测任何DRAGEN RNA-Seq管道中运行的SARS-CoV-2，无论应用程序如何。这个管道包括:
- 全面检测，利用覆盖和基于k-mer的方法来检测病毒病原体
- 与Illumina呼吸道病毒目标富集工作流程的兼容性
- 使用人类基因组参考(hg38)和选定病毒参考序列的组合的人类和病毒参考
- 综合FASTA一代上传到公共数据库，如GISAID
龙冠病毒沿袭应用程序
这款应用将读取序列与SARS-CoV-2参考基因组比对，并报告目标区域的覆盖范围。它执行:
- 基于K-mer检测
- 调用Map /对齐,变体
- 共识序列生成
- 血统/分支分析使用穿山甲和NextClade
冠状病毒临床应用软件
对于希望生成SARS-CoV-2检测临床报告以诊断有症状患者的COVID-19的用户，DRAGEN covid - seq检测管道与Illumina公司COVIDSeq测试。
对于希望生成猎枪宏基因组临床报告的用户，IDbyDNA提供了简单、强大的生物信息学软件，将测序仪生成的数据转化为可操作的见解。IDbyDNA经过验证的自动Explify平台分析支持35种呼吸道病毒的检测，包括SARS-CoV-2的基因组特征。联系IDbyDNA客户服务部833-397-5439或clientservices@idbydna.com要学习yobet亚洲亚博官网人口更多的知识。
主机响应研究的相关引擎
Illumina正在为COVID-19研究界提供一个免费的协作环境，以更好地了解调节宿主反应的关键因素，并帮助确定潜在治疗方法的生物标志物。
BaseSpace相关引擎如何推进您的研究：
- 把它进入上下文：Correlation Engine挖掘了数以千计的基因组研究，允许研究人员将他们的数据与世界基因组知识库集成，以生成数据驱动的答案。
- 加速研究：通过利用Correlation Engine即时查询数千项研究，减少发现时间，并通过实时进行数据驱动查询，帮助验证假设
- 保持当前：Illumina拥有一个专门的团队，致力于用COVID-19数据更新相关引擎，欢迎研究社区成员贡献他们的研究成果，帮助推进COVID-19研究。
- 集成:Correlation Engine是我们完整的转录组产品堆栈的集成扩展，帮助研究人员从样本无缝导航到答案。
- 合作：在抗击2019冠状病毒病方面，我们是同舟共济的。相关引擎允许研究人员贡献数据并与研究界共享数据，以增进我们对COVID-19宿主反应的理解。
研究人员可以使用清晰度的水分来处理样品。一旦排序完成，研究人员可以使用新工具包将其数据传输到Basespace序列集线器中。
为端到端解决方案供电
SARS-CoV-2检测
Illumina正在使用具有全面集成工作流的NGS技术，使检测和识别SARS-CoV-2变得更简单。
与Illumina呼吸道病毒目标富集工作流程兼容，新的工具包使研究人员能够安全地将数据直接从我们完整的测序器组合流到BaseSpace序列中心，使用DRAGEN RNA病原体检测应用程序进行快速、全面的分析。一旦分析完成，研究人员可以直接从BaseSpace序列中心向共享所有流感数据全球倡议(GISAID)提交数据。
对于希望提高实验室效率的研究人员来说，清晰LIMS可用于跟踪和监测COVID-19样本，提供全面的端到端解决方案。
清楚LIMS呼吸道病毒面板工作流程
全面的工作流程管理和样品跟踪
BaseSpace Clarity LIMS提供了两个新的工作流:
- 基于CDC建议的COVID-19 RT-PCR工作流程
- 呼吸道病毒面板工作流程使用Nextera Flex进行丰富库预备套件
这些新的工作流程可以帮助确保样本可用于分析 - 允许实验室快速开始从样品登录和库准备开始处理冠状病毒样本，以在测序运行上执行QC。
看这篇软件博客文章有关Clarity Lims Covid-19工具的其他信息。
Access BaseSpace Clarity LIMS
简单和安全的共享，协作，和提交公共数据库
Basespace序列集线器旨在促进研究组之间的安全，审计控制协作。数据管理和共享功能，例如工作组，允许您使用协作者共享项目并在不需要文件下载的情况下安全运行。
Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包有以下几个功能BaseSpace Sequence Hub应用合作。这GISAID提交应用程序接受VCF或FASTA文件的集合，以及相同样本的元数据CSV。应用程序在将数据提交给GISAID进行进一步的QA和处理之前进行数据验证。
下载BaseSpace安全与隐私信息如何使用Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
完整的Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包可在BaseSpace序列集线器上使用。更新后的DRAGEN COVID-19工具也将在DRAGEN服务器上提供，并将通过DRAGEN API向开发人员提供。*
基于BaseSpace序列集线器的Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
Researchers can start using the Illumina SARS-CoV-2 NGS Data Toolkit today on BaseSpace Sequence Hub, free of charge through July 31, 2021. Researchers can stream data directly from their instruments into BaseSpace’s secure cloud environment for push-button usage of the entire toolkit.
yobet亚洲亚博官网人口了解BaseSpace的更多信息面向开发人员的龙冠状病毒工具
Dragen API适用于寻求在云中自动化分析的大型研究中心。API是基于Amazon Web服务之上的。它允许用户调用一个简单的API端点来流，进程和从自己的AWS S3桶中传递Coronavirus样本数据。
要通过DRADREN API要求早期访问新的Dragen Coronavirus工具，请填写下面的表格。
主打产品
BaseSpace Sequence集线器和icredit
BaseSpace Sequence Hub由Amazon Web Services提供支持，允许您通过一组经过管理的分析应用程序轻松地管理和分析数据。icredit是用于购买Illumina基因组数据存储和分析选项的货币。
拖动生物IT平台
Illumina Dragen Bio-IT平台提供准确，超快速的测序数据分析。
NextSeq 2000系统和试剂
NextSeq 2000系统支持新兴和中通量测序应用，以及外显子组测序、目标富集、单细胞分析、转录组测序等广泛的方法。
如需使用DRAGEN API，请填写以下表格。
其他冠状病毒软件工具
目标浓缩管道
DRAGEN浓缩管道还可用于SARS-CoV-2的检测和鉴定。该管道可以在BaseSpace Sequence Hub上以较低的每个示例成本使用，并且可以在DRAGEN服务器上访问。
亚博官网人口*Basespace序列集线器SARS-COV-2 NGS Data Toolkit于2021年7月31日，Illumina还免费提供了一个免费的1年的Covid-19研究人员的清晰度水分试验。