Illumina无DNA pcr常见问题

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  • 协议


  • BLT-PF珠与稀释的HP3 (NaOH)进行接头连接后,有洗脱步骤,负责文库变成DNA单链。

    我们没有修改660g/mol,而是在加载浓度上进行了2倍的调整,以补偿Qubit (ssDNA)或qPCR (dsDNA)定量的差异。用户必须知道他们的方法测量的是什么,以理解正确的加载浓度。

    从这个计算的输出提供了dsDNA的摩尔浓度当量,这使得转换到其他仪器和建立的负载浓度更直接可比。

    它只兼容10 bp的IDT®为Illumina®- DNA/RNA UD指数(原IDT®为Illumina®Nextera DNA Unique Dual Indexes)。

    在产品发布时将支持多达192个udi。其他UDIs将在2020年晚些时候提供。

    为了优化索引表示,Illumina推荐使用IDT进行Illumina DNA/RNA UD索引集A, tagination(20027213)或Illumina DNA/RNA UD索引集B(20027214)。

    要纠正库池期间性能较差或较好的索引对,请参阅平衡全基因组测序的样本覆盖率关于近似预期索引表示的技术说明。Illumina不支持指数修正。

    进行了IPB调整,以获得足够的低至350bp和高至550bp的片段库。更多细节,请参阅应用说明标题“可调谐插入尺寸与Illumina DNA PCR-Free Prep, tagentation”。

    标准输入工作流程与热循环器应用于100-299 ng的DNA输入。低输入工作流程与热循环器应使用25-99 ng的DNA输入。对于300-2000 ng的DNA输入,可以使用热循环器的标准输入或Hybex的标准输入。

    全血、干血斑和唾液应使用热循环器工作流程,参考指南中对这些输入进行了详细说明。详情请参阅参考指南。

    在产品发布时,将会有一个Illumina预设协议(IPP)用于这个库准备套件。

    我们建议单个样品最多存放7天。更长的存储时间可能是可能的,但Illumina不支持。

    NovaSeq SBS v1.0试剂需要使用Read 1定制测序引物。如果使用失败,将导致库排序失败。定制引物(Read 1或Read 1 + Index 2)用于所有其他支持的仪器和试剂。唯一的例外是NovaSeq SBS v1.5试剂,它已经包含所需的定制引物。详情请参见“Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation Kit的自定义引物要求”公告。

    关于处理,重要的是保留正确的部分(珠或上清)。IPB是高粘性的,某些试剂,如ST2, TWB和BLT-PF,容易起泡;这些试剂应缓慢地移液。建议仔细操作试剂,以确保在每个步骤中添加合适的试剂,并防止换管。必须始终使用正确的磁铁。对于标准工作流程,不能将BLT-PF和TB1主混合用于标记。如果使用MIDI板遵循Hybex协议,则对工作流程的更改包括使用不同的磁体、摇晃而不是移液,以及由于塑料热分布造成的孵育步骤持续时间和温度的差异。

    两个工作流都提供了等价的数据。适当的工作流程的选择取决于实验室可用的设备,以及最终用户对任何一种方法的培训/熟悉程度。