荷斯坦基因分型品种竞合内欧洲
欧洲基因组学共享从使用Infinium BovineSNP50 BeadChip和由七个欧盟合作伙伴开发的定制BovineLD BeadChip收集到的基因组信息。
荷斯坦基因分型品种竞合内欧洲
介绍
2009年，在七个欧洲国家 - 法国，丹麦，瑞典，芬兰，荷兰，比利时和荷斯坦牛育种德国选择放弃个人议程，集中他们的基因组数据，创建EuroGenomics参考人口。1后来，来自西班牙和波兰的基因组数据也被加入进来。他们开发了一种利用BovineLD BeadChip的定制阵列，以提高基因组选择的准确性，并在欧洲牛种群中有效地识别和管理遗传疾病。
如今，参考种群的规模已经翻了一番，与北美不相上下。荷斯坦牛饲养者现在正在使用定制的BovineLD BeadChip的第五个版本，他们的基因组数据量已经显著增加。2016年4月，合作伙伴感到有必要将他们的关系提升到下一个层次，以便最好地面对基因组选择带来的所有挑战。现在，欧洲基因组学是一个由七个欧盟农民拥有的组织组成的合作组织:法国的EVOLUTION和Origenplus;在荷兰的CRV;维京基因在丹麦、芬兰和瑞典;在西班牙CONAFE;以及波兰的MCB Krasne和PFHBiPM。2该合作社代表了1000多万头荷斯坦奶牛，并计划开展研究，继续为育种者提供高质量的信息。
Xavier David是alice的首席执行官3.和VALOGENE。Allice由29个法国和比利时的合作社提供饲养与繁殖服务，并代表法国成员进入EuroGenomics合作的利益。VALOGENE是Allice的姊妹公司，是一家致力于基因组的解决方案。代表EuroGenomics的，VALOGENE正与欧洲12个基因分型实验室合作，以使获得创新和可持续的解决方案，基因分型的目的。克洛蒂尔德帕特里，EuroGenomics总书记，便于对所有EuroGenomics伙伴之间制定和实施共同项目，以改善服务，以欧洲农民的目标。
iCommunity与Xavier和克洛蒂尔德谈到学习如何独立荷斯坦种鸡从大陆范围内的数据yobet亚洲共享，他们学到什么教训中获益，以及如何EuroGenomics是提升世界各地的成员的可见性。
问：什么是欧洲基因组学，您是如何参与其中的?
Clotilde ((CP):欧洲基因组学成立于2009年基因组革命之初，当时育种公司决定联合起来共享数据，以便单个育种家和奶农都能从高质量的基因组评估中受益。在获得动物育种博士学位后，我专注于基因预测的质量，加入了欧洲基因组学，以协调他们的基因组项目。
泽维尔大卫(XD):法国约占欧洲荷斯坦奶牛总数的三分之一。艾丽丝代表所有参与荷斯坦育种的法国育种公司。我曾在人工授精(AI)行业经营过多家公司。我在2009年加入alice，以组织而非科学的方式率先采用基因组整合，目标是增加欧盟荷尔斯泰因参考人口的规模。
问：什么是荷尔斯泰因的创作EuroGenomics的繁殖之前在欧洲计划的状态？
XD:当美国和加拿大在2008年底开始合并它们的参考种群时，欧洲育种公司开始注意到这一点。
CP:欧洲的育种者根本不分享他们育种计划的信息。然而，他们将共享有利于他们育种计划的基因工具。
XD:美国和欧洲都在北半球，因此有相似的气候、品种和农业知识。一个显著的区别是，美国的养牛业更加工业化，而欧洲的家庭农场更多。
“通过快速获取基因信息，无论动物的年龄或性别，我们都可以显著缩短世代间隔。”
问：欧洲基因组学是如何支持欧洲奶农使用基因组工具的?
XD:第一步是让欧洲的育种组织坐到一起。2009年，每一个合作伙伴都投入了数百万欧元对他们的荷斯坦种群进行基因分型，突然之间，他们被要求向他们的竞争对手提供所有这些有价值的基因型。由于欧洲内部的历史和文化差异，国家之间的合作并不总是像听起来那么容易。他们不习惯合作，建立信任需要时间。然而，他们认识到相互成功的关键是互惠，实现一些他们单独无法达到的目标是有价值的。欧洲基因组学无疑开创了关系和过程的新时代。
问：欧洲荷斯坦种群基因分型的第一步是什么?
XD:我们开始用BovineSNP50 BeadChip对欧洲荷斯坦种群进行基因分型。我们选择它是因为科学家告诉我们这是一个很好的工具，我们将获得更好的质量与价格的比例。
问：在欧洲基因组学的早期阶段有任何阻力吗?
XD:当我们刚开始的时候，其中一个最初的合作伙伴已经开发了自己的私有定制芯片。对一些人来说，这是不与他们合作的原因。然而，我们讨论了这个问题，决定大家一起努力。
我们开发了一种将数据从私有芯片转换到Illumina BeadChip的输入方法。归因非常好，我们能够使用所有来自两个芯片的数据。结果证明，我们将低密度芯片转化为高密度芯片是一个优势。所有的合作伙伴现在都在使用Illumina的芯片。
问：由于欧洲基因组学的合作，基因组学在欧洲荷尔斯泰因育种计划中的应用有多快?
XD:基因组学的应用非常迅速。因为我们能够带来一个可靠的工具，荷斯坦育种公司开始看到结果很快。仅在法国，在过去三年中，75%以上的AIs是基于这一信息进行的。
问：拥有基因组信息对人工智能有什么好处?
XD:通过快速获取遗传信息，无论动物的年龄或性别，我们都可以大大缩短世代间隔。例如，为了获得一头公牛的繁殖价值，进行后代测试通常需要长达5年的时间。现在需要几个星期。
CP:多亏了基因组选择，一切都进展得非常快。这些信息还使育种者能够选择新的性状或特征，并避免遗传异常。
XD:它还为我们提供了更好的健康特征信息。
“BovineSNP50 BeadChip改进了我们的决策，使我们在知道后代测试的价值之前，不必让牛在等候站待上几年。”
问：欧洲基因组学的合作伙伴从Illumina BeadChips的基因组选择中获得了什么好处?
XD:该BovineSNP50 BeadChip芯片提高了我们的决策，使我们能够避免保持多头等待站了好几年，直到我们知道后代测试的价值。在BovineLD BeadChip芯片发布之后，基因分型变得更加便宜，因为它转移基因分型畜群管理从养殖公司的饲养员。这使育种者更好地管理他们更换牛群的。育种公司也从中受益，因为遗传数据增加了欧洲的荷斯坦品种的广泛遗传多样性的认识。在法国，去年，我们进行基因分型100000种动物和70％的仅出于管理目的的女性。这是令人难以置信的，因为我们只有2.5年前使用自定义的BovineLD BeadChip芯片开始。
CP:我们已经实现了对所有性状的高可靠性基因组预测。虽然每个特质的信度不同，但我们发现男性和女性的信度显著增加。参与欧洲基因组学增加了我们在欧洲的参考人口。2009年，来自德国、荷兰、北欧国家和法国的参考人口分别为16000 - 4000人。到2015年底，参考人口翻了一番，达到32000人，我们又增加了两个国家，西班牙和波兰。
XD:这只是牛市。
CP:我敢说，欧洲的荷尔斯泰因参考人口现在比北美人口还要多，北美人口在加拿大和美国之间大约有25000人。
问：为什么欧洲基因组学决定开发定制的BovineLD串珠芯片?
XD:我们使用过通过Illumina开发的第一个自定义的芯片之一。该BovineSNP50 BeadChip芯片和BovineLD BeadChip芯片是成功的，因为专门为欧洲人口的特殊的SNP。新EuroG10k芯片是基于Illumina公司BovineLD BeadChip芯片，并通过添加标记为商业和研究应用定制。我们正在使用它的男性预选在育种计划，亲子验证和性别控制，以及疾病和遗传异常检测，以及用于商业用途，以获得小母牛基因组育种值（GEBV）。我们还用它来研究，以测试因果突变，这将导致新的基因测试，并为传统的和新的特性更高的可靠性。
CP:每个研究机构都有自己的一套研究课题，它是热衷于追求。由于具有定制BovineLD BeadChip芯片使用的系统范围（EuroG10k），我们能够共同覆盖在我们的奶牛和肉牛研究更新的信息。
问：定制BovineLD BeadChip提供给欧洲荷斯坦养殖户有什么价值?
XD:最大的影响是与健康特征相关的遗传信息的质量。我们的合作伙伴也很高兴能够通过基因组评估更好地了解兽群中的雌性。通过提供哪些雌性最适合繁殖的准确信息，它使他们能够更好地管理自己的畜群。
CP:女性遗传学数据对农民来说是一个非常有力的工具。在基因组时代之前，获得这些信息几乎是不可能的。为了获得同样水平的遗传信息，一只雌性动物必须生育100多个女儿。
“新的EuroG10k芯片基于Illumina BovineLD BeadChip，并通过添加商业和研究应用标记进行定制。”
问：基因组选择是否改善了农业生产性能?
XD:目前，欧洲出现了牛奶危机，牛奶价格下降。我们的农民需要在技术上和经济上更加高效。基因组学提供了精确管理正在生长的畜群的工具。通过对所有雌性牛进行基因分型，农民可以优化牛群更新，培育出能生育、抗疾病、寿命长、不需要人工干预的牛。
就出口机会而言，这是一个复杂的问题。世界荷斯坦精液市场由北美公司主导，基因组选择不会改变这一点。这是因为精液市场的成功更多地取决于网络、专业知识、营销和国际经验，而不是产品本身。然而，欧洲育种公司更有能力在世界市场上竞争，因为他们现在有高质量的公牛基因组数据。
问：你打算将来做哪些研发项目?
XD:我们希望将所有的雌性整合到参考种群中，对新性状进行基因组选择。我们也有成千上万的序列，目前正在研究，为基因组工具带来更多的信息。
CP:新的特征很重要，因为不同的特征对欧洲的不同国家很重要。例如，在西班牙，奶牛在高温下表现良好是很重要的，因此热耐受性至关重要。在北欧国家，他们最重视健康。
问：每年在六个国家范围内评估小公牛有什么好处?
CP:六个国家等级分别是法语、西班牙语、荷兰/佛兰德语、德语、北欧语和波兰语。每个规模都是根据当地农民根据其具体需求提供的信息制定的。
XD:动物基因分型是一个连续的过程，计算管道也是如此。我们每年交换三次基因型，这样每个国家就可以根据各自的基因型直接计算各自的育种值。这在欧洲基因组学国家之间提供了透明度。我们交换基因型，然后每个国家可以根据自己独特的育种价值进行自己的计算。
问：如何成功地促进竞争的组织之间的合作EuroGenomics？
XD:我倾向于用“合作竞争”这个词来表示我们能够在后台进行合作，但最终，我们都是竞争对手。在美国也一样，几个合作社使用一个中央数据库，但仍然在国内和国外竞争。欧洲基因组不是育种公司的合并，而是一个后勤机构。
CP:美国合作社的一个优势是，它们都说同一种语言，而且只有一个国家的规模。我们至少有六种不同的语言，六个不同的计算中心，等等。然而，我们相信，这些不同的体验创造了更丰富的合作。
问：欧洲基因组学的下一步是什么?
XD:欧洲基因组学的下一个挑战将是帮助育种公司在世界市场上更加引人注目、更具吸引力和创新。
问：你认为基因组学在未来将如何使动物产业受益?
XD:基因组选择使得它可行的新的利益相关者接触到的业务和刺激竞争。看在美国发生的事情：在短短两年内，在美国市场，硕腾和性别鉴定的新进入者技术，有三分之一的前100 TPI公牛。这时候，你想想这是惊人的。
CP:基因组选择也将受益发展中国家，尤其是像非洲和亚洲地区。这些国家的荷斯坦奶牛育种的大部分时间杂交动物。他们需要更好的专用工具考虑他们的地方品种及其养殖环境的遗传特异性。基因组学也可以帮助他们提高生产，适应和畜群管理。
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Illumina公司BovineSNP50 BeadChip,
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参考文献
- 等。来自四个欧洲荷斯坦种群的共同参考种群增加了基因组预测的可靠性．麝猫索尔另一个星球．2011; 43:43。
- EuroGenomics。www.eurogenomics.com．2016年5月访问。
- Allice。www.allice.fr．2016年5月访问。