利用分析改善癌症诊断和治疗选择
开发和自动化最佳实践工作流程,使分析、处理和传播基因组数据访问研究者和临床医生。
利用分析改善癌症诊断和治疗选择
总结
概述
基因组平台小组UMCCR努力提高测序工作流的可伸缩性和可靠性,使更好的检测癌症基因组的变化,使肿瘤数据实时访问。
挑战
集团需要一个可伸缩的、商业支持,基于云计算的运行环境和共享工作流基因组数据分析和报告。
解决方案
研究小组选择了当前工作流和系统迁移到Illumina公司联系分析。
好处
使用Illumina公司联系分析,基因组平台组能够数字化转换他们的测序工作流程优化和标准化分析管道、简化数据输出策划报告的时间表,和跨国家和全球共享工作流和流程的合作者在一个安全的和兼容的数据环境。
介绍
墨尔本大学的使命癌症研究中心(UMCCR)是“推动创新和实现临床癌症治疗的影响。“由肖恩·Grimmond UMCCR正在加速癌症患者的改善结果通过使用基因信息理解癌症发展和靶向治疗。UMCCR与维多利亚时代的综合癌症中心(VCCC)联盟伙伴,使个性化的癌症治疗跨机构程序。
这项努力的一个关键部分是确保下一代测序结果(上天)数据处理、分析、和解释广泛提供给研究者和临床医生。这是UMCCR基因组平台小组的目标,提高“测序工作流的可伸缩性和可靠性,更好的检测癌症基因组的变化,并使肿瘤数据实时访问。”来帮助实现这一目标,奥利弗·霍夫曼博士,副教授,生物信息学,临床病理UMCCR和基因组平台的领袖集团与Illumina公司早期获得Illumina公司联系分析。
寻找可伸缩的生物信息学
当霍夫曼博士和他的团队开始与Illumina公司合作,他们有一个管道的高通量门店数据分析。此解决方案可重复加工短内容测序数据,但是团队想要增加可扩展性从传统的高性能计算(HPC)迁移到云计算平台。他们开始寻找替代方案。
霍夫曼博士有一个特定的新管道的需求列表。它必须是一个开源的解决方案,进行,很容易访问的实验室,并最终使用提供的工作流来分析和解释数据。长期支持将是成功的必要条件,因此一个商业产品,而不是一个学术,似乎更可行。它需要快速从基因组生物信息学,使实验室报告< 7天。全球联盟,作为一个贡献者基因组学和健康(GA4GH),霍夫曼博士想要的解决方案能够响应GA4GH标准。
发现Illumina公司联系分析
基因组平台组开始测试找到一个解决方案将提供必要的支持,速度和可靠性。霍夫曼博士与团队Illumina公司时,他了解到一个有前途的项目开发,叫做Illumina公司联系分析,能yobet亚洲够满足他的需求。
Illumina公司相关分析是一种基于云计算的系统来存储,管理和分析基因组数据在一个单一的环境。它建立在亚马逊网络服务(AWS)创建一个全面的数据管理管道使用在全球范围内,在一个安全的环境。使用Illumina公司联系分析,用户可以访问任何公共工作流和容易与他人分享自己的工作流程,简化协作实验室。因为Illumina公司架构平台允许的鲁棒性和可扩展性,在平台有足够的灵活性,允许修改以满足团队的独特需求。简而言之,这听起来就像基因组平台组在寻求什么。
“一切搬到一个环境最小化的过程,我们必须审查每一个新的工作流和简化了认证过程,而反过来,支持设置临床测序环境,”霍夫曼博士说。“这简化过程,使我们能够利用工作已经完成,所以我们不一样不断重新证明工作。”
此外,Illumina公司连接分析提供的力量DRAGEN™看到你平台准确,超速的二次测序数据的分析。使用DRAGEN管道、分析可以在6小时内完成。这个速度是至关重要的;在7天转身策划报告,分析需要在48小时内完成。生成的数据在一个NovaSeq™6000系统直接上传Illumina公司联系分析,可以直接测序运行完成后进行分析。没有中间数据分段网站,加快整个过程。
我们看到巨大的承诺在Illumina公司提供的简单的工作流管理连接的分析,都在一个地方,而不是混合HPC /云解决方案。周转时间的增长令人印象深刻,我们期待我们的数据移动门户和监控Illumina公司联系分析。
合作产生的结果
在过去的几个月里,霍夫曼博士和UMCCR基因组平台小组工作与Illumina公司团队为Illumina公司连接分析优化工作流程。Illumina公司致力于支持GA4GH标准,允许团队迁移现有的工作流平台以最小的努力。平台为团队提供了一个商业支持稳定的生产环境,同时允许他们保持控制部署工作流。霍夫曼博士描述了这个合作是“了不起的。我工作在许多学术/行业合作伙伴,但这无疑是一种最好的沟通,实践的支持,和友爱。Illumina公司一直响应过程的所有步骤,提供路线图,洞察设计决策和实际实现的支持。”
基因组平台集团今后将继续与GA4GH,确保Illumina公司连接分析符合社区开发的标准,允许其他研究者UMCCR数据上运行分析。最终,球队想让UMCCR-developed癌症可用分析工作流作为科学界的交钥匙解决方案。我们的目标是提供所需的信息了解是什么在一个特定的癌症和确定治疗意味着什么。
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Illumina公司联系分析,www.169o.com/ConnectedAnalytics