Nextera快速捕获富集文库制备使用酶DNA片段化步骤，因此可以比机械片段化方法对DNA输入更敏感。富集的最终成功很大程度上依赖于精确定量的输入DNA量。因此，准确定量gDNA至关重要。
Illumina建议使用基于荧光测定的方法(如QuantiFluor)对双链DNA (dsDNA)进行定量，并运行三份样品，以获得更有信心的测量结果。避免使用测量核酸总含量的方法(例如纳米滴法或其他紫外吸收法)。常见的污染物，如ssDNA、RNA和寡核苷酸，不是Nextera快速捕获富集试验的底物。请确保初始DNA中EDTA的含量不超过1mm，且不含酚、乙醇等有机污染物。
nexttera快速捕获富集协议已被优化为50 ng总gDNA。较高质量的gDNA输入会导致标记不完全和较大的插入量，从而影响富集性能。低质量的gDNA输入或低质量的gDNA在标记反应中可以产生比预期更小的插入尺寸。在后续的清理步骤中，较小的插入块可能会丢失，从而降低多样性。
为了将gDNA样本输入变异最小化到标记步骤中，Illumina强烈推荐两步gDNA归一化方法。初始定量后，首先将gDNA样品归一化至10 ng/ul。然后使用类似的基于荧光测定的方法对样品进行再校正，并归一化至最终的5 ng/ul。