基于扩增子的下一代测序(NGS)测定旨在帮助临床研究实验室识别SARS-COV-2的新菌株。它包括2019-NCOV引物,用于检测突变并表征来自SARS-COV-2病毒的RNA。
Illumina Covidseq测定可容纳少量样品。工作流程包括病毒RNA提取,RNA至cDNA转化,PCR,文库制备,测序,分析和报告生成步骤。
该测定利用了可公开的Artic Multiplex PCR协议的改进版本,其中98个扩增子设计用于扩增SARS-COV-2病毒特异性序列,结合经过验证的Illumina测序技术。PCR步骤中的63°C退火温度改善了变体分析 - 为样品中存在的SARS-COV-2菌株提供重要的洞察。
上传共识序列信息(FASTA文件)到开放的软件工具中,以分配谱系和注释突变。为了增加方便性,可以直接通过BaseSpace Sequencing Hub将文件上传到NCBI和/或GISAID App。
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