什么是读取长度排序?
下一代测序(NGS)的读取长度是指从DNA片段中测序出的碱基对的数量(bp)。测序完成后，reads之间的重叠区域被用来组装reads并将其与参考基因组对齐，重建完整的DNA序列。测序读取长度直接对应于NGS仪器上使用的测序试剂——更多的化学循环产生更长的读取。
为什么NGS读取长度很重要?
选择正确的测序阅读长度取决于您的样品类型，应用和覆盖率的要求。因为长读取允许更多的序列重叠，所以它们非常有用新创更有信心地组装和分解基因组的重复区域。对于其他应用，如表达式分析或计数研究，较短的读取就足够了，而且比较长的读取更划算。
测序读选项
有两种测序读类型:单读和对端测序。单读测序包括对DNA片段从一端到另一端进行测序。它在一些应用中很有用，比如小RNA测序，是一种快速和经济的选择。
在成对端测序中，当一个DNA片段从一端读取后，这个过程会从另一个方向再次开始。除了产生两倍数量的测序读取，这种方法使更准确的读取对齐和检测结构重排。今天，大多数研究人员使用配对端方法。
亚博官网人口如何计算Illumina读取长度
所有Illumina测序试剂都具有一定数量的测序循环。这些循环与测序读取长度直接相关。因为每个循环测序一个碱基，所以循环总数表示可以测序的碱基的最大数量。你可以使用测序试剂来产生单个连续的读取，或者在两个方向上进行成对的端测序。(例如，300循环套件可用于1 × 300 bp的单读运行或2 × 150 bp的双端运行。)
| 应用程序 | 推荐阅读的长度 |
|---|---|
| 全基因组测序 | 2 × 150bp |
| Whole-exome测序 | 2 × 150bp |
| 有针对性的浓缩测序 | 2 × 150bp |
| 扩增子测序 | 整个放大器插入的长度 |
| 新创测序 | 范围2 × 150 ~ 2 × 300bp |
| 应用程序 | 推荐阅读的长度 |
|---|---|
| 转录组分析 | 2 × 75 bp |
| 基因表达分析 | 1 × 50 bp |
| 小核糖核酸测序 | 1 × 50 bp |
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参考
- 兰德斯，沃特曼女士。利用随机克隆的指纹图谱进行基因组定位:一种数学分析。基因组学。1988; 2(3): 231 - 239。