在准备库之前，使用您的测序系统可用的选项记录您的样品信息:
Illumina儿童癌症小组的AmpliSeq提供了一种靶向重测序解决方案，用于全面评估与儿童和年轻成人癌症相关的体细胞变异。
| 组件 | 数量的池 | 浓度 | 数量的扩增子 | 平均扩增子长度(bp) | 平均库长(bp) |
|---|---|---|---|---|---|
| DNA | 2 | 4 x | 3069 | 114 | 254 |
| 核糖核酸 | 2 | 5倍 | 1701 | 122 | 262 |
完成Illumina儿童癌症小组的AmpliSeq方案需要面板和以下文库准备、cDNA合成和索引试剂盒。Illumina Library PLUS试剂盒的AmpliSeq有24-、96-和384-反应配置。
Illumina儿童癌症小组的AmpliSeq为每个样本生成一个DNA和一个RNA库。样本可以是DNA、RNA或配对的。此协议的示例是成对的。样本是来自一个来源的核酸标本，而库是制备后的样本的核酸。文库是一种独特的DNA或RNA制剂，具有测序所需的末端。
准备适当数量的样品需要以下数量和试剂盒的组合。
| 数量的样品 | 24个样品 | 96个样本 | 384个样本 |
|---|---|---|---|
| 数量的图书馆 | 48个图书馆 (24个dna, 24个rna) |
192库 (96个dna, 96个rna) |
768库 (384个dna, 384个rna) |
| Illumina儿童癌症委员会AmpliSeq | 1 | 4 | 16 |
| AmpliSeq图书馆加上Illumina | 2 24-reaction包 | 2包96 -反应 | 2包384 -反应 |
| AmpliSeq CD Set A(96反应，96指标) | 1 | 2 | 8 |
| 互补脱氧核糖核酸的合成 | 1 | 1 | 4 |
Illumina儿童癌症小组库的序列AmpliSeq使用以下系统和试剂包。
| 系统 | 试剂盒 | 马克斯# DNA 每次运行仅取样 |
马克斯# RNA 每次运行仅取样 |
马克斯#结合* 样品每运行 |
推荐 结合* DNA, RNA池 体积比* * |
运行时 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MiniSeq系统 | MiniSeq中输出试剂盒 | 1 | 8 | 1 | 5：1 | 17个小时 |
| MiniSeq高输出试剂盒 | 5 | 25 | 4 | 5：1 | 24小时 | |
| MiSeq系统 | MiSeq试剂盒v2 | 3. | 15 | 2 | 5：1 | 24小时 |
| MiSeq试剂盒v3 | 5 | 25 | 4 | 5：1 | 32小时 | |
| NextSeq系统 | NextSeq Mid Output v2 Kit | 27 | 96 | 22 | 5：1 | 26小时 |
| NextSeq High Output v2 Kit | 83 | 96 | 48 | 5：1 | 29个小时 |
*结合是指从同一样本中配对的DNA和RNA，产生两个文库，分别由每个核酸和分别索引。
**基于推荐阅读覆盖率的合并DNA与RNA池比率。