基因关联研究未检测到的变体
MiSeq System和TruSeq Custom Amplicon提供了与运动后血压变化相关的变异的深入视图。
在基因关联研究中识别未检测到的变体
总结
概述
康涅狄格大学的研究人员希望在基因组中识别外显子区域的PEH相关变体。
挑战
找到一种成本效益高、效率高、可定制的方法来识别运动前后受试者样本中的PEH变异。
解决方案
Pescatello博士和她的同事选择了Truseq自定义扩增子以创建自定义面板以序列41基因的外显子。使用MISEQ系统进行对象样品的扩增子测序。
好处
面板设计和扩增子测序过程是可定制的，简单且透明的。该团队获得了显着的结果，证明了在中等和强烈运动后PEH变体的基因型依赖性差异。数据将被用作更大的后续研究的基础。
介绍
康涅狄格大学(University of Connecticut)的琳达·s·佩斯卡特罗(Linda S. Pescatello)教授20多年来一直在研究为什么运动后血压会发生变化。对一些人来说，在进行剧烈或短期运动的时候，他们的血压比不运动的时候要低，这种现象被称为运动后低血压(PEH)。Pescatello博士假设，与高血压、肾功能和结构、慢性或长期运动(运动训练)引起的血压反应相关的基因变异也可能与PEH有关。
2001年，Pescatello博士和她的团队开始研究运动基因组学。他们收集了90份参加运动计划的参与者的血样，并进行了候选基因关联研究。他们评估了与高血压相关的肾脏多态性，并发现了与PEH相关的几种变异。
“然而，偶然发现的基因关联研究是如何识别变异的，”佩斯卡特洛博士说。“他们更像是钓鱼探险。我们意识到，下一代测序(NGS)将使我们能够同时看到更大的基因组部分。”
＂...偶然关联研究在识别变异方面的作用变得很明显。他们更像是钓鱼探险。我们意识到，NGS将使我们能够同时观察基因组的更大部分。”
共同努力
佩斯卡泰罗博士和她的同事开始与杰克逊实验室的科学服务机构——基因组技术集团合作。23名受试者（14名非洲裔美国人，9名白种人）参加了运动研究，并在运动前后采集了血样。为了识别PEH相关变异，Jackson实验室建议使用MiSeq系统进行扩增子测序。
首先，研究小组需要建立一个有针对性的基因小组。“我们不想要任何预先包装的东西，”Pescatello博士说。“同样，我们试图避免一次捕鱼探险。我们与Illumina合作创建了一个定制的放大器面板。”
定制和透明度
“我们对文献进行了全面的搜索，并提出了41个基因，”Pescatello博士补充道。“那些包括在基因关联研究中鉴定的肾变异，以及其他与血压反应相关的其他与运动，高血压或肥胖症相关的变体。我们向Illumina提供了那些41个基因，并告诉他们我们想要序列这些基因的外显子。“
该团队选择TruSeq Custom Amplicon进行扩增子测序，这是一种基于扩增子的靶向重测序方法。Pescatello博士说:“我与我们系统基因组学研究所的人员进行了交谈，他们同意TruSeq Custom Amplicon是正确的分析方法。“在这类研究中有很多噪音。你越能消除噪音，你就会过得越好。”
Illumina指导研究团队的一名成员如何使用DesignStudio™软件，这是一个易于使用的在线工具。他们创建了TruSeq Custom Amplicon寡核苷酸探针面板，生成1214个扩增子，大小范围为225-275 bp。
“TruSeq Custom Amplicon满足了我们的期望。我们的点击率非常高……我们发现的关联比我们最初认为的要多。”
快速、显著的结果
杰克逊实验室对样本进行了扩增子测序，并在几周内获得了数据。佩斯卡泰罗博士补充道：“这根本没花多长时间。”。“考虑到涉及的人数，整个过程非常透明，我们获得了高质量的数据。”
“TruSeq Custom Amplicon满足了我们的期望，甚至更多，”Pescatello博士说。“我们的点击率非常高。研究小组中25%的基因与PEH有关。在这些基因中，有75%的关联在非裔美国人和白人受试者之间存在差异。我们发现的关联比我们最初认为的要多。”
积极的经验
Pescatello博士打算再次与Illumina进行后续的运动研究，评估由200多个基因组成的优先小组。“这次经历非常积极，”她说。“我知道我想做什么，但如果没有杰克逊实验室和Illumina的帮助，我是不可能做到的。我们取得了如此大的成功，以致于我不愿与任何人同行。显然，我们很幸运能与Illumina合作。”
阅读更多关于这项研究的信息:
yobet亚洲亚博官网人口了解本研究中使用的Illumina系统和产品的更多信息：
米塞克系统，www.169o.com/systems/sequencing-platforms/miseq.html.
TruSeq Custom Amplicon Kit，www.169o.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/treuseq-custom-amplicon.html.
设计工作室软件，www.169o.com/informatics/research/experishing-design/designstudio.html.