NGS提供速度、效率和意外
MiSeq系统、Nextera XT DNA文库准备试剂盒和TruSight髓系测序面板能够检测富含gc的基因中的新癌症突变。
NGS提供速度、效率和意外
总结
概述
Yan博士和他的MDC-NUH团队正在进行AML和多发性骨髓瘤研究。
挑战
鉴于越来越多的临床标准护理生物标记物，目前的分子检测解决方案，如Sanger测序和qPCR，用于分析AML和其他血液学和淋巴癌样本既昂贵又耗时。
解决方案
严博士和他的团队选择MiSeq System、TruSight Myeloid和Nextera XT Library Prep Kit作为NGS解决方案。他们正在进行相关研究，以收集数据，识别新加坡人群特异性的生物标志物，并精通NGS。
利益
Yan博士和他的团队正在开发在MDC-NUH实验室进行NGS的专业知识和资源，并扩大其在其他临床研究中的应用。
介绍
病理学家本尼迪克特·严博士正在为分子诊断的未来做准备。亚博下载app实时PCR (qPCR)和Sanger测序一直是他在新加坡国立大学医院(NUH)分子诊断中心(MDC)的团队的工作重点。然而，他们的工作流程既昂贵又耗时。他正在研究使用下一代测序(NGS)作为替代传统分子分析技术的工具，在他的实验室。
严博士相信，未来NGS可以简化诊断，特别是急性髓系白血病（AML）。Yan博士说：“NGS是传统测序方法的一种高效、经济的替代方法。”。他将NGS视为其分子诊断实验室未来的技术，并希望他的团队精通NGS。亚博下载app
选择正确的工具
2014年，严博士和他的团队开始使用MiSeq System和TruSight Myeloid Panel进行Sanger/NGS相关性研究。目前AML的治疗标准包括对至少7个生物标记物的分析，这些生物标记物的跨度累计超过10,000个碱基对。“我们看到越来越多的标准护理标志即将出现，”严博士说。“桑格测序太昂贵了，无法分析所有这些基因。”
在他们的研究中，他们使用了过去10年在NUH收集的150多个库存AML样本（外周血和骨髓）。Yan博士说：“我们选择了TruSight髓系小组，因为没有其他现成的NGS小组解决方案用于分析髓系相关基因。”。“如果没有它，我们就需要制造和开发我们自己的面板。这将花费相当多的时间。”
“NGS鉴定了[GC-rich]中的所有突变CEBPA通过桑格测序发现并检测到更多。”
瞄准精度
Yan博士和他的团队已经完成了相关研究，并正在分析验证研究结果。“我们将NGS研究结果与Sanger测序的数据进行比较，Sanger测序是目前的金标准，”Yan博士说。“我们发现NGS正在识别Sanger测序确定的所有突变。”
MDC团队面临的一个挑战是获得高覆盖率的CEBPA这是一种富含gc的基因，是一种标准护理的AML生物标志物。Illumina推荐Nextera XT Library Prep Kit以获得更高的覆盖率。1MiSeq System、Nextera XT Library Prep Kit和TruSight Myeloid Panel的组合获得了成功。NGS确定了所有的突变CEBPA通过桑格测序发现并检测到更多。”
严博士还利用NGS建立了一个与新加坡不同人群相关的新型生物标志物数据库。“AML生物标志物的知识体系已经在西方人群中形成，”Yan博士补充道。“即使我们获得了高质量的结果，我们也需要确定它是否是有意义的AML生物标志物，特别是在我们的人群中。”
“我们之前从未在多发性骨髓瘤中发现过融合。我们使用逆转录酶PCR等湿台技术验证了它们。”
动力的发现
除了观察AML样本中的变异外，MDC正在使用TruSight RNA泛癌小组研究多发性骨髓瘤中的融合。在这项研究中，研究人员使用了过去五年中收集的大约20个多发性骨髓瘤样本。
测序在Illumina实验室使用NextSeq进行™500系统。虽然这项研究的发现尚未公布，但该小组使MDC研究人员能够识别新的融合。“我们发现的融合以前从未在多发性骨髓瘤中报道过，”Yan博士说。“我们使用逆转录酶PCR等湿台技术对其进行了验证。”2，3
做出正确的选择
严博士和他的团队正在开发资源和专业知识，以扩大NGS在其他临床研究中的应用。“Illumina测序的质量非常好，这对我们有利，”严博士说。“我们与Illumina的合作经历非常棒。”
“即使在2014年，Illumina仍是NGS的主导市场参与者，”严博士补充道。“使用Illumina系统有很多优势，特别是在获得医学界的认可方面。当一项技术被广泛使用时，它会带来更大的标准化和共识。”
了解更多有关本研究的信息：
yobet亚洲亚博官网人口了解本研究中使用的Illumina系统和产品的更多信息：
MiSeq系统,www.169o.com/systems/sequencing-platforms/miseq.html
TruSight™髓系测序小组，www.169o.com/products/by-type/clinical-research-products/trusight-Myeloid.html
NextSeq系统,www.169o.com/systems/array scanners/nextseq - 550. - html
参考
严斌，胡玉英，吴志强等。基于靶向扩增子的下一代髓系肿瘤测序面板的覆盖分析中国中草药。2016; 69: 801–804.
陈敏，吴宜思，陈志强，等。糖尿病的临床意义DNMT3A东南亚急性髓系白血病患者队列中的突变。临床病理学杂志. 2017; 70:669–676.