Nextera快速捕获富集文库制备采用了酶促DNA片段化步骤，因此与机械片段化方法相比，对DNA输入更加敏感。富集的最终成功很大程度上依赖于使用精确定量的输入DNA。因此，准确的gDNA定量是至关重要的。
Illumina建议使用基于荧光的双链DNA (dsDNA)定量方法，如QuantiFluor，并对样本进行三次复制，以获得更可靠的测量结果。避免使用测量总核酸含量的方法(如纳米滴法或其他紫外吸收法)。常见的污染物，如ssDNA, RNA和寡糖，并不是用于Nextera快速捕获富集试验的底物。确保起始DNA中EDTA含量不超过1mm，且无苯酚、乙醇等有机污染物。
Nextera快速捕获富集协议已优化为50 ng总gDNA。高质量的gDNA输入会导致标记不完全和更大的插入尺寸，从而影响富集性能。在标记反应中，较低质量的gDNA输入或低质量的gDNA可以产生比预期的更小的插入尺寸。较小的插入可能会在随后的清理步骤中丢失，从而导致较低的多样性。
为了最小化标记步骤中gDNA样本输入的可变性，Illumina强烈推荐两步gDNA归一化方法。初始定量后，首先将gDNA样品归一化到10ng /ul。然后使用类似的基于荧光法的方法对样品进行重新定量，并归一化为最终的5 ng/ul。