使发现而成为精通挥动

介绍

本笃Yan博士是分子诊断中心(MDC)负责人在新加坡国立大学医院(NUH)。成立于1998年,争取民主变革运动的主要分子NUH实验室,也为研究提供分子分析服务的合作者在当地大学和研究机构。争取民主变革运动团队使用各种分子分析技术,包括桑格和毛细管电泳(CE)测序和实时PCR (qPCR)。

Yan博士的研究集中在血液癌症,特别是急性髓系白血病(AML)。他认为,下一代测序(上天)可以简化AML诊断。他和他的团队一直在进行桑格和门店相关性研究在过去的四年。在这个过程中,他们NGS-powered研究已经确定了新的遗传标记,可能是有用的在开发AML和髓系肿瘤的诊断和治疗。亚博下载app他们还收集数据对未来验证的总会在分子诊断实验室。亚博下载app

iCommunity与Yan博士对他的目前的研究和门店的潜在价值分析方法识别癌症突变。

本笃Yan博士是在新加坡MDC-NUH负责人。

什么引起了你的兴趣成为一个病理学家吗?

本尼迪克特严(通过):有许多不同的临床专业,工作的性质不允许对科学探究。作为一个病理学家,我在实验室环境中工作在临床,这追求科学问题提供了机会。

问:什么类型的测试你在争取民主变革运动的执行?

由:大约40 - 50%的测试是在传染病。具体地说,病毒的检测和量化。其余的我们的测试菜单在肿瘤学和遗传疾病,如地中海贫血,脆性X,血色沉着病。

问:你与其他研究小组合作在医院吗?

由:实验室在学术医学中心和一个大学。在这个医院还有一个完整的生态系统,包括研究机构和个人临床科学家。

我们尽力与尽可能多的人合作。我们每年发表论文约10多元组研究人员,涉及广泛的疾病和条件。

问:你自己的研究的重点是什么?

由:我的重点是白血病,特别是AML。我也感兴趣研究髓系肿瘤。

“我们意识到,传统的方法对AML生物标志物的发现和测试太昂贵的和艰苦的。我们决定探索潜在的门店。"

问:你用的是什么分子生物学技术在争取民主变革运动吗?

由:最初,实验室专注于儿科疾病,如脆弱x使用陈旧的技术,如印迹,涉及放射性物质。qPCR,依然存在,主食之一在我们的工作过程。当我们搬进了癌症,我们开始进行DNA和RNA测试。我们使用传统的CE和桑格测序,以及端点和数字滴PCR等技术。

问:你使用了什么技术AML的研究呢?

由:对AML的研究中,我们使用CE和桑格进行DNA测序,并使用qPCR研究融合转录本。

问:什么是已知的AML基因呢?

由:AML是第一个癌症基因组测序人类基因组计划完成后。其突变景观也已经有了很广泛的研究和有关生物学特征,这些突变的临床意义。

我们已经看到一个进化从2001年世界卫生组织(世卫组织)发表了一份AML的分类,¹2016年最新AML分类指南。²有更多的AML类别比最初认为临床上重要。我们现在使用传统技术(例如,桑格测序)测试四个生物标志物在AML样本。不久,我们将会添加更多的生物标志物。很难保持利用Sanger测序。

问:是什么促使你考虑挥动AML在你的研究?

由:我们意识到传统的AML生物标志物的发现和测试方法太昂贵的和艰苦的。我们决定探索潜在的门店。这是一个有效的,具有成本效益的替代传统的测序方法。我们开始AML项目在2014年晚些时候,使用台式挥动平台。

“我们发现,是非常准确的。例如,我们使用捷系统分析样本CEBPA突变,AML生物标志物。CEBPA在GC含量高。使用门店,我们确定了相同的突变桑格测序,以及一些。”

问:你是如何实现总会在你的实验室吗?

由:我们使用总会发现新的AML变异,然后执行Sanger测序验证。来自上天的信息量分析是巨大的。它需要一个完全不同的身体的知识传统的病理学家不熟悉。在我们当前的AML的研究中,我们慢慢积累经验与门店和构建我们的知识。

问:你是什么类型的AML和多发性骨髓瘤研究与门店执行?

由:过去10年来,我们有库存外周血和骨髓的AML科目。我们刚刚完成了一个门店生物标志物的研究小组使用这些样品,并验证我们的结果分析和临床。比较分析验证,我们总会发现从Sanger测序与数据,这是当前的黄金标准。

身体对AML的知识生物标志物与西方人群了。然而,我们新加坡人口多样化,包括中国、印度人,我们自己的土著人口和移民住在这里。我们试图建立一个数据库相关的生物标记物的多样化的人口。

我们也使用门店识别存在的小说在多发性骨髓瘤基因融合。

问:目前这些研究的结果是什么?

由:我们发现是非常准确的。例如,我们使用捷系统分析样本CEBPA突变,AML生物标志物。CEBPA在GC含量高。使用门店,我们确定了相同的突变桑格测序,以及更多。³

在多发性骨髓瘤研究中,我们已经确定了几个小说融合。确认是否这些融合是真实的,我们对他们设计引物,进行逆转录酶聚合酶链反应(rt - PCR)。我们高兴,rt - pcr和门店数据匹配和融合是真实的。我们进行研究,看看这些小说融合临床影响。^4、5

问:其他NGS-based方法有潜力,如单细胞RNA序列,用于癌症研究?

由:以激动人心的许诺单细胞基因组学在癌症。目前,我们使用流式细胞仪对血液恶性肿瘤单细胞分析确定是否有残留病。大约20000个细胞可以通过流式细胞术分析评估大约30标记,根据所使用的抗体面板。

单细胞RNA序列可能让我们看看成千上万的标记,我兴奋的承诺,这项技术。最大的挑战将是优化协议。使用目前RNA是不简单的。我们需要开发一个过程来获得高质量的RNA,然后确定一个平台和开发一个协议来确保再现性。

问:什么是未来的挥动技术在你的研究?

由:我们的最终目标是降低成本,提供高质量的结果与门店。挥动着承诺提供见解,传统技术无法提供。我们希望执行门店的研究对其他癌症,以及艾滋病等传染性疾病,遗传性疾病,地中海贫血。我还想调查上天的使用使单细胞基因组学的诊所。

阅读更多关于本研究:

NUH桑格/门店相关研究,www.169o.com/science/customer-stories/icommunity-customer-interviews-case-studies/yan-nuh-interview-targseq-casestudy.html

阅读更多关于本研究中使用的Illumina公司系统和产品:

MiSeq^™系统,www.169o.com/systems/sequencing-platforms/miseq.html

Nextera^™XT DNA库准备装备,www.169o.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/nextera-xt-dna.html

TruSight^™骨髓测序面板中,www.169o.com/products/by-type/clinical-research-products/trusight-myeloid.html

TruSight RNA锅癌症面板中,www.169o.com/products/by-type/clinical-research-products/trusight-rna-pan-cancer.html

NextSeq^™550系统,www.169o.com/systems/array - scanners/nextseq - 550. - html

引用

1. 贾菲,哈里斯问,斯坦JW, et al。世界卫生组织的肿瘤分类:病理学和遗传学的肿瘤淋巴造血组织。安杂志。2002;3:490 - 491。
2. 伦纳德摩根大通,马丁P, Roboz GJ。2016年修订的实际意义世界卫生组织分类淋巴髓系肿瘤和急性白血病。中华肿瘤防治杂志。2017;23:2708 - 2715。
3. 燕B,胡锦涛Y, Ng C, et al。覆盖率分析有针对性amplicon-based下一代测序面板骨髓肿瘤。中国中草药。2016;69:801 - 804。
4. 谭米,Ng IKS次方,陈Z, et al .临床意义DNMT3A突变在东南亚的急性髓系白血病患者。中国中草药。2017;70:669 - 676。
5. Ng本土知识,Ng C,低JJ, et al .识别大型indels针对下一代测序为髓系肿瘤化验:一个发人警醒的故事ZRSR1假基因。中国中草药。2017;pii: jclinpath - 2017 - 204440。doi: 10.1136 / jclinpath - 2017 - 204440。Epub提前打印。

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