启用FFPE样品的RNA-Seq分析
对FFPE和其他低质量样品的RNA测序(RNA- seq)分析可以为疾病研究提供关键见解。不幸的是，这些数据中的大部分过去是无法访问的。Illumina公司的FFPE RNA-Seq解决方案现在使研究人员能够从具有挑战性的样本中获得有价值的数据，产生高质量的结果。
用于FFPE和低质量样品的mRNA-Seq
信使rna序列(mRNA-Seq)是一种准确、经济的编码转录组分析方法。将测序预算集中在信使rna上，可以提高样本吞吐量，降低相对于RNA-Seq总量的单个样本成本，同时能够发现新的特征，如可选剪接、融合转录本和编码变体。1，2
TruSeq RNA外显子组克服了传统多基捕获编码转录组方法的局限性;这些传统方法对FFPE RNA-Seq分析无效。通过应用序列特异性捕获，而不依赖于聚腺苷酸化转录物的存在，TruSeq RNA外显子组是具有FFPE的mRNA-Seq或降解样品和起始材料有限的样品的理想选择。
FFPE和低质量样品的总rna序列分析
总RNA序列提供了转录组的全面视图，使分析编码和多种形式的非编码RNA在一个单一的实验。
总RNA-Seq提供了高度准确的转录本丰度信息，也能够检测新的特征，如基因融合，转录本亚型，cSNPs和等位基因特异性表达。
TruSeq链总RNA文库制备试剂盒将经过验证的文库制备和核糖体RNA去除化学反应结合到单一溶液中，使用RNA- seq进行稳健的全转录组分析，适用于FFPE和其他低质量样本以及正常样本。
FFPE RNA-Seq的QC建议
FFPE组织的提取方法通常会产生高度降解的RNA。阅读我们的FFPE质量控制建议，以确定您的FFPE样品是否为Illumina文库制备套件的可行输入材料。
查看提示
有针对性的RNA序列
有针对性的RNA序列是一种高度准确和具体的方法，用于测量感兴趣的转录本的表达，为研究人员提供定量和定性的信息。这允许差异表达分析，以及等位基因特异性表达测量和验证融合基因的存在。
170年TruSight肿瘤是一个全面的研究小组，从40ng的核酸中检测有助于实体肿瘤进展的融合和剪接变异(以及其他变种类)，并与低质量的FFPE样品兼容。
的TruSight RNA泛癌症小组能够全面检测1385个基因融合和基因表达变化，为研究人员提供癌症中发生的功能相关变化的集中视角。该面板与FFPE组织兼容，可容纳来自FFPE的总RNA输入量仅为20ng。TruSight RNA泛癌症面板为研究癌症中的表达动力学和功能机制提供了一个敏感、可复制和经济的解决方案。
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癌症RNA-Seq
对编码区域或整个癌症转录组进行测序可以为研究人员提供有关肿瘤中基因表达变化的有价值的信息。
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参考文献
- 王铮，Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq:转录组学的革命性工具。Nat牧师麝猫。2009; 10:57 - 63。
- Wilhelm BT, Landry JR.通过大规模并行RNA测序定量测定RNA- seq表达。方法。2009; 48:249-57。