扩展基因测试实验室，对数千个样本进行基因型

介绍

GPBio是12家参与开发Infinium全球筛选阵列(GSA)的全球联盟成员中唯一一家亚洲公司。以GSA为基因分型平台，该公司为中国领先的医院、研究机构和大学提供检测服务。在不到两年的时间里，GPBio的规模超过了5亿²实验室空间。

理解其测试卷将继续增加，GPBIO管理团队开始计划进入5000米²设施。他们意识到，建立可扩展的基因分型能力需要不仅仅是一个更大的建筑。该团队需要有关如何增加实验室吞吐量，简化其基因分型工作流程的经验丰富的指导，并有效地管理样品以支持未来的测试增长。

GPBIO与Illumina Arraylab咨询服务合作，制定了一个最大化实验室的设置和操作的计划。除了确定人员配置和资源要求外，他们还制定了更有效的样本工作流程和优化的数据报告程序，以支持可扩展的高吞吐量基因分型实验室。

iccommunity采访了GPBio运营副总裁张玉清，就实验室规划和开发过程，以及GPBio从ArrayLab咨询服务中获得的好处进行了交谈。

GPBio为中国领先的医院、研究机构和大学提供基因分型检测服务。

问：GPBIO提供的服务是什么服务，谁是客户？

(张(YZ):GPBio成立于2016年，为中国的医院和研究机构提供基因检测服务。我们提供基于先进微阵列和测序技术的基因检测，并正在建立最大的人类基因组数据库。除中科院外，GPBio的客户还包括复旦大学及其附属医院、华山医院和上海眼科耳鼻喉科医院。

你是什么时候加入这家公司的?

YZ:我于2017年4月加入公司作为副总裁，运营。我熟悉基于微阵列的基因分型技术。当我加入公司时，我们从一个小实验室转换到一个10×更大的一个。

问：为什么选择arraylab咨询服务以帮助新实验室设施的设置？

YZ:转向更大的实验室呈现了几个挑战，特别是在创建有效的工作流程中，用于处理更多数量的样本。我们需要指导如何在进入实验室时处理样本。我们还希望将机器人纳入工作流程以处理样品准备。问题是如何将所有内容集成到我们的新实验室中。

ArrayLab咨询团队通过处理我们新的基因分型设施的规划，使我的工作变得更容易。它使我能够专注于现有设施的日常运作。”

问:ArrayLab咨询服务为您的实验室设置提供了哪些指导?

YZ:当实验室建设完成后，ArrayLab咨询团队获得了尺寸，制定了一个建议的布局，并向我们提出了它。当我们建立一切时，他们回来了。

几周后，他们回答了我们的问题，并为我们提供了如何高效地使用实验室空间并成功优化库存管理。为了提高样品吞吐量，建议使用Tecan Liquid Handler自动化样本工作流程的一部分。团队协助我们当我们将设备集成到简化的工作流程时。他们还指导我们如何有效地执行数据报告。

问:与ArrayLab咨询服务合作，您获得了什么好处?

YZ:我们的实验室迅速运行。通过处理我们的新基因分型设施的规划，ArrayLab咨询团队提出了更轻松的工作。它使我能够专注于我们现有设施的日常运营。

我认为Illumina有咨询服务令人印象深刻，以帮助其阵列客户设置其基因分型实验室并有效地操作它们。我们在2017年第三季度完成之前，期间和之后，我们的指导受益于他们之前。

问:GPBio提供哪些类型的测试?

YZ:我们提供新生儿筛查、儿童疾病和代谢障碍风险测试，以及成人心血管疾病、癌症、药物反应、代谢疾病、过敏和健康管理测试。所有这些测试目前都使用GSA执行。

问:GSA的表现如何?

YZ:我们对GSA的呼叫率和数据质量感到满意。我们的客户对我们提供的基因分型数据感到满意。

“我们正在使用ArrayLab咨询团队来评估不同的场景，以提高我们的吞吐量> 1000个样本/周。”

问：每周处理多少样本？

YZ:我们每周加工1000个样品，周转时间为一周。

问:你今年的吞吐量目标是什么?

YZ:我们目前的实验室设置全部适用于1000个样本/周，因此我们将在今年建立。我们有一个ISCAN系统，一个TECAN和一个完全专用的组来处理和运行样本。

问：GPBIO在为其客户提供的下一个步骤是什么？

YZ:我们正在使用ArrayLab咨询团队来评估不同的场景，以提高我们的吞吐量> 1000个样本/周。到2018年底，我们希望能处理100,000个样本。

我们还与Illumina紧密合作开发亚洲基因组阵列(ASA)，并正在向其转型。ArrayLab的咨询团队帮助我们开发定制的ASA芯片，以满足我们的测试需求。我们期待着向他们提供服务。

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