通知代码和故障处理
通知代码表示所选区域或目标的问题。以下通知代码出现在多个的“设计警告”列中DesignStudio三种化验方法的表。
代码 |
描述 |
化验 |
故障排除 |
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amr |
以上最大区域大小。目标大小超过最大值。允许的最大区域大小为:
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保持目标长度在允许的范围内。 |
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CB |
横向支撑。交叉绑定是池中探针相互作用的结果。 |
TruSeq靶向核糖核酸 |
从交叉结合基团中删除至少一个检测。 |
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D |
重复目标或区域。项目包含重复的目标。同源区域或合并的目标也会造成重复。 |
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从重复组中删除至少一个化验结果。 |
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DP |
重复调查。 |
TruSeq靶向核糖核酸 |
从重复组中删除至少一个化验结果。 |
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低Spef |
为这个目标找到的最好的探针并不是基因组中唯一的。 |
浓缩 |
此通知并不表示该设计不能工作。但是，您可以尝试使用以下任何一种方法来解决这个问题。
然而，在困难区域增加密度会增加有此警告的探测器的数量。 |
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N |
含有n或装配间隙的非设计序列。 |
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检查参考基因组的n或缺口。确保目标坐标不包含这些特征。 |
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NT |
此查询没有找到文字记录项。 |
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检查目标选项，确保选择了正确的值。这个错误在使用坐标范围时最常见，但只选择了Exon。外显子在那个坐标范围内可能不存在。 请检查Transcript/Gene/rsID的拼写，因为打字错误可能导致此错误。 |
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可怜的GC |
为该目标找到的最佳探针GC含量高。 |
浓缩 |
为了解决这个问题，移除有问题的目标，尝试围绕那些发现探针的区域进行设计，或者增加密度以获得更好的覆盖。然而，在困难区域增加密度会增加发出警告的探测器的数量。 这个警告并不一定意味着这个设计不会起作用。 |
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目标将被合并 |
目标之间的距离在一个放大子的范围内。它们被合并并设计成一个毗连的区域。 |
TruSeq目标扩增子 |
此通知不妨碍项目的设计。如果你想要分开的目标，确保坐标之间的距离超过一个放大子长度。 |
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U |
Undesignable。软件不能设计目标。 |
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改变设计选项，如避免snp，染色或密度。扩展所需区域的坐标范围。如果特定的外显子在设计上有困难，请通过coordinates选项卡或文件上传重新输入扩展坐标的外显子。 |