该资源提供了从Ion Torrent到Illumina下一代测序平台过渡过程中的逐步指导。
现场应用科学家（FAS）的现场安装培训包含在除iSeq 100系统外的所有台式系统采购中。这些培训涉及实验设计、仪器操作、最佳实践和故障排除。还有几个额外的问题培训方案也有。
Ion PGM有可能不再需要的附属设备。Illumina benchtop测序耗材为单筒型，带有单独的流动池。
为Illumina library prep执行AmpliSeq所需的设备与在Ion Torrent上执行AmpliSeq库实验所需的设备相同。
有关所需耗材和设备的列表，请参阅用于Illumina定制和社区面板耗材和设备的AmpliSeq。
测序成本因系统、吞吐量和每次运行的样本数而异。请联系您当地的客户经理以获得帮助。
有关Illumina测序系统的比较，请参阅测序平台比较工具。请联系Illumina技术支持或您当地的Illumina代表，以获得更多帮助。
所有Illumina系统都可以为Illumina运行AmpliSeq。然而，由于每个样品的输出要求，台式系统通常是最合适的。有关最适合您的实验需求的指导，请参阅用于Illumina的AmpliSeq传单。
配对端排序允许用户对片段的两端进行排序，并生成可对齐的序列数据。对端测序有助于检测基因组重排和重复序列元件，以及基因融合和新的转录本。有关更多信息，请参见配对端和单读测序。
Illumina系统的质量分数是用Q30来衡量的。使用以下方法进行分析本地运行管理器或基空间序列集线器。
关于Illumina面板AmpliSeq的性能信息，请参阅每个用于Illumina产品页面的AmpliSeq。
用作Thermo Fisher Ion AmpliSeq输入的相同样品质量可用于Illumina的AmpliSeq。
总的来说，仪器设置和准备所需的时间使得Illumina系统上的工作流程更快。有关更多信息，请参阅相应的产品文档。
| 步 | 时间 |
|---|---|
| 用于Illumina库准备的AmpliSeq | 5-7小时 （可随样品编号和面板而变化） |
| 排序 | 17-56小时 （平台和运行长度相关） |
| 分析 | 1-2小时 （使用本地运行管理器或BaseSpace序列集线器） |
与Thermo Fisher Ion AmpliSeq方案相比，Illumina方案在方案结束时有第二个7周期PCR步骤和额外一轮珠清理。这一差异为AmpliSeq的Illumina library prep增加了大约45–60分钟的总时间（包括在上述估算中）。
桌面系统使用基于盒式试剂，根据系统和解冻方法的不同，其解冻时间不同。有关解冻和稳定性信息的完整列表，请参见如何解冻和储存测序试剂以获得最佳性能。
初始输入要求与Ion AmpliSeq协议相同。
Ion AmpliSeq协议和Illumina的AmpliSeq协议之间有几个重要的区别，比如增加了放大和清理步骤。为了成功使用AmpliSeq for Illumina协议，请检查并遵循本指南中的说明用于Illumina定制和社区面板的AmpliSeq参考指南。
可使用以下方法对Illumina库的AmpliSeq进行量化：
Illumina分析选项(如BaseSpace Sequence Hub或Local Run Manager)使用的manifest格式与Thermo Fisher Ion Reporter软件使用的格式不同。固定面板的舱单可以从Illumina技术支持处获得。
每次运行可汇集的样本数量在很大程度上取决于面板大小和测序系统。请参阅每个面板的文档支持页，了解每个仪器的建议样本号。
因为对端读取更可能与引用对齐，所以整个数据集的质量会提高。Illumina所有下一代测序系统都能够对端测序。
随时可用的面板、自定义面板、社区面板和按需面板可通过以下方式订购：MyIllumina。
在客户或社区面板订单下，交货时间是在3-4周内。
与您的销售代表谈谈Illumina礼宾部如何成为一种资源。Illumina礼宾部与赛默飞世尔白手套服务类似。根据面板的放大器尺寸订购适当的测序耗材。
离子束密度在Ion Torrent的支持文档中称为负载密度。有关如何在Illumina仪器上优化簇密度的指导，请参阅以下公告：
虽然Ion AmpliSeq定制面板在技术上可以与Illumina Library PLUS套件的AmpliSeq一起工作，Illumina建议通过DesignStudio订购定制面板，以获得Illumina的最佳支持。
在排序期间和之后，有许多主要质量指标可用。有关在评估跑步时最佳应用哪些质量指标的指导，请参阅培训网络研讨会序列分析查看器101：这一切意味着什么？
序列分析查看器（SAV）可以安装在仪器上或仪器下，以快速查看运行指标的仪表板。有关更多信息，请参阅的“摘要”选项卡部分序列分析查看器软件指南。
基于网络的培训可用于台式测序平台，解释如何在进一步分析之前审查运行质量。
Illumina台式测序平台在Windows上运行。您将主要通过仪表控制软件操作系统，Windows用户将熟悉用户界面。
对于140–275 bp的放大器尺寸，建议采用2×151 bp成对末端运行。对于375 bp的放大器尺寸，建议在MiSeq系统上进行多达2×301 bp的成对末端运行。
该试剂盒集成了样本条形码，可在每次测序运行中汇集多达96个样本。每次测序运行中可汇集在一起的实际样本数取决于扩增子的数量和所需的测序覆盖深度在线计算器可以帮助进行这些计算。
本地运行管理器是用于Illumina台式机测序数据的基于Windows的软件。它包括本地分析选项、运行和用户管理。这个本地运行管理器网络研讨会提供了本地运行管理器的概述，并针对新用户和中间用户。有关更多信息，请查看本地运行管理器支持页面和本地运行管理器概述培训班。
本地运行管理器设备和计算要求可在本地运行管理器软件指南。
有关设置本地运行管理器的信息，请参阅序列文件格式这个用于数据分析网络研讨会的FASTQ处理工具，以及本地跑步经理介绍网络研讨会。
BaseSpace Sequence Hub是基于Illumina云的测序数据分析解决方案。有关运行和项目之间的差异、使用数据以及共享数据等信息，请参阅BaseSpace Sequence Hub网络研讨会. 有关更多信息，请参阅基空间序列集线器支持页面和使用BaseSpace Sequence Hub准备运行培训班。
随着运行的进行，控制软件会自动将基本调用文件（*.bcl）传输到指定的输出位置以进行数据分析。数据分析方法取决于您的应用程序和系统配置。如果将测序数据流式传输到BaseSpace Sequence Hub，它将自动转换为FASTQ。有关详细信息，请参阅序列文件格式。