Illumina COVIDSeq Test (RUO版本)是一种基于扩增的NGS检测方法,包括2019-nCoV引物,旨在检测SARS-CoV-2病毒的突变和特征RNA,以帮助临床研究实验室识别和跟踪SARS-CoV-2新毒株的出现和流行。
Illumina covid - seq测试(RUO版本)可按比例放大或缩小,以适应不同数量的样本。在NovaSeq 6000系统上,分别使用两种SP或S4试剂,12小时内可处理1536 - 3072个结果;使用NextSeq 2000 P2 v3试剂或NextSeq 500/550/550Dx (Research Mode) HO试剂,12小时内可处理384个结果。
工作流程包括病毒RNA提取,RNA至cDNA转化,PCR,文库制备,测序,分析和报告生成步骤。关键组件包括高通量Novaseq 6000系统或NextSeq 2000系统或NextSeq 500/550 / 550DX(在研究模式)系统,加上Illumina Covidseq测试(Ruo版)和Dragen Covidseq测试应用程序(Ruo版)在Basespace序列集线器中进行快速分析。
Illumina covid - seq检测(RUO版本)利用经验证的、可公开获得的ARTIC多重PCR方案的改进版本,结合已验证的Illumina测序技术,采用98个扩增子,用于扩增SARS-CoV-2病毒特异性序列。当检测到+90个扩增子时,covid - seq提供一致序列信息。PCR步骤的63°C退火温度改进了变异分析——为了解样本中SARS-CoV-2毒株提供了重要的信息,并能够跟踪病毒毒株。
共识序列信息(FASTA文件)可以上传到开放的软件工具,以分配沿袭和注释突变。FASTA文件可以轻松上传到NCBI和/或GISAID应用程序直接通过BaseSpace测序Hub,以增加便利。
Illumina Covidseq测试(Ruo版)试剂的等分试剂
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利用Illumina Coivdseq测试的Covid-19监视测序指南(RUO版)
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