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本分析中使用的适配器针对AmpliSeq工作流程进行了优化。Nextera或TruSeq适配器与本分析不兼容。
请参阅内容和存储。
可以运行3个不同的AmpliSeq为Illumina设计的条形码在相同的测序运行。然而，您的目标放大器大小和所需的覆盖范围必须在一次运行。
推荐使用2×151 bp对端读取。
看到产品的兼容性。
您可以通过增加测序吞吐量(例如，一个更大的流式细胞输出或测序平台)或减少每次运行汇集的样本数量来操纵覆盖率。
本地运行管理器和BaseSpace Sequence Hub有可用的应用程序进行分析。DNA扩增子分析应用程序和RNA扩增子分析应用程序可在BaseSpace Sequence Hub上使用。可以使用BaseSpace variant Interpreter对任何变体调用执行进一步的分析。Local Run Manager具有类似的DNA扩增子分析模块和RNA扩增子分析模块，使用与BaseSpace Sequence Hub应用程序相同的工作流和算法。
DNA扩增子分析工作流可用于执行比对和变异调用，RNA扩增子分析工作流可用于融合调用。此外，OncoCNV调用，一个BaseSpace Lab应用程序可用于CNV分析。
是的，在BaseSpace公共数据中有示例数据集。
使用BaseSpace DNA Amplicon 2.0及以上版本和Local Run Manager DNA Amplicon Analysis Module v1.1及以上版本可以分析Sample ID。
样本ID清单信息内置在Use BaseSpace DNA Amplicon 2.0和Local Run Manager DNA Amplicon Analysis Module v1.1中。用户只需要单击样本ID选项进行分析。此外，示例ID清单文件可在支持网站的Illumina面板下载部分的AmpliSeq中获得。
靶上碱基显示了在参考基因组中映射到靶区域的总测序碱基的百分比。这个指标反映了扩增子中a)被设计、合成和汇集的碱基的百分比和B)生成序列数据映射到目标区域。
不。任何包含融合的RNA面板的Manifest文件以非加密格式不可用。只有加密的清单文件可用。
关于包含在所有RNA融合面板设计中的确切断点的信息不提供。Illumina软件分析工具生成的结果文件提供了该软件识别的任何RNA融合事件的详细信息。关于哪些基因对为你的小组进行评估的信息，请看小组的数据表。
Illumina软件包，包括BaseSpace Sequence Hub Apps，不提供比对文件作为分析的输出。此时，只提供分析结果的最终报告。有关更多细节，请参阅软件文档。
不。软件只报告检测到的融合事件。关于哪些基因对为你的小组进行评估的信息，请看小组的数据表。