增加容量与多路复用
改善下一代测序(上天)技术大大提高了测序速度和数据输出,导致当前测序平台的大规模样品处理量。利用这种增加能力的关键是多路复用,增加独特的序列,称为索引,每个DNA片段在图书馆准备。这使得大量的图书馆是一个测序运行期间同时汇集和测序。
吞吐量增长的多路复用带来额外的复杂性,从池测序读库需要识别和排序计算,这一过程被称为多路分解之前最后的数据分析。然而,多路复用,潜力指数跳存在不管或测序系统使用图书馆准备方法。指数跳可能导致转让测序读错了指数在多路分解,导致偏差。
指数跳是什么?
指数跳或索引切换是一个已知的现象,影响了门店技术从多路复用开发示例。1它会导致一个特定类型的misassignment,导致不正确的库从预期的指标分配给一个不同的指数(多路复用池中)。
索引可以看到跳跃在仪器使用小幅升高有图案的流动细胞排除放大化学与那些不使用的流动细胞。图书馆免费水平较高的适配器会看到更高水平的指数跳来跳去。
的影响是什么?
虽然指数跳可以发生,但对大多数应用程序都有一个有限的影响和背景跳读可以过滤掉噪音。典型的水平指数跳跃的流电池系统的范围从0.1 - -2%取决于类型、质量、处理库。使用独特的双重索引的组合可以消除从下游分析跳读,因为意想不到的组合将被指派为待定。
技巧和最佳实践
最小化的水平和效果指数跳来跳去,客户应该遵循这些最佳实践库准备:
- 把自由适配器从图书馆准备功课
- 单独存储库在-20°C
- 测序前池库
- 使用独特的双索引池组合(独特的i5和i7索引)
应对指数跳
Illumina公司正在扩大我们提供独特的双索引的数量,与24-plex和96 -现在丛索引可用。独特的双索引使研究人员能够消除意想不到的组合,只集中在“真正的”数据正确指数组合。
以下产品是兼容新的独特的双重索引包:
- TruSeq DNA PCR-Free
- TruSeq DNA纳米
- TruSeq滞留mRNA
- TruSeq总RNA链
- TruSeq Ribo-Zero球蛋白链总RNA
- TruSeq滞留与Ribo-Zero植物总RNA
Illumina公司还在开发一种酶水平的解决方案,将有助于减少自由适配器在图书馆。这一步发生在库生成和进一步降低指数跳水平。
额外的信息
更深入的信息,请参阅以下资源:
- 最佳实践Nextera图书馆准备(视频)
- TruSeq样品制备的最佳实践(研讨会)
- Nextera DNA样品制备设备(研讨会)
- 推荐策略独特的双指数的设计(公告)
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引用
- 该M,索耶,Meyer M .双索引克服错误在多路复用测序Illumina公司平台。核酸研究》2012:2513 - 2524。