突然增长导致基因分型实验室重新评估其工作流程

介绍

南基因科技有限公司成立于2003年，是一家总部位于上海的基因组研究服务实验室。它参与了国际HapMap项目，对样本进行基因分型，以协助中国、加拿大、日本、尼日利亚、英国和美国的研究团队开发人类基因组的单倍型图。2016年，领先的基因检测服务公司深友公司投资南方基因技术，并成立了一家合资企业，以扩大其在中国金融和医疗机构的基因分型服务。

2017年，申友/南方基因合资企业对80万份复杂疾病、癌症和祖先遗传标记的人类样本进行了基因分型。检测量比上年增加了30%以上。2018年预期样本检测量为150万份，申友意识到上海实验室需要扩建。该公司与Illumina ArrayLab咨询服务公司签订了合同，以确定扩大实验室基因分型吞吐量所需的设备、人员、样本工作流程和自动化。

iccommunity采访了申友首席执行官金伟荣博士和南方基因技术实验室总经理王海峰，就与ArrayLab咨询服务合作扩大上海实验室容量以满足不断增长的需求的好处进行了讨论。

2017年，深友公司与南方基因科技成立了合资企业。南基因现在是合资企业的中心实验室，在其上海实验室提供基因分型服务。

问:您是什么时候加入南方基因技术公司的?该公司基因检测服务的重点是如何改变的?

海丰王(HW):我于2004年加入南方基因技术公司，担任基因分型实验室经理。我们是中国第一个使用Illumina珠阵系统的实验室。最初，我们专注于为常见疾病的研究提供基因分型服务。在完成国际HapMap项目的工作后，我们开展了多个复杂疾病和癌症研究项目的研究，包括牛皮癣、麻风病、精神分裂症、Graves病、2型糖尿病、狼疮、结直肠癌和肺癌等疾病。我们使用Illumina BeadChips和BeadArray系统来进行这些研究。

问:申友股份为何与南方基因科技成立合资企业?

Weirong金(WJ):我们需要一个中心实验室来进行基因分型服务，选择南方基因技术公司是因为它有几十年的经验。最初，这家合资企业为中国的金融机构和保险公司提供基因分型服务，这些公司将基因检测作为礼物送给客户。

问:深友为金融机构和医疗集团客户提供哪些测试?

WJ:我们提供对祖先、各种复杂疾病和癌症的检测。在中国，血统检测在年轻人中很流行。

问:你们使用什么技术来执行这些测试?

HW:目前，我们90%的检测是在南京实验室使用PCR技术进行的。我们大约10%的检测，每周2000个样本，是在上海实验室使用iScan系统和Infinium全球筛选阵列(GSA)进行的。然而，这种情况将会改变。当我们过渡到Infinium亚洲全球筛选阵列(ASA)时，我们将把大部分测试转移到上海实验室。

“Illumina ArrayLab咨询团队帮助我们评估和规划我们的实验室设置。”

问:上海实验室的样本量增加的原因是什么?

WJ:2017年，我们开始为爱康医疗集团提供基因分型服务。爱康在全国34个城市设有120家医疗机构，提供医疗检查、疾病筛查等增值服务。我们每天进行基因分型的样本数量迅速增长。

我们预计在2018年与另一家医疗保健集团合作，在中国各地的数百家中心为其客户提供基因检测服务。我们意识到，来自两个医疗保健小组的测试将使我们的样本量达到每年1 - 150万。很明显，我们需要扩大现有的南基因实验室设施，以适应这种增长。

问:你为什么决定使用Illumina ArrayLab咨询服务?

WJ:我们选择ArrayLab咨询服务是因为我们熟悉Illumina的技术。我们知道我们将使用GSA和ASA的珠子芯片，以及iScan系统进行未来的测试。我们希望一个Illumina团队提供关于简化我们的工作流程以处理不断增加的样本数量的建议。

HW:我们预计在2018年我们上海实验室每周可以加工> 2000个样品。运行这么多GSA或ASA珠子芯片是一个挑战。我们不知道如何建立实验室来满足这种水平的需求，也不知道如何扩大样本量。

中国的劳动力成本正在上升，基因检测的竞争也在加剧。高效对我们来说很重要，尤其是在实验室人员配备方面。Illumina ArrayLab咨询团队帮助我们评估和规划我们的实验室设置。这包括计算今年实现样品吞吐量目标所需的人员、设备和BeadChip库存，以及如何为未来扩大实验室规模。

问:与ArrayLab咨询服务团队合作的好处是什么?

HW:我们从ArrayLab咨询团队那里得到了有价值的建议。我们要花好几个月的时间自己制定一个实验室计划。它不会像ArrayLab咨询团队提供给我们的那样有效。

ArrayLab咨询团队帮助我们制定了设施计划和设备布局，以支持高效的工作流程。他们帮助我们充分利用我们的资源。这包括通过调整人员轮班和并行运行某些工作流程而获得的效率提高。他们还建议采用自动化来降低劳动力成本。我们的实验室现在有几个特康流体处理系统。

问:ArrayLab咨询团队提供计划后，上海实验室的启动和运行花了多长时间?

HW:我们从2017年第三季度开始与ArrayLab咨询团队合作。两个月后，我们执行了他们的建议，正在处理样品。

问:你们的样品处理的周转时间是多少?

HW:当我们收到一个样品时，我们需要四天来处理这个样品，然后再花一个星期来分析数据。从客户的角度来看，他们在将样品送去加工后大约两周就会收到分析报告。

ArrayLab咨询团队帮助我们制定了设施计划和设备布局，以支持高效的工作流程。他们帮助我们最大限度地利用我们所有的资源。

问:你们每周运行多少个样本?

HW:我们每周要和GSA一起处理2000个样本。当我们过渡到ASA，我们将增加我们的加工到每周4000个样品。我们仍然有能力增加到每周8000个样品。

问:是什么促使你决定从GSA过渡到ASA的珠晶片?

HW:GSA含量不是最适合中国人口的。因此，我们目前的样本分析涉及到将GSA和PCR数据合并到一个报告中。我们宁愿做一次化验以获得结果。

我们正在与ArrayLab咨询团队合作，为ASA BeadChip开发定制内容。我们定制的ASA珠晶片将针对我们服务的中国人群进行基因座优化。

问:ArrayLab咨询团队将协助您实现的下一步是什么?

HW:我们很快就会用ASA珠晶片进行基因分型。然后，我们将与ArrayLab咨询团队会面，以优化我们的ASA工作流程，并开发标准操作流程，将我们的样品处理规模扩大到每周8000个样品。

问:在中国，基因检测的发展领域是什么?

WJ:目前，中国至少有90%的基因检测者从不自己付费。它要么是保险公司或金融机构提供的礼物，要么是医疗保健中心福利的一部分。尽管人们没有为此付费，但他们正在深入了解基因检测的价值。这激发了他们更多地了解自己基因组的兴趣。yobet亚洲

在未来，我们预计10-15%接受基因检测作为礼物的人将支付额外的检测，以了解更多关于他们的疾病风险和祖先的信息。亚博官网人口yobet亚洲为了利用人们对基因检测越来越感兴趣的机会，我们计划扩大我们的产品范围，包括直接面向消费者的基因检测。我们将使用在线门户网站来吸引潜在客户。当我们进行这种转换时，与ArrayLab咨询团队合作所获得的工作流程和成本效率将是有价值的，并支持稳定的利润率。

我们相信，大数据将对公司的未来非常重要。随着参加基因检测的人数的增加，健康个体的基因数据库也将增加。我们想要识别出中国人基因组中独一无二的基因标记。这些数据将使我们能够改进我们的产品，并支持中国人群中的疾病研究。

---