Illumina SARS-Cov-2 NGS数据工具包
| 探测和识别 | 共享和协作 | ||
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新的DRAGEN RNA病原体检测App |  |
SRA导入应用程序 |
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新的Dragen Metagenomics应用程序 |  |
新的GISAID提交应用程序 |
| Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包可在BaseSpace序列集线器上使用。 | |||
关于Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
此冠状病毒检测识别软件免费提供给社区使用BaseSpace序列枢纽，由亚马逊网络服务(AWS)支持。控件上构建的多个工具组成了该工具包Illumina Dragen Bio-IT平台以及BaseSpace Sequence Hub上的数据提交应用程序，这些应用程序可以让研究人员无缝地向公共数据库提交他们的研究结果。
Dragen Coronavirus软件工具
Illumina SARS-COV-2 NGS数据工具包利用DRADEN的速度和准确性加速传染病监测和爆发反应。该工具包包括用于传染病检测的新爪RNA病原体检测管道，爆发监测的拖拉型射伤。可以在Basespace序列集线器上访问Dragen CoronaVirus工具。可以在我们的情况下找到有关Coronavirus检测和标识的附加信息软件博客。
用于传染病检测的DRAGEN RNA病原体检测管道
一种更新版本的DRAGEN RNA管道现在可用来加速病毒病原体的检测。新的管道可以帮助检测任何DRAGEN RNA-Seq管道中运行的SARS-CoV-2，无论应用程序如何。这个管道包括:
- 全面检测，利用覆盖和基于k-mer的方法来检测病毒病原体
- 与Illumina呼吸道病毒目标富集工作流的兼容性
- 使用具有所选病毒参考序列的人类基因组参考（HG38）的组合的人和病毒参考文献
- 综合FASTA一代上传到公共数据库，如GISAID
有关Dragen RNA病原体检测应用的其他详细信息可以找到这个博客帖子。
用于疫情监测的DRAGEN宏基因组学管道
这种新的管道有助于推动猎枪宏基因组样本的快速和简化的物种水平检测。该流水线是一个宏基因组分类工作流，能够以高灵敏度和特异性检测和量化SARS-CoV-2序列，同时提供其他常见病毒和微生物病原体的读出。
管道利用更新的数据库，该数据库包括特定于Coronavirus的读取，并提供包括Krona图，生物检测和QC报告的广度输出。通过一次性分析多个样本的能力，Basespace应用程序允许研究人员查看群集。附加信息可以找到这个博客帖子。
下面是DRAGEN Metagenomics应用在BaseSpace Sequence Hub上生成的样本数据:
克朗分类图表有机体检测图
冠状病毒临床应用软件
对于希望生成SARS-CoV-2检测临床报告以诊断有症状患者的COVID-19的用户，DRAGEN covid - seq检测管道与Illumina公司COVIDSeq测试。
对于寻求为霰弹枪的临床报告生成霰弹枪的临床报告或呼吸道病毒寡核桃面板，Idbydna提供简单，强大的生物信息学软件，将我们的序列子生成的数据转换为可操作的见解。Idbydna经过验证的，自动爆炸平台分析支持检测35呼吸道病毒，包括SARS-COV-2的基因组表征。联系Idbydna客户端服务于833-397-5439或clientservices@idbydna.com了解更yobet亚洲亚博官网人口多。
主机响应研究的相关引擎
Illumina正在为Covid-19研究界提供免费的协作环境，以更好地了解调节宿主响应的关键因素，并帮助识别生物标志物进行潜在治疗。
BaseSpace相关引擎如何推进您的研究:
- 把它放在语境中:相关引擎占地数千项基因组研究，允许研究人员将其数据与世界的基因组知识库集成，以产生数据驱动的答案。
- 加速研究:通过利用相关引擎瞬间查询数千个研究并通过实时制作数据驱动的查询来帮助验证假设的时间来缩短时间
- 保持当前的:Illumina拥有一个专门的团队，致力于使用策划Covid-19数据更新相关引擎，并欢迎研究界的成员贡献他们的研究结果，以帮助推进Covid-19研究。
- 集成:Correlation Engine是我们完整的转录组产品堆栈的集成扩展，帮助研究人员从样本无缝导航到答案。
- 合作:在抗击2019冠状病毒病方面，我们是同舟共济的。相关引擎允许研究人员贡献数据并与研究界共享数据，以增进我们对COVID-19宿主反应的理解。
研究人员可以使用Clarity LIMS处理样本。一旦测序完成，研究人员可以使用新的工具包自动将他们的数据流到BaseSpace序列中心。
为端到端解决方案供电
SARS-CoV-2检测
Illumina正在使用具有全面集成工作流的NGS技术，使检测和识别SARS-CoV-2变得更简单。
与Illumina呼吸道病毒目标富集工作流程兼容，新的工具包使研究人员能够安全地将数据直接从我们完整的测序器组合流到BaseSpace序列中心，使用DRAGEN RNA病原体检测应用程序进行快速、全面的分析。一旦分析完成，研究人员可以直接从BaseSpace序列中心向共享所有流感数据全球倡议(GISAID)提交数据。
对于希望提高实验室效率的研究人员来说，清晰LIMS可用于跟踪和监测COVID-19样本，提供全面的端到端解决方案。
清楚LIMS呼吸道病毒面板工作流程
全面的工作流程管理和样品跟踪
两个新的工作流可用于Basespace Clarity LIM：
- 基于CDC建议的COVID-19 RT-PCR工作流程
- 呼吸道病毒面板工作流程使用Nextera Flex进行丰富库预备套件
这些新的工作流程可以帮助确保样本可用于分析 - 允许实验室快速开始从样品登录和库准备开始处理冠状病毒样本，以在测序运行上执行QC。
有关Clarity LIMS COVID-19工具的更多信息，请访问我们的网站软件博客。
Access BaseSpace Clarity LIMS
简单和安全的共享，协作，和提交公共数据库
Basespace序列集线器旨在促进研究组之间的安全，审计控制协作。数据管理和共享功能，例如工作组，允许您使用协作者共享项目并在不需要文件下载的情况下安全运行。
新工具包具有多个功能BaseSpace Sequence Hub应用为协作。新的GISAID提交应用程序接受VCF或FASTA文件的集合，以及相同样本的元数据CSV。应用程序在将数据提交给GISAID进行进一步的QA和处理之前进行数据验证。
下载Basespace Security和Privacy Info如何访问Illumina SARS-COV-2 NGS数据工具包
BaseSace序列集线器上提供Full Illumina SARS-COV-2 NGS数据工具包。更新的Dragen Covid-19工具也将在Dragen Server上提供，并将通过DRACREN API提供给开发人员。*
BaseSace序列集线器上的Illumina SARS-COV-2 NGS数据工具包
研究人员今天可以在BaseSpace Sequence Hub上开始使用Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包，免费使用至2020年10月31日。研究人员可以将数据直接从他们的工具流到BaseSpace的安全云环境中，以便按下按钮使用整个工具包。
yobet亚洲亚博官网人口了解有关BaseSpace的更多信息Dragen Coronavirus工具为开发人员
Dragen API适用于寻求在云中自动化分析的大型研究中心。API是基于Amazon Web服务之上的。它允许用户调用一个简单的API端点来流，进程和从自己的AWS S3桶中传递Coronavirus样本数据。
若要通过DRAGEN API早日获得新的DRAGEN冠状病毒工具，请填写以下表格。
特色产品
BaseSpace Sequence集线器和icredit
BaseSpace Sequence Hub由Amazon Web Services提供支持，允许您通过一组经过管理的分析应用程序轻松地管理和分析数据。icredit是用于购买Illumina基因组数据存储和分析选项的货币。
DRAGEN看到你的平台
Illumina Dragen Bio-IT平台提供准确，超快速的测序数据分析。
NextSeq 2000系统和试剂
NextSeq 2000系统支持新兴和中通量测序应用，以及外显子组测序、目标富集、单细胞分析、转录组测序等广泛的方法。
要要求访问Dragen API，请填写下面的表格。
其他软件工具
目标浓缩管道
DRAGEN浓缩管道还可用于SARS-CoV-2的检测和鉴定。该管道可以在BaseSpace Sequence Hub上以较低的每个示例成本使用，并且可以在DRAGEN服务器上访问。
亚博官网人口*BaseSpace Sequence Hub SARS-CoV-2 NGS数据工具包免费使用6个月，截止日期为2020年10月31日。Illumina还为COVID-19研究人员提供了为期1年的Clarity LIMS免费试验。