BaseSpace Clarity LIMS:为什么购买比建造好

介绍

研究和临床基因组学实验室数据的复杂性意味着实验室信息管理系统（LIMS）是必要的。LIMS提供了更高的样本结果再现性，最大限度地减少了引入工作流的错误，并实现了更高的用户生产率。问题不再是是否需要LIMS，而是是否建造或购买LIMS。

一个功能齐全的LIMS管理从采集样本到报告结果的实验室数据。然而，与基因组学和下一代测序(NGS)相关的前所未有的吞吐量、实验复杂性和快速变化，给LIMS带来了独特的挑战。快速的时间表和扩展的工作流程需要一个LIMS，可以快速和容易地配置，以适应实验室选择的特定仪器。科学程序员和生物信息学家必须能够使系统适应，以支持不断变化的技术和协议。LIMS还必须能够支持由不同类型的科学家进行的迭代的、协作的工作。

虽然这些科学家中的大多数都同意对LIMS的需求，但许多实验室在决定是建造一个LIMS还是从合格的LIS/LIMS供应商那里购买一个LIMS的问题上纠结不已。尽管许多行业正在经历国产系统数量的增加，1生命科学的复杂性使得LIMS的开发最好留给信誉良好的供应商。

本应用笔记强调了几个实验室在考虑是否购买或构建LIMS方面的经验，并提出了指导他们做出决定的4个关键原因。

采购是更好地利用资源

很少有能做生物信息管理员所做的事情。他们聘请了来自许多学科的专业知识和专业知识，以帮助他人了解生物数据。同样，经常在实验室雇用的科学编程师拥有专门的技能。虽然生物信息管理员和程序员擅长穿着许多帽子，并且可能享受建造林分的挑战，但他们的时间更好地在其他地方度过，而不是跟踪样品。

在运营的头两年，由于试剂和软件的不断改进，Illumina的一个主要表观基因组学中心的测序系统增加了15倍。结合越来越多的NGS项目，生物信息学团队看到了对LIMS的明确需求，以集中其基因组学和NGS研究。

他们最初考虑从头开始构建LIMS，以确保它与该中心计划使用的定制下游分析工具兼容。事实上，构建内部LIMS的一个主要优势是，它提供了最终的定制，以满足每个实验室的特定要求。然而，开发LIMS需要大量的时间、金钱和人力资源投资。生物信息学团队计算出，一个自己动手的解决方案可能会耗费数十人年和数十万美元。专门的内部LIMS支持和维护成本的持续费用也构成了总体拥有成本。他们认为，虽然定制的系统现在可以适应他们的实验室，但当实验室需要改变时，它可能是不灵活的。

一个着名的合同研究实验室经历了类似的困境。当他们看到需要一个LIMS时，他们估计建立自己的系统将消耗许多资源来发展和维护。两个实验室最终购买了LIMS，很高兴他们做到了。在这两种情况下，生物信息管理员都表明，他们更喜欢在分析的科学相关方面而不是样本跟踪，特别是当他们发现右边的水平时。而且，当生物信息学人员可以专注于分析，数据和结果可以更快地向患者和客户达到。

挪威的镭医院走了一条稍微不同的道路，但出于类似的原因购买了LIMS。他们最初调查了许多可用的免费软件应用程序，认为它们可以在上面构建。但他们最终意识到，这项工作需要他们雇用新的资源。

资源的有效利用是一个超越LIMS收购的概念。当购买正确的LIM时，它将继续保护实验室资源的使用。在样品跟踪上花费的时间更少，误差也减少了，而且许多更好的LIM包括监控仪器性能和从昂贵的试剂中获得最大效益的功能。

灵活性可以在右边找到

一个主要的表观基因组学中心最初反对供应商制造LIMS的概念。毕竟，他们现在和未来许多年都需要一个足够灵活的LIMS来满足他们的特定需求。他们的Illumina测序系统和Illumina Infinium基因分型平台需要集成能力和内置支持。他们需要能够连接到他们的定制分析工具，这些工具是用各种程序编写的，包括PERL、Java、R等。所有这些，他们需要一个长期的解决方案，能够随着未来NGS吞吐量的增加以及实验室和分析工作流程的频繁变化而扩展。他们想知道一个现成的LIMS是否能做所有这些事情。

该中心选择购买专门用于基因组学和NGS研究的商业LIMS。他们从Illumina等行业领导者那里选择了一种能够无缝集成到NGS平台的LIMS。在几个月内，来自三个测序器的数据通过应用程序编程接口（API）无缝地通过LIMS传递到现有的数据分析管道。这与它建造自己的LIM可能需要两年的时间形成对比。LIMS提供了一个基础，该中心可以将其吞吐量扩展到当前水平，包括每周从五个Illumina测序系统和2000个Illumina Infinium基因分型样本运行。

需要定制是许多实验室开始构建自己的LIM的原因。然而，由于全面的应用程序编程接口（API）和开箱即用的仪器集成，这一论点现在没有意义。一个健壮的API可以做任何事情，从与上游或下游工具集成到自动化日常任务，如液体处理机器人或启动管道协议步骤。应用程序继续增长，因为许多API用户定期发布和共享脚本，创建库来增加API的价值和实用性。许多实验室声称，一个好的API提供了两全其美的效果：它可以实现定制和与内部系统的集成，但也可以满足开发人员或生物信息学人员从一个通用平台构建的需求，同时方便使用资源。

同样，与仪器供应商(如Illumina)的开箱即用集成也否定了供应商LIMS无法与每个实验室已经具备的仪器和工具相匹配的观点。例如，BaseSpace Clarity LIMS的标准配置有近40种不同的工作流程。非程序员可以在用户界面中创建其他工作流。与仪器厂商紧密合作的LIMS厂商可以开发出最好的集成，因此比没有这些关系的厂商更有优势。

可伸缩性与技术和人员有关

华盛顿大学西北部基因组学中心最初开发了自己的LIMS，因为可用的商业软件不支持其专业需求。但是，当它从三个到近20个illumina测序系统中缩放时，该中心没有开发能够处理扩展吞吐量的系统所需的时间。“当时我们迅速发现开发成本加起来，”大厦“的建设是有道理的，”Mark J. Rieder，Ph.D.Mark J. Rieder，Ph.D.，他管理了LIMS的部署。“这包括支付开发人员的工资和人们的时间坐下来思考整个问题。与LIM相关的开销不得贬低来自正在完成的科学的太多。“无论是实验室版本还是购买，LIMS都应最终扩展到其日益增长的吞吐量，并以快速的转变和效率支持实验室。

高度重视用户体验

根据《哈佛商业评论》（Harvard Business Review），由于实施或采用不力，IT项目以惊人的速度失败。2Atrium Research and Consulting的创始人、首席执行官兼首席分析师迈克尔·埃利奥特（Michael Elliott）表示：“LIMS肯定属于这一类，因为这些系统长期以来都是僵化、不可用和不灵活的。”。3.因此，关注LIMS的可用性和用户体验是有意义的，无论它是构建的还是购买的。

一位实验室经理说：“我们把自己开发的系统称为FrankenLIMS。”。他描述的是他工作的生物技术公司建造的LIMS。“我们不知道建立和维护这样一个系统有多么困难，结果是随着科学家重新设计字段、重用组件和创建交叉引用，一个系统发生了变形和变化。最终，我们围绕LIMS工作，以解决LIMS所产生的问题。”

Elliott说：“商业系统也有可能类似于FrankenLIMS，但随着越来越多的LIMS供应商从用户的角度重新思考LIMS设计，这种情况正在改变。”

根据弗雷德·戴维斯（Fred Davis）提出的信息系统理论技术接受模型（TAM），有两个因素阻碍了新技术的采用：感知有用性和实际易用性。一般来说，越直观的东西就越有可能被采用，因为用户必须花更少的时间学习它，并且不会对它形成负面态度。yobet亚洲4所有这些对于构建或购买的软件来说都是正确的，但是供应商软件可能比内部构建的软件更有优势。

用户体验已经成为当地语言的重要组成部分，尤其是在技术方面。软件供应商现在雇佣用户体验（UX）工程师或设计师。担任这些职位的人员能够深入了解用户，评估使用数据，以设计吸引用户并简化用户任务的体验。像Illumina这样对提供良好用户体验感兴趣的供应商，通常会进行用户体验测试，以设计新的直观功能，反映工作流程。

考虑到用户体验而开发的软件有更好的成功采用机会，因为它更直观，更容易学习。有开发人员或生物信息学家构建LIMS的实验室可能知道用户体验的概念，但没有时间或资源投入全面的用户体验研究。yobet亚洲

另一件有利于供应商的事情是，他们专注于软件开发。他们可以使用更多的流程、更多的测试资源、来自不同客户群的反馈以及来自其他供应商的竞争。软件开发生命周期过程（如敏捷）帮助供应商快速开发新功能，并微调过程以确保这些功能没有bug。来自其他供应商的竞争也带来了压力，要求他们在开发新功能时做到最好、最快。

结论

虽然最近有一个复苏的构建决策的LIMS在媒体上指出，规模仍然倾向于购买。著名的LIMS供应商，如Illumina，通过与仪器供应商建立密切的关系，有能力走在科学和技术进步的前面。与各种各样的客户一起工作使我们能够理解并预测他们的需求。正确的供应商LIMS可以帮助保护资源，适应现在和将来实验室特定的环境，并提供实验室工作人员想要重复的体验。

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