具有成本效益的测序使研究人员能够扩大癌症研究

简介

加文研究所金霍恩癌症中心的大卫·托马斯教授和他的同事们认为生殖细胞在癌症研究中被忽视了。他们想知道生殖细胞DNA是否有助于提高对癌症的遗传决定因素的理解，特别是在早期发病的癌症，如肉瘤。

托马斯教授说:“在国际癌症基因组联盟和癌症基因组图谱中，有1.1万个基因组或外显子，它们已经被测序并存入可访问的数据库。”“然而，其中一小部分附着了种系基因组。生殖细胞已经成为癌症研究中被遗忘的基因组。”

具有成本效益的测序

他们开始了一项突破性的肉瘤研究。他们没有直接观察肿瘤，而是使用与癌症风险相关的72个基因的靶向外显子组，分析了1162个患有肉瘤的先证者队列的种系DNA。

托马斯教授说:“这项研究是针对一种罕见疾病的首次同类研究，我们花的每一美元都能尽可能多地获得收益，这是我们战略的重要组成部分。”他们选择了HiSeq^®2500系统进行靶向外显子测序。

Thomas教授说:“HiSeq 2500系统非常适合这项研究，使测序变得非常实惠。”“每个测序面板的成本约为200澳元，这意味着我们有能力在超过1000个病例的规模上进行测序。”

“HiSeq 2500系统非常适合这项研究，使测序变得非常实惠。”

速度和效率

在三年的时间内进行了十批测序。“对于后续批次的测序，使用HiSeq 2500系统的高输出模式在三天内完成。”托马斯教授补充道。“我们在单车道上进行了96次plexing，最终获得了足够的读取深度。所有的测序工作大约在三年前完成。从那时起，我们一直在分析它。”

研究小组进行了罕见变异负担分析，以确定小组中的72个基因中哪些基因富集。除了TP53他们发现了一些他们没想到与肉瘤有关的基因，包括自动取款机，空中交通管制,ERCC2．

“在肉瘤患者中，有61人的致病基因变异APC，一种，MSH2,MSH6这与肠癌有关。”托马斯教授说。“我们还在肉瘤队列中确定了28名患者乳腺癌易感基因1或BRCA2突变，这在乳腺癌医学中是众所周知的。这些基因的重要性在于我们已经建立了管理风险的程序。我认为这是一个非常重要的结果。”

“对于后来的批次，使用高输出模式，测序在三天内完成。我们在单车道上进行了96次plexing，最终获得了足够的读取深度。”

全基因组测序随访

该团队很快将对同一队列进行全基因组测序(WGS)，以确定与肉瘤风险相关的其他基因。托马斯教授说:“这非常令人兴奋，因为我们可以开始提出比我们研究一组已知基因时更广泛、更深入的问题。”“有了WGS，我们可以在整个途径中寻找致病变异，并询问我们是否从每个基因中看到了信号，还是只看到了我们为小组挑选的基因。观察整个基因组还能让我们发现以前没有与癌症相关的新基因。”

WGS可能使他们能够填补他们用靶向外显子测序检测到的遗传性数据。托马斯教授补充说:“看看我们还能发现多少与肉瘤早期发病相关的生物标志物，这将是很有趣的。”“整个人类基因组测序将在加文研究所的HiSeq X Ten设备中进行，我们对此非常兴奋。”

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