用于小麦和大麦双杂交的新型输入SNP阵列设计

与测序基因分型技术相比，基于阵列的SNP基因分型平台具有较低的基因型误差和缺失数据率。设计决策用于创建高通量、低成本和灵活的基因分型分析，用于研究和育种应用是成功的关键。本文描述了一种新颖的设计方法及其在无限麦-大麦40K SNP阵列开发中的实现。该阵列在广泛的研究和育种应用中具有成本效益，可提供小麦和大麦的高质量和高分辨率数据，包括联合杂交。该阵列旨在最大限度地捕获全球多样小麦和大麦种质的单倍型多样性，同时最大限度地减少确定偏差，它几乎完全由专为物种特异性和单拷贝设计的双等位标记组成。该设计允许在多种种质中进行高度精确的imputation，以提高GWAS和基因组选择应用的统计能力。阵列SNP内容捕获四倍体小麦(A-和b -基因组)和Ae。tauschii (d -基因组)多样性，并描绘了合成小麦和四倍体小麦从其他小麦，以及四倍体物种和亚群。该内容还包括SNP标记小麦和大麦的关键性状位点，并直接连接到其他基因分型平台和遗产遗传和基因组数据集。通过基于web的工具Pretzel (https://plantinformatics.io/)，小麦-大麦40K SNP阵列的实用性得到了增强，该工具可以将阵列的内容可视化，并在众多基因和基因组资源的背景下进行交互式查询，从而更无缝地将研究和育种联系起来。 The array is available for use by the international wheat and barley community.

发言人:

加布里埃尔Keeble-Gagnere
资深研究科学家
维多利亚农业研究部门工作，地区和地区-农业生物中心，维多利亚，澳大利亚