呼吸道病毒寡核苷酸面板
对包括COVID-19毒株在内的常见呼吸道病毒进行高灵敏度检测和表征，并进行全面、快速的目标富集测序。阅读更多...
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利用呼吸病毒Oligo Panel和Illumina RNA Prep with Enrichment，研究人员可以获得下一代测序(NGS)数据，可以确认SARS-CoV-2的存在，并推进变异分析研究。这种不可知的设计可以广泛识别致病性呼吸道病毒。
通过混合捕获方法的目标富集可以实现高灵敏度的检测，而不需要猎枪宏基因组测序所需的高读取深度。此外，这种方法允许接近完整的目标序列数据，并开辟了病毒进化或病毒监测的变异分析等应用。1
与其它靶向重测序方法(如扩增子测序)相比，通过混合捕获富集可以获得更大的探针面板，对靶区进行更全面的分析。此外，用于杂交捕获协议的寡聚探针即使在高度诱变区域也仍然有效，允许针对快速进化的病毒，如RNA病毒。
这种综合工作流程集样品制备，图书馆制备，靶向富集，测序和数据分析。工作流程旨在通过总核酸提取来丰富病毒靶。
提取的RNA用Illumina RNA Prep with Enrichment进行逆转录和文库制备，然后用Illumina Respiratory Virus Oligo Panel富集。在Illumina NGS系统上测序后，使用DRAGEN病原体检测管道和IDbyDNA Explify平台进行数据分析。
| 呼吸道病毒寡核苷酸面板 | 呼吸病原体ID / AMR浓缩面板套件（由IDByDNA推出爆炸） | |
|---|---|---|
| 试验时间 | < 9小时的图书馆准备时间 | < 9小时的图书馆准备时间 |
| 自动化能力 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 |
| 内容规范 | 以包括SARS-CoV-2在内的约40种常见呼吸道病毒为目标和特征。 | |
| 描述 | 采用精简的工作流程，检测和分析SARS-CoV-2和其他常见呼吸道病毒，使用RNA Prep富集结合呼吸病毒Oligo面板进行文库制备，验证Illumina测序，并使用DRAGEN RNA病原体检测应用程序或IDbyDNA Explify RVOP应用程序在BaseSpace测序中心进行简化的数据分析。 | 使用呼吸病原体ID/AMR面板(rpi)和Illumina RNA Prep with Enrichment的流线工作流，Illumina桌面系统上的测序，以及使用IDbyDNA的Explify平台的强大分析，使研究人员能够识别呼吸道感染和合并感染，识别抗菌剂耐药性，对关键病原体(SARS-CoV-2和流感A/B病毒)进行毒株分型，研究病毒进化和传播。 |
| 动手 | < 2小时的图书馆准备时间 | < 2小时的图书馆准备时间 |
| 输入数量 | 10 - 100 ng | 10 - 100 ng |
| 多路复用 | 单个运行中最多384个样本，具有独特的双索引 | 单个运行中最多384个样本，具有独特的双索引 |
| 物种类别 | 人类，病毒 | 细菌，真菌，病毒 |
| 物种的细节 | 检测常见呼吸道病毒，包括最近的流感毒株和SARS-CoV-2。包括人体探针作为质量特征，人体探针包含在每个样品中。 | 检测呼吸道病原体(180+细菌，50+真菌，40+病毒，包括SARS-CoV-2)和抗菌素耐药性等位基因(1200+)。 |
| 系统的兼容性 | MiniSeq.，Miseq.，miseq，nextseq 550. | MiniSeq.，Miseq.，miseq，nextseq 550. |
在滴定实验中，1000下降到两份病毒掺入人类唾液RNA中，富含富集的Illumina RNA制备导致病毒读取从低至SARS-COV-2拷贝的读数。
| 系统 | 不。的周期 | 读(M) | 运行时间（小时） | 每次运行的样本(每个样本1M读取) |
|---|---|---|---|---|
| NextSeq 550系统(高输出) | 150. | 400 | 18. | 400 max一个 |
| nextseq 550系统（中产量） | 150. | 130. | 15. | 130. |
| MiSeq系统(v3化学 | 150. | 25. | 21. | 25. |
| MiniSeQ系统（高输出） | 150. | 25. | 17. | 25. |
| a.表示每次运行的样本数量超过了可用的索引数量。 | ||||
使用Illumina RNA Prep与富集的检测和表征呼吸道病毒，包括SARS-COV-2
应用笔记| PDF< 1mb
使用MiniseQ快速试剂盒和Illumina RNA制备与富集的呼吸道病毒更快地检测
应用笔记| PDF< 1mb
