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你可以优化图书馆准备程序以减少所需的DNA数量。对于某些应用程序，如ChIP-Seq，其中DNA数量可能很低，您可以跳过一些步骤，如凝胶上的大小选择。相反，末端修复的DNA片段可以被连接，通过柱清除步骤(去除引物-二聚体)纯化，然后定量，并直接加载到流细胞中进行聚类扩增。
对于小样本的基因组DNA (gDNA)，优化片段化以增加在目标大小范围内的DNA片段数。如果这些碎片在一个狭窄的尺寸范围内，你可以消除琼脂糖凝胶步骤。
Illumina公司的专利技术可以确保两个不同的适配器按照要求的方向连接到DNA片段的相反两端。PCR选择这些并最终确定构建准备杂交到流动细胞表面。适配器序列可以通过对连接片段进行测序来确定，但仅靠序列信息不足以发现该方法。